Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng QTL at GWAS ay nakasalalay sa uri ng mga sequence na ginamit sa pagsusuri. Gumagamit ang QTL ng linkage gene loci para suriin ang mga phenotypic na katangian na nauugnay sa polygenic inheritance habang ang GWAS ay gumagamit ng buong genome sequence para suriin ang mga single nucleotide polymorphism ng isang partikular na kundisyon.
Ang QTL na mga mapa at GWAS ay gumaganap ng mahalagang papel sa genetic analysis para sa iba't ibang katangian. Bukod dito, mahalaga ang mga ito sa pagsusuri ng iba't ibang mga kondisyon ng sakit na may hindi kilalang etiology. Bilang karagdagan, ang sequencing ay gumaganap ng isang mahalagang papel sa parehong mga diskarte. Ang mga diskarteng ito ay maaaring higit pang isama sa iba pang mga diskarte sa mataas na throughput para sa mas mataas na katumpakan at katumpakan.
Ano ang QTL?
Ang QTL ay nangangahulugang Quantitative Trait Locus. Ito ay isang rehiyon ng DNA na nauugnay sa isang phenotypic na katangian. Sa pangkalahatan, ang isang QTL ay nagbibigay ng mga polygenic effect. Ang pamamahagi ng mga QTL ay nag-iiba, at ang bilang ng mga QTL ay nagmumungkahi ng antas ng pagkakaiba-iba ng isang partikular na katangian ng phenotypic. Higit pa rito, kadalasang naka-code ang mga ito para sa mga pinagbabatayan ng tuluy-tuloy na katangian at hindi mga hiwalay na katangian.
Sa pagkakakilanlan ng mga rehiyon ng QTL, mahalagang i-sequence ang isang partikular na lugar ng QTL. Bukod dito, upang gawing madali ang mga pagsisiyasat at pagsasaliksik, ang pagkakasunud-sunod at pag-iimbak ng data ng pagkakasunud-sunod ng mga karaniwang rehiyon ng QTL ay nagaganap sa paglahok ng mga bioinformatic. Tinatawag namin itong pamamaraang QTL mapping. Kasunod nito, nabuo ang isang database kasama ang mga sequence ng rehiyon ng QTL.
Figure 01: QTL Scan
Higit pa rito, ang mga aplikasyon ng mga pagkakasunud-sunod ng QTL ay pangunahing umaasa sa BLAST tool, kung saan matutukoy ang pagkakapareho ng pagkakasunud-sunod. Ito ay mahalaga sa pagbabawas ng mga relasyon sa pagitan ng mga organismo. Higit pa rito, ito ay mahalaga sa pagtukoy ng pagiging kumplikado ng isang partikular na polygenic phenotype. Tinutukoy din nito ang ebolusyon ng isang partikular na katangian.
Sa kasalukuyan, ang QTL analysis ay pinagsama sa iba pang mga high throughput technique tulad ng DNA microarrays. Mahalaga ito sa pagsusuri ng expression ng phenotype. Sa kasalukuyan, interesado ang mga siyentipiko sa pagbuo ng database ng QTL dahil ang mga rehiyon ng QTL ay responsable para sa maraming mahahalagang katangian ng iba't ibang species.
Ano ang GWAS?
Ang GWAS ay kumakatawan sa Genome Wide Association Study. Tumutukoy din ito sa buong pag-aaral ng asosasyon ng genome. Ang mga pag-aaral na ito ay pangunahing nakatuon sa mga obserbasyonal na pag-aaral. Sinusuri nito ang mga genetic na variant ng iba't ibang indibidwal na karaniwang nauugnay sa isang partikular na katangian. Bukod dito, ang buong genome ay mahalaga para sa pagsusuri ng GWAS.
Figure 02: GWAS
Ang GWAS ay isang mahalagang tool sa pagsusuri ng mga single nucleotide polymorphism na nauugnay sa iba't ibang kondisyon ng sakit. Ito rin ay isang paghahambing na pag-aaral ng iba't ibang solong nucleotide polymorphism sa isang malawak na populasyon. Bilang karagdagan, ang sample ng pag-aaral ng GWAS ay napakataas; kaya, kailangan din nito ang format ng isang cross-sectional cohort study.
Higit pa rito, naganap ang unang pag-aaral ng GWAS patungkol sa myocardial infarction at pagsusuri sa mga gene na nauugnay sa myocardial infarction. Sa kasalukuyan, gumaganap ng mahalagang papel ang GWAS sa pagtukoy sa genetic na background ng mga kumplikadong sakit na may hindi kilalang etiology.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng QTL at GWAS?
- Umaasa sila sa data ng mga sequence ng DNA para sa pagsusuri.
- Parehong nauugnay sa genetic na background ng iba't ibang karakter.
- Higit pa rito, nangangailangan sila ng mga tool sa bioinformatics upang mahihinuha at bigyang-kahulugan ang mga resulta.
- Ginawa ang mga ito sa malalaking populasyon.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng QTL at GWAS?
Sinusuri ng QTL ang mga phenotypic na katangiang nauugnay sa polygenic inheritance gamit ang linked gene loci habang sinusuri ng GWAS ang mga single nucleotide polymorphism ng isang partikular na kundisyon gamit ang buong genome sequence. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng QTL at GWAS. Ang QTL mapping ay medyo hindi gaanong kumplikadong pamamaraan kaysa sa GWAS dahil nangangailangan ito ng buong genome sequencing.
Ang infographic sa ibaba ay nagbubuod ng pagkakaiba sa pagitan ng QTL at GWAS sa tabular form.
Buod – QTL vs GWAS
Ang QTL mapping at GWAS ay may malaking papel sa pagtukoy sa genetic na background ng iba't ibang phenotypic na katangian. Tumutulong din sila sa pagsusuri ng genetic background ng iba't ibang sakit. Ang QTL mapping ay nagmamapa ng linkage genes na responsable para sa tuluy-tuloy na mga katangian, at nagsasangkot din ng pagmamapa sa polygenic inheritance genes. Ang GWAS, sa kabilang banda, ay nagaganap sa buong genome na pagsusuri para sa mga solong nucleotide polymorphism. Bilang karagdagan, ito ay nangyayari sa isang mas malaking populasyon. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng QTL at GWAS.
