Mahalagang Pagkakaiba – Probe vs Primer
Ang molecular probe ay isang maliit na DNA o RNA fragment na kumikilala sa mga pantulong na sequence sa DNA o RNA at nagbibigay-daan sa pagtukoy ng target na sequence. Ang panimulang aklat ay isang maliit na kahabaan ng DNA o RNA na nagsisilbing panimulang punto para sa synthesis ng DNA. Ang mga panimulang aklat at probe ay nagha-hybrid sa mga pantulong na nucleotide ng template na DNA o ang target na DNA. Gayunpaman, ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng probe at primer ay ang mga primer ay kinakailangan para sa pagtitiklop ng DNA habang ang mga probe ay kinakailangan para sa pagtuklas ng mga partikular na pagkakasunud-sunod sa sample na DNA.
Ano ang Probe?
Ang Probe ay isang maliit na fragment ng DNA o RNA na ginagamit upang makita ang target na DNA o RNA sa sample sa pamamagitan ng molecular hybridization. Kilala rin sila bilang mga molecular marker. Ang haba ng probe ay maaaring mag-iba (100 hanggang 1000 base), at ang probe nucleotides ay pantulong sa bahagi ng target na sequence. Para sa kadalian ng pagtuklas, ang mga probe ay may label na radioactive isotopes o may mga fluorescent dyes o antibodies. Ang mga probes ay nagbubuklod sa mga pantulong na base ng target na pagkakasunud-sunod at ipinapakita ang pagkakaroon ng target na DNA o RNA sa sample. Mayroong dalawang pangunahing paraan ng pag-label ng mga probe: end labeling at nick translation. Ang mga probe ay ikinategorya sa iba't ibang uri kabilang ang DNA probe, RNA probe, cDNa probe at synthetic oligonucleotides probe, at inihahanda ang mga ito gamit ang iba't ibang technique.
Ang mga probe ay mahalagang tool sa maraming microbial at molekular na lugar tulad ng virology, forensic pathology, paternity testing, DNA fingerprinting, detection ng genetic disease, RFLP, molecular cytogenetics, in situ hybridization, atbp.
Figure 01: Fluorescently labeled probe na ginagamit sa FISH para sa pagtuklas ng pathogen
Ano ang Primer?
Ang Primer ay isang maikling DNA o RNA fragment na nagsisilbing isang initiator para sa DNA synthesis. Ang DNA polymerase enzyme ay nagdaragdag ng mga nucleotide sa 3' OH na pangkat ng primer sequence at sini-synthesize ang bagong strand na pandagdag sa template na DNA. Ang mga panimulang aklat ay napakaikling mga fragment na may haba na 18 hanggang 20 nucleotides. Ang mga ito ay chemically synthesize sa laboratoryo para sa in vitro DNA amplification (PCR). Ang mga panimulang aklat ay maaaring magkaroon ng anumang pagkakasunud-sunod ng mga nucleotide dahil ang mga ito ay dinisenyo ng gumagamit. Na-synthesize ang mga ito upang tumugma sa mga pantulong na base ng template na DNA. Samakatuwid, maaari itong magkaroon ng anumang pagkakasunud-sunod ng mga nucleotides. Ang mga panimulang aklat ay pinakamahalaga para sa pagtitiklop ng DNA dahil ang DNA polymerase ay hindi makakapag-synthesize ng bagong DNA nang walang isang preexisting na piraso ng DNA. Kapag nagdidisenyo ng mga panimulang aklat para sa PCR, kailangang isaalang-alang ang mga sumusunod na bagay:
- Ang mga primer ay dapat maglaman ng mga pantulong na nucleotide sa gilid na dulo ng DNA na gustong palakihin.
- Ang mga primer ay dapat may temperatura ng pagkatunaw sa pagitan ng 55 – 65 0C
- Ang nilalaman ng G at C ay dapat nasa pagitan ng 50 hanggang 60%.
Dalawang primer ang ginagamit sa PCR bilang forward at reverse para kopyahin ang parehong strand ng sample na DNA. Ang mga panimulang aklat ay karaniwang ginagamit upang magsagawa ng PCR at DNA sequencing.
Figure 02: Primer annealing sa PCR
Ano ang pagkakaiba ng Probe at Primer?
Probe vs Primer |
|
| Ang Probe ay isang maliit na fragment ng DNA/RNA na ginagamit upang makita ang presensya ng target na sequence sa isang sample sa pamamagitan ng molecular hybridization. | Ang Primer ay isang maliit na bahagi ng DNA o RNA na nagsisilbing panimulang punto para sa pagtitiklop ng DNA. |
| Function | |
| Natutukoy nito ang pagkakaroon ng isang partikular na sequence sa sample ng DNA o RNA. | Ito ay gumaganap bilang panimulang punto para sa DNA synthesis. |
| Haba | |
| Ang haba ay maaaring nasa hanay na 100 – 1000 base | Ang haba ay karaniwang mga 18 – 20 base |
| Binding na may Complementary Sequence | |
| Nag-hybridize ang Probe sa mga pantulong na base ng target na sequence | Primer anneals na may mga komplementaryong base ng DNA strands. |
| Labeling | |
| Ang mga probe ay may label para sa kadalian ng pagtuklas | Ang mga primer ay karaniwang walang label |
| Gamitin sa PCR | |
| Ang mga probe ay hindi ginagamit sa PCR | Ang mga primer ay ginagamit sa PCR |
Buod – Probe vs Primer
Ang Probe ay isang maliit na fragment ng DNA o RNA sequence na maaaring i-hybrid sa mga pantulong na nucleotides upang matukoy ang isang target na sequence sa sample. Ang mga probe ay may label na radioactively, immunologically o fluorescently upang makita ang pagkakaroon ng target sequence. Ang primer ay isang napakaliit na fragment ng DNA o RNA na nagsisilbing panimulang punto para sa in vitro DNA amplification. Kinikilala ng DNA polymerase ang 3' OH group primer at sinisimulan ang pagbuo ng bagong strand na pandagdag sa template. Ang mga probes at primer ay gumagana nang katulad sa pamamagitan ng pag-hybrid sa mga pantulong na nucleotides. Kaya, ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng probe at primer ay ang kanilang pangunahing pag-andar.
