Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng primer at promoter ay ang primer ay isang commercially synthesized na maikling DNA sequence na ginagamit sa PCR para sa amplification ng isang target na DNA sequence habang ang promoter ay isang partikular na DNA sequence na nagbibigay ng secure na initial binding site para sa RNA polymerase at transcription factor upang simulan ang transkripsyon.
Ang Primer at promoter ay dalawang uri ng DNA sequence. Ang panimulang aklat ay isang maliit na fragment ng DNA na kailangan para sa polymerase chain reaction (PCR). Mayroon itong maiikling mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide na pantulong sa gilid na dulo ng DNA strand. Mayroong dalawang uri ng mga panimulang aklat, at gumagana ang mga ito bilang mga panimulang punto para sa synthesis ng mga bagong hibla ng DNA. Sa kabaligtaran, ang isang tagataguyod ay isang tiyak na pagkakasunud-sunod ng DNA na matatagpuan sa itaas ng agos sa lugar ng pagsisimula ng transkripsyon ng isang gene. Direkta itong nakikipag-ugnayan sa mga bahagi ng mekanismo ng transkripsyon tulad ng RNA polymerase at mga salik ng transkripsyon upang makontrol ang transkripsyon ng DNA. Samakatuwid, ang RNA polymerase at iba pang salik ng transkripsyon ay nagbubuklod sa sequence ng promoter at nagpapasimula ng transkripsyon.
Ano ang Primer?
Ang Primers ay maiikling DNA sequence na idinisenyo para sa amplification ng target na DNA sequence. Sa istruktura, nagtataglay sila ng mga maikling pagkakasunud-sunod ng nucleotide na pantulong sa mga flanking dulo ng DNA double strands. Karaniwan silang humigit-kumulang 20 nucleotides ang haba. Sa panahon ng PCR, ang Taq polymerase ay nag-catalyze sa pagdaragdag ng mga nucleotide sa preexisting nucleotide sequence. Samakatuwid, ang mga panimulang aklat ay nagsisilbing mga panimulang punto para sa synthesis ng mga bagong hibla. Gumagana lamang ang Taq polymerase sa 5' hanggang 3' na direksyon. Samakatuwid, ang DNA synthesis ay nagaganap din sa parehong direksyon na 5' hanggang 3'. Dahil ang DNA ay double-stranded, dalawang uri ng primer ang kailangan sa PCR. Kilala ang mga ito bilang forward primer at reverse primer, batay sa direksyon ng pagpahaba ng primer sa panahon ng DNA synthesis.
Figure 01: Mga Primer
Forward primer anneals na may antisense DNA strand at sinisimulan ang synthesis ng + strand ng gene sa 5’ hanggang 3’ na direksyon. Mayroon itong maikling nucleotide sequence na pantulong sa 3' flanking na dulo ng antisense strand. Ang reverse primer anneals gamit ang sense strand at sinisimulan ang synthesis ng isang complementary strand ng coding strand, na - isang strand ng gene sa 5'to 3' na direksyon. Kaya, ang reverse primer ay idinisenyo na pandagdag sa 3' dulo ng coding strand. Parehong mahalaga ang reverse at forward primer para sa paggawa ng milyun-milyon hanggang bilyun-bilyong kopya ng partikular na mga rehiyon ng DNA na naka-target o interesado.
Ano ang Promoter?
Ang promoter ay isang DNA sequence na matatagpuan sa itaas ng agos o sa 5′ dulo ng transcription initiation site ng isang gene. Nagbibigay ito ng binding site para sa RNA polymerase at ilang mga regulatory elements upang simulan ang transkripsyon ng gene. Ito ay isang regulatory sequence na kailangan para sa pag-on o pag-off ng isang gene. Mayroong isang tiyak na pagkakasunud-sunod ng nucleotide sa promoter. Maaari itong magkaroon ng 100–1000 base pairs. Ipinapakita ng promoter ang direksyon ng transkripsyon. Bukod dito, ipinapahiwatig nito ang sense strand na dapat i-transcribe.
Figure 02: Promoter ng isang Gene
May tatlong uri ng mga elemento ng promoter bilang core promoter, proximal promoter at distal promoter. Ang pangunahing tagataguyod ay ang kaunting bahagi ng tagataguyod na kinakailangan upang simulan ang transkripsyon. Ito ay matatagpuan pinaka-proximal sa simula codon. Ang TATA box ay isang conserved region na matatagpuan sa maraming eukaryotic core promoters. Ito ay matatagpuan sa 25 hanggang 35 base pairs upstream ng transcription start site. Ang proximal promoter ay matatagpuan mas upstream sa core promoter. Sa pangkalahatan, ito ay matatagpuan sa 250 base pairs upstream sa start codon at naglalaman ng mga pangunahing elemento ng regulasyon. Ang distal na promoter ay matatagpuan sa itaas ng agos patungo sa proximal na promoter, at naglalaman ito ng mga karagdagang elemento ng regulasyon. Ang mga bacterial promoter ay may dalawang maikling sequence na elemento sa kanilang mga promoter. Ang TATAAT ay ang consensus sequence na matatagpuan sa -10 ng bacterial promoter habang ang TTGACA ay ang consensus sequence sa -35. Kilala sila bilang -10 element at -35 element.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Primer at Promoter?
- Ang primer at promoter ay dalawang uri ng DNA sequence.
- Binubuo ang mga ito ng mga nucleotide sequence.
- Ang parehong primer at promoter ay mahalaga para sa pagpapahayag ng gene.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Primer at Promoter?
Ang Primer ay isang maikling nucleotide sequence na idinisenyo para sa amplification ng target na DNA. Sa kabaligtaran, ang promoter ay isang tiyak na regulatory DNA sequence na matatagpuan sa itaas ng transcription initiation site ng isang gene. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng primer at promoter. Ang mga panimulang aklat ay humigit-kumulang 20 base pairs ang haba habang ang promoter ay maaaring magkaroon ng 100 -1000 base pairs. Sa paggana, ang mga primer ay inihahain bilang mga panimulang sequence para sa bagong strand synthesis habang kinokontrol ng mga promoter ang gene transcription sa pamamagitan ng pagbibigay ng mga binding site para sa RNA polymerase at iba pang transcription factor.
Bukod dito, ang isang promoter ay tinukoy bilang direksyon ng transkripsyon at nagpapahiwatig ng sense strand ng isang gene. Sa istruktura, ang primer ay isang maikli, single-stranded na DNA sequence habang ang promoter ay isang mahabang double-stranded na DNA sequence.
Ang info-graphic sa ibaba ay nag-tabulate ng higit pang mga paghahambing na nauugnay sa pagkakaiba sa pagitan ng primer at promoter.
Buod – Primer vs Promoter
Ang Ang mga primer ay maiikling pagkakasunud-sunod ng nucleotide na pantulong sa mga gilid na dulo ng target na DNA double-strand. Dalawang uri ng panimulang aklat ang ginagamit sa PCR. Nagsisilbi sila bilang panimulang mga pagkakasunud-sunod para sa synthesis ng mga bagong strands. Ang mga panimulang aklat ay komersyal na idinisenyo, at ang mga ito ay mga pagkakasunud-sunod na matatag sa temperatura. Sa kabilang banda, ang tagataguyod ay isang pagkakasunud-sunod ng regulasyon ng isang gene na matatagpuan sa itaas ng agos sa site ng pagsisimula ng transkripsyon. Kinokontrol ng mga promoter ang transkripsyon ng mga gene. Nagbibigay sila ng mga nagbubuklod na site para sa RNA polymerase at transcription factor upang simulan ang transkripsyon. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng primer at promoter.
