Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF ay ang CDS ay ang aktwal na nucleotide sequence ng isang gene na nagsasalin sa isang protina habang ang ORF ay isang stretch ng DNA sequence na nagsisimula sa translation initiation site (start codon) at nagtatapos sa isang site ng pagwawakas ng pagsasalin (stop codon).
May coding sequence (CDS) ang isang gene. Binubuo ito ng kabuuang exon ng gene at isang start codon at isang stop codon. Ito ang aktwal na bahagi ng gene na nagsasalin at gumagawa ng protina. Ang open reading frame o ORF ay isang nucleotide sequence na matatagpuan sa pagitan ng start codon at stop codon. Walang stop codon sa loob ng isang ORF na nakakaabala sa genetic code na nagsasalin sa isang protina. Sa mga prokaryote, pareho ang CDS at ORF ng isang gene.
Ano ang CDS?
Ang CDS o coding sequence ay ang bahagi ng gene na talagang nagsasalin sa isang protina. Binubuo ito ng mga exon at dalawang codon na kilala bilang AUG codon at stop codon. Ang CDS ay hindi naglalaman ng dalawang Untranslated na rehiyon: 5’ UTR at 3” UTR. Bukod dito, ang mga intron ay hindi kasama sa CDS.
Figure 01: Coding Sequence
Kung ihahambing sa buong genome ng isang indibidwal, ang coding sequence ay isang maliit na bahagi. Ang coding sequence ay binubuo ng kinakailangang nucleotide sequence para gawin ang amino acid sequence ng protina. Samakatuwid, ang CDS ay puro exon na maaaring nahahati sa mga nucleotide triplet o codon. Ang mga codon ay nagdudulot ng mga amino acid.
Ano ang ORF?
Ang Open reading frame o ORF ay ang tuluy-tuloy na stretch ng isang nucleotide sequence na nagsisimula sa start codon at nagtatapos sa stop codon. Sa simpleng salita, ang ORF ay tumutukoy sa rehiyon ng nucleotide sequence na matatagpuan sa pagitan ng start at stop codons. Sa pagitan, walang stop codon na nakakaabala sa ORF. Ang nucleotide sequence sa pagitan ng start at stop codon ay nag-encode para sa mga amino acid. Sa pangkalahatan, ang start codon ay ATG habang ang mga stop codon ay TAG, TAA, at TGA. Nagbibigay ang ORF ng functional na protina kapag na-transcribe at isinalin. Samakatuwid, ang ORF ay may kasamang panimulang codon, ilang mga codon sa gitnang rehiyon at isang stop codon. Kapansin-pansin, ang ORF ay may haba na maaaring hatiin ng tatlo.
Figure 02: Buksan ang Reading Frame
Sa mga prokaryote, dahil walang mga intron, ang ORF ay ang coding sequence ng isang gene na direktang nag-transcribe sa mRNA. Samakatuwid, ang CDS at PRF ay pareho sa mga prokaryote. Kapag naghahanap ng mga gene sa mga prokaryote, madaling makita ang isang ORF at makahanap ng isang gene sa mga prokaryote. Sa mga eukaryote, dahil may mga intron, ang ORF ay ang pagkakasunud-sunod ng codon na nabubuo pagkatapos ng pagproseso o RNA splicing. Ang ORF ay isang piraso ng ebidensya na tumutulong sa paghula ng gene hangga't ang ORF ay malamang na maging bahagi ng isang gene.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng CDS at ORF?
- Sa mga prokaryote, pareho ang CDS at ORF.
- Parehong may start codon at stop codon.
- Mayroon silang bilang ng mga nucleotide na maaaring hatiin sa tatlo.
- Kapag nagsalin sila, gumagawa sila ng mga sequence ng amino acid.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF?
Ang CDS ay ang aktwal na bahagi ng gene na nagsasalin sa isang protina habang ang ORF ay ang kahabaan ng DNA sa pagitan ng simulang codon at isang stop codon. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF. Higit pa rito, ang CDS ay hindi naglalaman ng mga intron, ngunit ang ORF ay maaaring maglaman ng mga intron. Ang CDS ay ganap na nagsasalin sa isang kumpletong pagkakasunud-sunod ng mRNA habang ang ORF ay maaaring maging bahagi ng pagkakasunud-sunod ng mRNA. Kaya, ito ay isa pang pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF.
Sa ibaba ng mga infographic tabulate na magkatabi ang mga pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF.
Buod – CDS vs ORF
Ang CDS at ORF ay dalawang mahalagang bahagi ng isang gene. Ang CDS ay tumutukoy sa aktwal na rehiyon ng DNA na nagsasalin sa isang protina. Ang ORF ay isang sequence ng DNA na nagsisimula sa start codon "ATG" at nagtatapos sa alinman sa tatlong termination codons (TAA, TAG o TGA). Ang ORF ay maaaring bahagi ng kumpletong mRNA ng isang gene. Gayunpaman, ang pagkakasunud-sunod ng coding ng isang gene ay nag-transcribe upang makumpleto ang pagkakasunud-sunod ng mRNA. Ang lahat ng mga CDS ay mga ORF. Ngunit hindi lahat ng ORF ay mga CDS. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng CDS at ORF.
