Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing at shotgun sequencing ay nakasalalay sa kanilang paraan ng pag-uugali. Ang clone by clone sequencing method ay nagsasangkot ng pagmamapa ng mga chromosome at cloning bago ang sequencing habang ang clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay nag-aalis ng parehong chromosome mapping at cloning na mga hakbang sa panahon ng sequencing.
Ang Clone by clone sequencing at clone by shotgun sequencing ay dalawang paraan ng modernong genome sequencing. Ang clone by clone sequencing ay isang mas maaasahang paraan ng sequencing. Gayunpaman, ang paraan ng clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay mas mabilis at mas mura. Nakatuon ang artikulo sa banayad na pagkakaiba sa pagitan ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing at shotgun sequencing.
Ano ang Clone by Clone Sequencing?
Ang Clone sa pamamagitan ng clone sequencing ay isang paraan ng genome sequencing. Nangangailangan ito ng pagmamapa ng bawat chromosome bago ang paghahati ng DNA. Pagkatapos ng pagmamapa, ang DNA ay dapat na hatiin sa mga fragment na may haba na 150 kilobases. Ang mga fragment na ito ay handa na para sa sequencing. Ang susunod na hakbang ay ang pagpasok ng mga fragment ng DNA sa Bacterial Artificial Chromosomes (BACs) at pagkatapos ay sa bacterial cells. Dahil ang mga fragment ay nasa loob na ngayon ng mga bacterial cell, sa tuwing nahahati ang bacteria, ang nakapasok na mga fragment ng DNA ay nahahati din at gumagawa ng maraming magkakaparehong kopya. Pagkatapos, ang indibidwal na bacterial clone DNA ay nahahati sa 500 base pair na mahabang fragment. Ang mga ito ay mas maliit at magkakapatong na mga fragment. Susunod, ang sequencing ay nagaganap sa pagpasok ng mga fragment na ito sa isang vector na may kilalang DNA sequence. Simula sa kilalang sequence ng vector, magpapatuloy ang sequencing hanggang sa hindi kilalang sequence.
Pagkatapos tapusin ang pagkakasunud-sunod, kinakailangang tukuyin ang mga bahagi ng magkakapatong na pagkakasunud-sunod. Pagkatapos nito, ang pagsali sa mga fragment ay nagaganap upang mabuo ang mas malalaking mga fragment na unang ipinakita sa mga BAC. Susunod, ang pagpupulong ng mas malalaking fragment sa chromosome ay nagaganap ayon sa genome map.
Figure 01: Clone by Clone Sequencing
Ang makabuluhang bentahe ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing ay ang pre-prepared genome map ay nakakatulong sa isang maaasahang pagpupulong ng mas malalaking fragment. Ngunit, ang kawalan ng pamamaraang ito ng pagkakasunud-sunod ay ang pag-ubos ng oras upang makabuo ng mga mapa ng genome at paggawa ng mga clone. Gayunpaman, ito ang paraan na ginustong sa panahon ng 'Human Genome Project'.
Ano ang Clone by Shotgun Sequencing?
Ang Clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay isang paraan ng sequencing na random na hinahati ang mga sequence ng DNA sa maraming maliliit na fragment at muling pinagsama-sama ang sequence sa pamamagitan ng pag-obserba sa mga nagsasapawan na rehiyon. Ang mas malalaking mammalian genome ay mahirap i-clone ang sequence at tipunin. Ito ay dahil sa kanilang pagiging kumplikado at laki ng istruktura. Kahit na ang clone sa pamamagitan ng clone sequencing method ay maaasahan, ito ay tumatagal ng mahabang panahon upang masunod ang mga genome ng mga kumplikadong organismo. Samakatuwid, ang clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay naging isang maaasahang mas murang paraan ng sequencing na maaaring maisagawa nang mas mabilis. Kaya naman, umaasa ang mga modernong siyentipiko sa pamamaraang ito ng pagkakasunud-sunod upang matugunan ang mga kumplikadong genome.
Figure 02: Clone by Shotgun Sequencing
Sa panahon ng clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing method, walang conventional genome mapping at cloning steps na nagaganap. Sa una, ang buong genome ay nahahati sa iba't ibang laki mula 20 kilobases hanggang 300 kilobases. Susunod, nagaganap ang pagkakasunud-sunod. Pagkatapos, gamit ang sopistikadong software ng computer, kinakailangang tipunin ang mga fragment sa pamamagitan ng pagtingin sa mga magkakapatong na rehiyon.
Nakakatulong ang Clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing na pahusayin ang katumpakan ng mga kasalukuyang genome sequence. Ang pangunahing bentahe ng pamamaraang ito ay ito ay mas mabilis at mas mura kaysa sa clone sa pamamagitan ng clone sequencing method. Gayunpaman, hindi kasama sa prosesong ito ang paggamit ng isang genetic na mapa. Samakatuwid, ang mga pagkakamali sa panahon ng pagtitipon ay mas malamang na mangyari. Kaya, ito ay isang malaking kawalan sa clone sa pamamagitan ng paraan ng pagkakasunud-sunod ng shotgun.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Clone ayon sa Clone Sequencing at Shotgun Sequencing?
- Ang parehong clone sa pamamagitan ng clone sequencing at shotgun sequencing ay dalawang paraan ng genome sequencing.
- Sa parehong mga diskarte sa pagkakasunud-sunod, ang pag-assemble ng mga putol-putol na fragment ay nagaganap sa pamamagitan ng pagtukoy ng mga overlapped na rehiyon.
- Gayundin, kailangan ang paghahati-hati ng DNA sa mas maliliit na fragment para sa parehong clone at shotgun sequencing.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Clone ayon sa Clone Sequencing at Shotgun Sequencing?
Ang Clone by clone sequencing technique ay may kasamang dalawang pangunahing hakbang: pagmamapa ng mga chromosome at cloning. Sa kaibahan, ang pag-clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay hindi sumusunod sa dalawang hakbang na ito; sapalarang pinaghiwa-hiwalay nito ang mga pagkakasunud-sunod ng DNA sa maraming maliliit na fragment at muling pinagsama-sama ang pagkakasunud-sunod sa pamamagitan ng pagmamasid sa magkakapatong na mga rehiyon. Samakatuwid, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing at shotgun sequencing. Dahil sa kadahilanang ito, ang clone by clone sequencing ay isang mahal at matagal na proseso habang ang clone by shotgun sequencing ay mas mabilis at mas mura.
Gayunpaman, ang mga error sa panahon ng pag-assemble ay mas malamang na mangyari sa panahon ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing. Samakatuwid, ito ay may mataas na pagiging maaasahan. Gayunpaman, ang clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay medyo hindi gaanong maaasahang pamamaraan. Kaya, isa rin itong makabuluhang pagkakaiba sa pagitan ng clone by clone sequencing at shotgun sequencing.
Ang info-graphic sa ibaba ay nagpapakita ng higit pang impormasyon tungkol sa pagkakaiba ng clone ayon sa clone sequencing at shotgun sequencing.
Summary – Clone by Clone Sequencing vs Shotgun Sequencing
Sa pagbubuod ng pagkakaiba sa pagitan ng clone by clone sequencing at shotgun sequencing, ang clone by clone sequencing at shotgun sequencing ay dalawang paraan ng genome sequencing. Gayunpaman, ang clone by clone sequencing technique ay nagsasangkot ng parehong genome mapping at cloning na proseso habang ang clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay hindi. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng clone sa pamamagitan ng clone sequencing at shotgun sequencing. Dahil ang genome mapping ay nagaganap sa panahon ng clone by clone sequencing, ang mga error ay mas malamang na mangyari sa panahon ng pagpupulong ng mga sequence. Ngunit, ang pag-clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing ay isang mas mabilis at mas murang proseso. Gayunpaman, ito ay medyo hindi maaasahan. Ang clone sa pamamagitan ng clone sequencing ay ang ginustong paraan ng pagkakasunud-sunod sa panahon ng 'Human Genome Project'. Ngunit, mas umaasa ang modernong molecular biologist sa clone sa pamamagitan ng shotgun sequencing.
