Mahalagang Pagkakaiba – Phusion vs Taq Polymerase
Ang DNA polymerases ay malawakang ginagamit na mga enzyme sa molecular biology techniques at natural ding naroroon sa lahat ng organismo na sumasailalim sa DNA replication. Ang mga ito ay ang pangunahing polymerizing enzymes na kasangkot sa panahon ng pagtitiklop. Ang DNA polymerase ay may kakayahang magdagdag ng mga nucleotide sa libreng 3' dulo ng DNA strand na nagiging sanhi ng pagpapalawig ng isang bagong strand. Sa kasalukuyan, dahil sa mga pag-unlad ng molecular biology sa mga diagnostic ng sakit at mga pang-industriyang aplikasyon, mahalagang gumawa ng mga polymerases na may iba't ibang mga kapaki-pakinabang na katangian. Pinatataas nito ang katumpakan ng pamamaraan at ginagawa itong mas mabilis na pamamaraan. Ang Phusion at Taq polymerase ay dalawang komersyal na ginawang thermostable polymerase enzyme na ginagamit sa mga espesyal na aplikasyon sa molekular. Ang Phusion ay isang DNA polymerase na nakahiwalay sa Pyrococcus furiosus at pangunahing ginagamit sa mga eksperimento sa pag-clone upang mapataas ang katapatan. Ang Taq DNA Polymerase ay ang karaniwang DNA polymerase na ginagamit sa Polymerase Chain Reaction (PCR), at ito ay nakahiwalay sa thermostable na bacterium; Thermus aquaticus. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng dalawang enzyme ay ang pinagmulang mikroorganismo. Ang Phusion ay nakahiwalay sa extremophile, ang Pyrococcus furiosus samantalang, ang Taq polymerase ay nakahiwalay sa thermophile, Thermus aquaticus.
Ano ang Phusion?
Ang
Phusion DNA polymerase ay isang novel polymerase na ginawa sa pamamagitan ng paghihiwalay ng enzyme mula sa Pyrococcus furiosus, na isang extremophilic Archaea. Ang mga mikrobyo na ito ay naninirahan sa napakataas na mga kondisyon ng temperatura, sa gayo'y ginagawa ang polymerase na isang mataas na init-stable na polymerase. Ginagamit ang phusion polymerase upang makakuha ng matinding katapatan sa kumbensyonal na thermostable polymerase; Taq polymerase. Ang Phusion polymerase ay may kakayahang palakasin ang mahahabang template hanggang sa 7.5kb ng genomic DNA. Ang pinakamainam na kapasidad ng polymerization ng Phusion polymerase ay nasa 720 C. Ginagamit din ang Phusion sa pag-clone ng mga produkto para sa sequencing, expression analysis at mutation analysis.
Ang Phusion DNA polymerase ay may 3’ – 5’ exonuclease na aktibidad. Nagbibigay-daan ito sa pag-proofread ng bagong synthesize na strand pagkatapos ng synthesis. Samakatuwid, ang mga hindi pagkakatugma ng nucleotide ay madaling ayusin. Kaya, mayroon itong mas mababang rate ng error. Ang pangkalahatang mga bentahe ng Phusion polymerase ay;
- Extreme Fidelity
- Mataas na Bilis at pinababang oras ng extension
- Mga Matatag na Reaksyon at nangangailangan ng kaunting pag-optimize
- Mataas na Yield
Figure 01: Phusion
Ang pangunahing kawalan ng Phusion polymerase ay na ito ay inhibited sa pagkakaroon ng deoxyuridine triphosphate (dUTP). Kapag naipon ang mga dUTP sa pinaghalong reaksyon, maaari nitong pigilan ang mga pagkilos ng Phusion polymerase. Ito ay pinipigilan sa pamamagitan ng paggamot sa reaksyong pinaghalong may dUTPase bago idagdag ang enzyme. Sa kasalukuyan, ginagamit ang isang dUTP resistant na variant ng Phusion polymerase na kilala bilang Pfu Turbo sa halip na Phusion polymerase bilang isang remedyo sa problemang ito.
Ano ang Taq Polymerase?
Ang Taq DNA polymerase invention ay binago ang larangan ng molecular biology. Nalutas nito ang isang malaking problema sa pagpapalakas ng DNA. Ang Taq DNA polymerase ay isang heat stable polymerase enzyme na nakuha at nahiwalay sa thermophilic bacterium, Thermus aquaticus. Ang pagtuklas ng mga enzyme na ito ay humahantong sa pagbuo ng PCR. Ang enzyme na ito ay pinahintulutan ang paggamit ng polymerase chain reaction sa DNA amplification sa halip na sa maginoo na matrabahong pamamaraan ng pag-clone. Ginagamit na ngayon ang PCR sa molecular diagnostics, agricultural at industrial fields na may maraming bagong variation na idinagdag sa technique.
Figure 02: Taq Polymerase
Taq DNA polymerase function sa pinakamainam na hanay ng temperatura sa pagitan ng 720C – 800C. Ang Taq DNA polymerase ay nangangailangan ng isang co-factor; magnesiyo para sa pag-andar nito. Ang Taq polymerase ay walang 3' – 5' proofreading na kakayahan, samakatuwid, ang error rate ng Taq DNA polymerase ay mataas kumpara sa mas bagong mga uri ng DNA polymerase gaya ng Phusion polymerase atbp. Ngunit, ang katanyagan ng Taq DNA polymerase ay nananatiling ang pareho sa buong mundo ng agham dahil sa kaginhawahan at flexibility ng enzyme.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Phusion at Taq polymerase?
- Phusion at Taq polymerase enzymes ay polymerizing enzymes na may kakayahang magdagdag ng mga nucleotide sa 3’ libreng dulo ng DNA strand.
- Phusion at Taq polymerases ay nangangailangan ng primer sequence upang simulan ang polymerization.
- Phusion at Taq polymerases ay heat stable.
- Phusion at Taq polymerases ay ginagamit sa mga mekanismo ng PCR upang palakihin ang DNA.
- Kapag idinaragdag ang polymerase sa reaction mixture, ang Phusion at Taq polymerases ay huling idinaragdag upang matiyak ang kahusayan ng enzyme.
- Phusion at Taq polymerases ay komersyal na synthesize para sa molecular biology experimental purposes.
- Phusion at Taq polymerases ay nangangailangan ng cofactor upang makumpleto ang paggana nito.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Phusion at Taq Polymerase?
Phusion vs Taq Polymerase |
|
| Ang Phusion ay isang DNA polymerase na nakahiwalay sa Pyrococcus furiosus at pangunahing ginagamit sa mga eksperimento sa pag-clone upang mapataas ang katapatan. | Taq DNA Polymerase ay ang karaniwang DNA polymerase na ginagamit sa Polymerase Chain Reaction (PCR), at ito ay nakahiwalay sa thermostable bacterium, Thermus aquaticus. |
| Source Organism | |
| Phusion ay kinuha mula sa extremophilic archaea – Pyrococcus furiosus. | Ang mga akdang pampanitikan na ito ay sumasaklaw mula sa panahon ng kolonisasyon hanggang sa panahon ng dekolonisasyon. |
| Kakayahang Magbasa ng Patunay | |
| 3’ – 5’ proof reading ang kakayahan sa Phusion. | 3’ – 5’ proof reading na kakayahan ay wala sa Taq polymerase. |
| Fidelity | |
| Nariyan ang mataas na katapatan sa Phusion. | Ang Taq polymerase ay nagpapakita ng mababang katapatan. |
| Amplification | |
| Ang Phusion ay may kakayahang palakihin ang mahabang DNA fragment. | Ang Taq polymerase ay may kakayahang palakihin ang mas maiikling mga fragment ng DNA. |
| dUTP Poisoning | |
| Phusion action ay hinahadlangan ng accumulation odd. | Ang Taq polymerase ay hindi hinahadlangan ng dUPT. |
Buod – Phusion vs Taq polymerase
Ang Phusion at Taq DNA polymerase ay dalawang heat stable polymerase na ginagamit sa mga PCR technique. Ang Phusion ay isang polymerase na nakahiwalay sa extremophile, Pyrococcus furiosus samantalang, ang Taq ay nakahiwalay sa thermostable bacteria na Thermus aquaticus. Ang pagtuklas ng Taq DNA polymerase ay humahantong sa pag-imbento ng PCR. Ang Phusion ay may maraming mga pakinabang kaysa sa Taq na ginawa ang Phusion na isang mas mahusay na opsyon sa paggawa ng high fidelity DNA. Gayunpaman, ang Taq polymerase ay ginagamit pa rin bilang karaniwang polymerase enzyme sa PCR. Ito ang pagkakaiba ng Phusion at Taq polymerase.
