Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng consensus PCR at pan PCR ay ang consensus PCR ay palaging nagta-target ng mga conserved region samantalang ang Pan PCR ay nagta-target ng mga variable na rehiyon upang matukoy ang iba't ibang strain ng isang grupo
Ang Polymerase chain reaction (PCR) ay isang gene amplification technique na binubuo ng tatlong pangunahing hakbang bilang denaturation, annealing at extension. Ito ay malawakang ginagamit sa mga diagnostic at molekular na pagkakakilanlan. Ang mga diskarte sa Consensus PCR at Pan PCR ay batay sa mga primer na target na ginagamit ng bawat uri ng PCR.
Ano ang Consensus PCR?
Ang Consensus PCR ay isang PCR technique na nagta-target ng conserved region para sa isang partikular na species o genera. Samakatuwid, ang mga rehiyon na lubos na natipid ay pinili para sa pagpapalakas. Sa pamamagitan ng pamamaraang ito, ang mga organismo ay maaaring makilala at makilala batay sa kanilang pinagkasunduan. Tinutukoy ng pamamaraang ito ang isang conserved na rehiyon para sa isang partikular na species. Halimbawa, ang 16s rRNA na rehiyon ng bakterya ay nananatiling isang konserbadong rehiyon sa mga bakterya. Samakatuwid, isang primer set lamang ang kinakailangan para sa amplification. Sa karamihan ng mga pagkakataon, maaaring gumamit ng unibersal na primer na partikular para sa conserved na rehiyon.
Figure 01: PCR Technique
Sa pamamagitan ng pagsunod sa consensus PCR method, mahihinuha ang characterization ng species at evolutionary relationships. Batay sa kahusayan ng amplification ng partikular na sample na organismo, ang consensus ng organismo patungo sa grupo ay maaari ding mahihinuha. Dagdag pa, ang pagsasagawa ng consensus PCR ay mahalaga sa phylogenetic studies. Nagbibigay-daan ito sa pagkilala sa isang species at binibigyang-kahulugan ang paglihis ng partikular na organismo na ipinakita sa mga tuntunin ng karaniwang ninuno.
Ano ang Pan PCR?
Ang Pan PCR ay isang multiplexing mode ng PCR. Sa pamamaraang ito, ang iba't ibang mga strain ay pinalaki gamit ang iba't ibang mga target na panimulang aklat. Ang mga target, gayunpaman, ay maaaring maging karaniwang mga target para sa mga grupo ng strain. Kaya, sa Pan PCR, higit sa dalawang primer set ang maaaring gamitin sa isang pagkakataon. Maaari itong maganap sa isang paraan ng reaksyon ng tubo o bilang isang paraan ng reaksyon ng multi-tube. Ang Pan PCR ay mas matagal at mas kumplikado kumpara sa isang consensus PCR. Dahil dito, ang interpretasyon ng mga resulta ng PCR ay maaari ding maging mas kumplikado sa Pan PCR.
Ang pangunahing aplikasyon ng Pan PCR ay sa molecular diagnostics. Ito ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa pagitan ng iba't ibang mga strain ng isang species sa pamamagitan ng target na amplification. Ang Pan PCR ay isang mainam na pamamaraan upang matukoy ang iba't ibang strain ng isang species na nagdudulot ng sakit. Sa karamihan ng mga pagkakataon, ang automation ng Pan PCR techniques para sa iba't ibang kondisyon ng kalusugan ay napakahalaga at ito ay isang maaasahan at napakahusay na pamamaraan.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Consensus PCR at Pan PCR?
- Consensus PCR at Pan PCR ay dalawang uri ng PCR techniques.
- Ang parehong pamamaraan ay sumusunod sa pangkalahatang tatlong hakbang na pamamaraan – denaturation, annealing at extension.
- Gumagamit sila ng mga primer na partikular sa target.
- Ang parehong mga reaksyon ay nagaganap sa isang thermal cycler.
- Ang mga reaksyong ito ay maaaring i-automate.
- Parehong magagamit sa molecular diagnostics at identification; gayunpaman, nag-iiba ang katumpakan.
- Ang mga pamamaraang ito ay nangangailangan ng pagpapatunay.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Consensus PCR at Pan PCR?
Parehong sinusunod ang Consensus at Pan PCR sa parehong nakagawiang pamamaraan. Gayunpaman, ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng consensus PCR at Pan PCR ay batay sa mga panimulang target na ginagamit ng bawat pamamaraan. Habang ang consensus PCR ay palaging nagta-target ng mga conserved na rehiyon, ang isang Pan PCR ay nagta-target ng mga variable na rehiyon upang matukoy ang iba't ibang mga strain ng isang grupo. Dahil sa pagkakaibang ito, nag-iiba-iba ang mga protocol sa pagdidisenyo ng primer, ang bilang ng mga primer set na ginamit, at ang mga partikular na application.
Ibinubuod ng infographic sa ibaba ang pagkakaiba sa pagitan ng Consensus PCR at Pan PCR.
Buod – Consensus PCR vs Pan PCR
Ang PCR, na ipinakilala ni Mulli, ay gumaganap ng mahalagang rebolusyonaryong papel sa mga aplikasyon ng molecular biology. Ang Consensus at Pan PCR ay dalawang uri ng PCR batay sa kanilang mga pangunahing target na rehiyon. Habang tina-target ng consensus PCR ang mga conserved region, tina-target ng Pan PCR ang mga variable na rehiyon at gumaganap ng mahalagang papel sa pagkilala sa strain. Dahil sa pangunahing pagkakaiba na ito sa pagitan ng consensus PCR at Pan PCR, ang mga tiyak na pag-andar ng bawat uri ng PCR ay nag-iiba din mula sa pagsusuri ng phylogenetic hanggang sa pagkilala sa molekular hanggang sa mga diagnostic ng molekular.
