Mahalagang Pagkakaiba – Exome vs RNA Sequencing
Ang Nucleic acid sequencing ay ang pamamaraan na tumutukoy sa pagkakasunud-sunod ng mga nucleotide sa isang partikular na fragment ng DNA o RNA ng isang organismo. Ang pagkakasunud-sunod ay mahalaga sa pagtukoy sa DNA at RNA makeup ng cell at pagkilala sa ilang partikular na gene na nagko-code para sa mga functional na protina; kaya, maaaring gamitin ang sequencing upang maunawaan ang mga mutasyon ng mga gene at expression ng gene na ito. Sanger Sequencing method o ang mas advanced na Next generation sequencing method ay ang sequencing method na karaniwang ginagamit. Ang exome sequencing ay ang sequencing ng kumpletong hanay ng mga exon o coding ng mga rehiyon ng DNA na nasa isang organismo samantalang ang RNA sequencing ay ang sequencing procedure ng Ribonucleic acids (RNA). Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng exome at RNA sequencing.
Ano ang Exome Sequencing?
Ang Exome ay isang subset ng genome na binubuo ng mga coding genes ng isang partikular na organismo. Ang mga coding gene ay pinangalanan bilang mga exon at na-transcribe sa mRNA at pagkatapos ay isinalin sa mga pagkakasunud-sunod ng amino acid. Sa panahon ng post transcriptional modifications, ang RNA splicing mechanism sa eukaryotes ay nag-aalis ng mga intron (non coding regions), at ang mga exon ay nananatili. Mayroong dalawang pangunahing pamamaraan kung saan ginagawa ang exome sequencing: solution based at array based.
Sa solution-based na exome sequencing, ang mga sample ng DNA ay pinaghiwa-hiwalay gamit ang alinman sa restriction enzymes o mechanical method at nadenaturate ng init. Sa pamamaraang ito, ang mga biotinylated oligonucleotide probes (baits) ay ginagamit upang piliing mag-hybrid sa mga target na rehiyon sa genome. Ginagamit ang magnetic streptavidin beads para sa binding step. Ang pagbubuklod ay sinusundan ng isang hakbang sa paghuhugas kung saan ang mga hindi nakatali at hindi naka-target na mga pagkakasunud-sunod ay nahuhugasan. Ang mga nakagapos na target ay pinalalakas gamit ang Polymerase Chain reaction (PCR) at pagkatapos ay isi-sequence gamit ang Sanger sequencing o Next Generation Sequencing techniques.
Figure 01: Exome Sequencing
Ang pamamaraang nakabatay sa array ay katulad din ng pamamaraang nakabatay sa solusyon, maliban na ang mga fragment ng DNA ay nakukuha sa isang micro array, at pagkatapos ay sinusunod ang pagbubuklod at ang mga hakbang sa paghuhugas bago ito i-sequence.
Ginagamit ang exome sequencing sa maraming aplikasyon gaya ng genetic diagnosis ng mga sakit, sa gene therapy, sa pagtukoy ng mga novel genetic marker, sa agrikultura upang matukoy ang iba't ibang kapaki-pakinabang na agronomic na katangian at sa mga pamamaraan ng pagpaparami ng halaman.
Ano ang RNA Sequencing?
Ang RNA sequencing ay batay sa transcriptome, na siyang kumpletong transcript ng cell. Ang mga pangunahing layunin ng RNA sequencing ay upang i-catalog ang lahat ng mga species ng transcript, kabilang ang mRNA, non-coding RNA, at maliit na RNA, upang matukoy ang transcriptional na istraktura ng mga gene at upang mabilang ang mga antas ng expression ng bawat transcript sa panahon ng pag-unlad. Sa panahon ng pagkakasunud-sunod ng RNA, ang mga teknolohiya ng hybridization (na mga pantulong na DNA na nagmula sa mga mature na pagkakasunud-sunod ng mRNA) ay unang ginamit para sa pagkakasunud-sunod. Sa kasalukuyan, isang mas tumpak at advanced na through-put technique ang ginagamit para sa RNA sequencing.
Figure 02: RNA Sequencing
Sa RNA sequencing, ang isang sample ng RNA na maaaring kabuuang RNA o fractionated RNA ay iko-convert sa complementary DNA (cDNA) nito gamit ang reverse transcription, at naghahanda ng cDNA library. Ang bawat fragment ng cDNA ay nakakabit sa mga adapter sa magkabilang panig (pair end sequencing) o sa isang gilid (single end sequencing). Ang mga naka-tag na sequence na ito ay pinagsunod-sunod gamit ang Sanger sequencing o susunod na henerasyon, tulad ng exome sequencing.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Exome at RNA Sequencing?
- Maaaring gamitin ang mga maiikling napiling fragment o ang buong hanay ng DNA / RNA para sa Exome o RNA sequencing.
- Ang mga sequence na fragment ay pinapanatili sa mga library.
- Sanger sequencing o Next Generation sequencing ay maaaring gamitin.
- Parehong in vitro sequencing method.
- Ang mga sequenced na fragment ay maaaring matukoy ng mga fluorescent na tag.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Exome at RNA Sequencing?
Exome vs RNA Sequencing |
|
| Ang exome sequencing ay ang pagkakasunud-sunod ng kumpletong hanay ng mga exon o coding ng mga rehiyon ng DNA na nasa isang organismo. | Ang RNA sequencing ay tumutukoy sa sequencing procedure ng Ribonucleic acids (RNA); ang transcriptome. |
| Simulang Sample | |
| Genomic DNA ang panimulang sample ng exome sequencing. | Ang RNA ay ang panimulang sample ng RNA sequencing. |
| Komposisyon | |
| Naglalaman lamang ito ng mga coding region ng kabuuang DNA na kilala bilang Exons | Naglalaman ito ng RNA-mRNA / transcriptome. |
| Pagsusunod | |
| Mayroong dalawang pangunahing paraan ng exome sequencing; nakabatay sa solusyon at nakabatay sa array na mga teknolohiya. | Ang RNA sequencing ay ginagawa sa pamamagitan ng paghahanda ng cDNA library sa pamamagitan ng pagkuha ng kabuuang RNA o fragmented RNA. |
Buod – Exome vs RNA Sequencing
Ang Exome ay ang kumpletong hanay ng mga coding region ng isang organismo at ang mga diskarteng kasama sa pagtukoy ng eksaktong nucleotide order ng Exome ay kilala bilang exome sequencing. Ang RNA sequencing ay ang pamamaraan na kasangkot sa pagpapasiya ng nucleotide order ng RNA ng isang organismo. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng exome at RNA sequencing.
I-download ang PDF Version ng Exome vs RNA Sequencing
Maaari mong i-download ang PDF na bersyon ng artikulong ito at gamitin ito para sa mga offline na layunin ayon sa tala ng pagsipi. Paki-download ang bersyon ng PDF dito Pagkakaiba sa pagitan ng Exome at RNA Sequencing
