Mahalagang Pagkakaiba – SDS Page kumpara sa Native Page
Ang SDS at native page ay dalawang uri ng polyacrylamide gel electrophoresis techniques na ginagamit sa Molecular Biology. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng SDS Page at Native Page ay ang uri ng polyacrylamide gel na ginamit. Sa SDS Page ang isang denaturing gel ay ginagamit samakatuwid, ang mga molekula ay pinaghihiwalay batay sa kanilang molekular na timbang. Sa kabaligtaran, sa Native Page, ginagamit ang mga non-denaturing gel. Samakatuwid, ang mga molekula ay pinaghihiwalay batay sa kanilang laki, singil at hugis.
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (Page) ay gumagamit ng gel na ginawa sa pamamagitan ng polymerizing acrylamide monomer na may methylene bisacrylamide. Ang polyacrylamide ay mas matigas at mas matatag sa init kaysa sa agarose. Ang polyacrylamide gels ay may mas maliit na laki ng butas na nagbibigay-daan sa mahusay na paghihiwalay ng mga protina. Mayroong dalawang pangunahing uri ng mga pag-setup ng Page na SDS Page at Native Page. Ang SDS Page o Sodium-Dodecyl Sulfate Polyacrylamide gel electrophoresis ay naghihiwalay ng mga protina batay sa kanilang mga molekular na timbang. Ang mga denaturing gel ay ginagamit sa SDS Page. Gumagamit ang Native Page ng mga non-denaturing gel at naghihiwalay ng mga protina batay sa laki, singil at hugis nito (3D conformation).
Ano ang SDS Page?
Ang SDS Page ay ang pinakakaraniwang electrophoretic technique na ginagamit upang paghiwalayin ang mga protina batay sa kanilang molekular na timbang. Ang gel ay ginawa sa pamamagitan ng pagdaragdag ng SDS (Sodium dodecyl sulfate), na isang detergent. Ginagawang monomer ng SDS ang mga protina. Ang SDS ay isang anionic detergent. Samakatuwid, nagdaragdag ito ng netong negatibong singil sa mga protina sa loob ng malawak na hanay ng pH. Kapag ang netong negatibong singil ay ibinibigay sa mga molekula ng protina, dahil sa pagkakaiba-iba ng singil, ang mga kumplikadong istruktura ay nasira. Dahil sa negatibong singil, ang mga protina ay umaakit patungo sa positibong dulo. Kaya ang mga molekula na may mas mababang bigat ng molekular ay mas mabilis na naglalakbay sa gel matrix at maaaring maobserbahan malapit sa anode, samantalang ang mas mataas na molekular na timbang na mga protina ay sinusunod na mas malapit sa mga balon.
Figure 01: SDS Page
Ang SDS na nagbubuklod sa polypeptide chain ay proporsyonal sa relatibong molecular mass nito. Samakatuwid, ang molecular mass ay maaari ding matukoy sa pamamagitan ng SDS Page. Ang paglamlam ng SDS Page gels ay ginagawa sa pamamagitan ng bromophenol blue staining. Ang mga aplikasyon ng saklaw ng pahina ng SDS sa isang mas malaking lawak kung saan maaari itong magamit upang tantyahin ang relatibong molecular mass at upang matukoy ang relatibong kasaganaan ng mga protina sa isang pinaghalong protina. Ang SDS Page ay maaari ding gamitin upang matukoy ang pamamahagi ng protina sa isang halo ng mga protina. Inilapat din ang SDS Page upang linisin at suriin ang mga protina. Ginagamit ito bilang paunang pamamaraan para sa western blotting at hybridization, na ginagamit naman para sa pagmamapa ng protina at pagkilala.
Ano ang Native Page?
Native Polyacrylamide gel electrophoresis (Native Page) ay gumagamit ng non-denaturing gel. Samakatuwid, ang SDS o anumang iba pang ahente ng denaturing ay hindi idinagdag sa gel matrix. Sa Native Page, ang paghihiwalay ng mga protina ay batay sa singil at laki ng protina. Samakatuwid, ang mobility ng protina ay nakasalalay sa singil at laki ng protina.
Ang singil ng protina ay nakasalalay sa mga side chain ng mga amino acid. Kung ang mga side chain ay negatibong sisingilin, ang protina ay makakatanggap ng pangkalahatang negatibong singil at vice versa. Ang mga protina ay nagpapanatili ng isang 3D conformation dahil sa pagtitiklop na nagaganap. Ang mga resulta ng pag-fold mula sa ilang mga uri ng bono sa mga protina tulad ng mga disulfide bond, hydrophobic na pakikipag-ugnayan at Hydrogen bond. Samakatuwid, kung ang katutubong Pahina ay dinadala sa isang neutral na pH, ang mga protina ay paghihiwalay ayon sa molekular na hugis ng protina. Samakatuwid, ang Native Page ay maaaring gamitin bilang isang sensitibong pamamaraan upang makita ang pagbabago sa singil o conformation ng protina.
Ang pangunahing bentahe ng katutubong Pahina ay ang protina na ginamit para sa pagsusuri ng Pahina ay maaaring mabawi sa orihinal nitong estado pagkatapos ng pagsusuri sa Pahina, dahil ang protina ay hindi naaabala sa panahon ng proseso. Ang Native Page ay medyo mataas na throughput technique, at tumataas ang stability ng protina.
Figure 02: Native Page
Pagkatapos ng gel run, ang gel ng Native Page ay maaaring tingnan sa pamamagitan ng paglamlam ng bromophenol blue o anumang iba pang angkop na staining reagent. Kasama sa mga aplikasyon ng Native Page ang paghihiwalay ng mga acidic na protina kabilang ang mga glycoprotein gaya ng human recombinant erythropoietin o ang pagkilala sa mga protina na nasa Bovine Serum Albumin (BSA).
Ano ang Mga Pagkakatulad sa pagitan ng SDS Page at Native Page?
- Ang parehong SDS Page at Native Page system ay gumagamit ng polyacrylamide gel bilang matrix ng gel.
- Ginagamit ang dalawa para sa paghihiwalay at pagtukoy ng mga protina.
- Parehong gumagamit ng electrophoretic mobility upang paghiwalayin ang mga compound.
- Maaaring gawin ang dalawa sa patayong paraan o pahalang na paraan (karamihan ay ginagawa bilang patayong pag-setup ng Page dahil mas mahaba ang pagtakbo).
- Ang electrophoresis apparatus kasama ang gel tank, combs, power supply ay kailangan para sa pagpapatakbo ng parehong technique.
- Ang pag-visualize ng gel ay maaaring gawin sa pamamagitan ng mga pamamaraan ng paglamlam sa parehong mga diskarte.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng SDS Page at Native Page?
SDS Page vs Native Page |
|
| Ang SDS Page o Sodium-dodecyl sulfate Page ay naghihiwalay ng mga protina batay sa kanilang molecular weight, at gumagamit ito ng denaturing gel. | Native Page ay gumagamit ng mga non-denaturing gel at naghihiwalay ng mga protina batay sa kanilang laki, singil at hugis (3D conformation). |
| Uri ng Gel | |
| Gumagamit ng denaturing gel sa SDS-page. | Ang isang non-denaturing gel ay ginagamit sa native page. |
| Presence of SDS | |
| Ang SDS ay naroroon bilang isang detergent upang magbigay ng negatibong singil sa sample sa SDS page. | SDS ay wala sa native page. |
| Batayan sa Paghihiwalay | |
| Ang paghihiwalay ng mga protina ay depende sa molecular weight ng protina sa SDS page. | Depende ang paghihiwalay sa laki at hugis ng molekula ng protina sa native page. |
| Katatagan ng Protein | |
| Mababa ang katatagan ng protina sa SDS page. | Mataas ang katatagan ng protina sa native page. |
| Pagbawi ng Orihinal na Protein | |
| Hindi posible dahil na-denatured ito sa SDS page. | Posible sa native page. |
Buod – SDS Page vs Native Page
Ang SDS Page at Native Page ay dalawang uri ng Polyacrylamide gel electrophoresis techniques na ginagamit upang paghiwalayin ang mga protina. Ang SDS Page ay ginagamot ng isang detergent na tinatawag na SDS. Ang SDS ay nagbibigay ng pangkalahatang negatibong singil sa protina, na nagreresulta sa denaturation ng protina. Samakatuwid, ang mga protina ay pinaghihiwalay batay sa kanilang molekular na timbang. Sa kabaligtaran, ang pamamaraan ng Native Page ay hindi gumagamit ng anumang denaturing agent. Kaya ang mga protina ay maaaring pinaghiwalay batay sa kanilang laki o hugis. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng SDS page at native page.
