Mahalagang Pagkakaiba – Stacking Gel kumpara sa Separating Gel
Ang mga terminong stacking gel at separating gel ay ginagamit sa pagpapaliwanag ng SDS-PAGE technique. Ang SDS-PAGE o sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis ay isang pamamaraan sa laboratoryo na ginagamit upang paghiwalayin ang mga molekula ng protina batay sa kanilang mga molekular na timbang. Ang teorya sa likod ng pamamaraan ay ang mga protina na may iba't ibang molekular na timbang ay nagpapakita ng iba't ibang mga rate ng paglipat; mas mabilis na lumilipat ang mga molekular na may mababang timbang habang ang mga molekula na may mataas na timbang ay mabagal na lumilipat. Ang medium para sa migration ay isang gel. Mayroong dalawang uri ng gel na pinangalanang stacking gel at separating gel. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng stacking gel at separating gel ay ang pH ng stacking gel ay 6.8 samantalang ang pH ng separating gel ay 8.8.
Ano ang Stacking Gel?
Ang Stacking gel ay isang low concentrated polyacrylamide gel na inilalagay sa tuktok ng mas concentrated resolving gel (separating gel) sa SDS-PAGE technique. Ang stacking gel ay ginagamit upang mapabuti ang resolution ng electrophoresis. Tumataas ang resolusyon dahil sa pagkakaiba sa pagitan ng mga konsentrasyon ng stacking gel at paglutas ng gel na nakakaapekto sa mga protina sa sample. Dahil ang konsentrasyon ng polyacrylamide sa stacking gel ay mababa, ang laki ng butas ay mas mataas. Nakakatulong din ito sa pagtaas ng paghihiwalay.
Ang stacking gel ay isang maluwag na polyacrylamide gel na may malalaking pores na humigit-kumulang 7% polyacrylamide. Ang mga pores na ito ay hindi kumikilos bilang isang malaking hadlang para sa malalaking molekula ng protina. Kaya ang gel na ito ay bahagyang nakakaapekto sa kadaliang mapakilos ng mga protina. Ginagawa nito ang paghihiwalay ayon sa kadaliang kumilos at laki ng protina sa pamamagitan ng pag-concentrate sa kanila sa pagitan ng dalawang gel.
Figure 01: SDS-PAGE Acrylamide Gel
Ang pH ng stacking gel ay 6.8. Ang pH nito ay acidic kaysa sa paglutas ng gel ng 2 pH unit. Ang pH na ito ay nagpapahiwatig ng isang mas mababang lakas ng ionic samakatuwid ay isang mas mataas na electrical resistance. Pinupukaw nito ang mobility ng mga protina kaysa sa iba pang mga naka-charge na particle na nasa gel.
Ano ang Separating Gel?
Separating gel o resolving gel ng isang SDS-PAGEtechnique ay isang mataas na konsentrado na polyacrylamide gel na inilalagay sa tuktok ng low concentrated stacking gel. Ang separating gel ay naglalaman ng mataas na halaga ng polyacrylamide (10%). Ang pH ng gel na ito ay pinananatili bilang pH=8.8, na isang mas mataas na antas ng pH kaysa sa stacking gel.
Figure 02: Isang Gel Electrophoresis Apparatus
Kapag naabot ng mga molekula ng protina ang separating gel, ang paglipat ng mga molekulang iyon ay bumagal dahil ang separating gel ay isang mataas na konsentrasyon ng gel na may maliit na sukat ng butas na maaaring kumilos bilang isang malaking hadlang para sa paggalaw ng mga molekula ng protina. Ang pagbagal na ito ay nagbibigay-daan sa iba pang mga protina na mabagal na lumilipat upang makahabol, na nagreresulta sa isang makitid, puro banda sa pagitan ng dalawang gel.
Ano ang Relasyon sa pagitan ng Stacking Gel at Separating Gel?
Parehong ginagamit ang mga uri ng Stacking Gel at Separating Gel sa iisang apparatus
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Stacking Gel at Separating Gel?
Stacking Gel vs Separating Gel |
|
| Ang Ang stacking gel ay isang low concentrated polyacrylamide gel na inilalagay sa tuktok ng mas concentrated resolving gel (separating gel) sa SDS-PAGE technique. | Separating gel o resolving gel ng isang SDS-PAGE technique ay isang mataas na concentrated polyacrylamide gel na inilalagay sa tuktok ng isang mababang concentrated stacking gel. |
| Placement | |
| Inilalagay ang stacking gel sa resolving (separating) gel. | Ang separating gel ay inilalagay sa ilalim ng lalagyan na ginagamit para sa gel electrophoresis. |
| Konsentrasyon | |
| Mataas ang konsentrasyon ng stacking gel. | Mababa ang konsentrasyon ng separating gel. |
| Polyacrylamide Content | |
| Ang stacking gel ay naglalaman ng humigit-kumulang 7% polyacrylamide. | Ang separating gel ay naglalaman ng humigit-kumulang 10% polyacrylamide. |
| pH | |
| Ang pH ng stacking gel ay 6.8. | Ang pH ng separating gel ay 8.8. |
| Laki ng Porma | |
| Malalaking pore size ang nasa stacking gel. | May maliliit na pore size sa separating gel. |
| Resolution | |
| Ang stacking gel ay nagbibigay ng mas mahusay na resolution. | Ang separating gel ay nagbibigay ng hindi magandang resolution. |
Buod – Stacking Gel vs Separating Gel
Ang stacking gel at separating gel ay dalawang uri ng polyacrylamide gel na ginagamit upang makakuha ng mas mahusay na paghihiwalay ng mga molekula ng protina sa isang partikular na sample. Ang pagkakaiba sa pagitan ng stacking gel at separating gel ay ang pH ng stacking gel ay 6.8 samantalang ang pH ng separating gel ay 8.8.
