Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng NGS at WGS ay ang next-generation sequencing (NGS) ay isang napakalaking parallel na second-generation sequencing na teknolohiya na mataas ang throughput, mababang gastos, at mabilis, habang ang whole-genome sequencing (WGS) ay isang komprehensibong paraan ng pagsusuri sa buong genomic DNA ng isang cell nang sabay-sabay sa pamamagitan ng paggamit ng mga sequencing technique gaya ng Sanger sequencing, shotgun approach o high throughput NGS sequencing.
Sa nakalipas na ilang dekada, ang pag-unawa sa genome ng mga tao at iba pang mga hayop ay tumaas nang husto dahil sa pagtuklas ng mabilis na mga diskarte sa pagkakasunud-sunod at mga tool sa bioinformatics. Ang mga tradisyonal na pamamaraan ng pagkakasunud-sunod tulad ng Sanger sequencing ay may mga limitasyon, na nanawagan para sa pagbuo ng mga bagong pamamaraan ng mabilis na pagkakasunud-sunod tulad ng susunod na henerasyon na pagkakasunud-sunod (NGS) at nanopore sequencing. Ang diskarteng whole-genome sequencing (WGS) ay isang kamakailang diskarte na ginagamit na sa maraming genomic na proyekto sa pananaliksik, tulad ng 100, 000 genomic na proyekto ng Genomic England, UK. Kaya, ang NGS at WGS ay dalawang sequencing method na kasalukuyang isinasama sa maraming genomic na proyekto.
Ano ang NGS?
Ang NGS (next-generation sequencing) ay isang napakalaking parallel na second-generation sequencing na teknolohiya na mataas ang throughput, mababang gastos, at mabilis. Walang tiyak na kahulugan para sa susunod na henerasyong pagkakasunud-sunod. Ngunit malinaw nating makikilala ito mula sa kumbensyonal na mga pamamaraan ng pagkakasunud-sunod na nakabatay sa capillary. Binibigyang-daan ng next-generation sequencing ang sequencing ng isang molekula ng DNA na may kabuuang sukat na mas malaki sa 1 milyong base pairs sa isang eksperimento. Nag-aalok ito ng hindi pa nagagawang bilis at mataas na throughput na mga opsyon, tulad ng pagpapahintulot sa pagkakasunud-sunod ng DNA ng maraming indibidwal nang sabay-sabay. Ito ay nakakamit sa pamamagitan ng miniaturizing ang dami ng mga indibidwal na sequencing reaksyon. Bukod dito, nililimitahan din nito ang laki ng mga instrumento at pinapaliit ang halaga ng mga reagents sa bawat reaksyon.
Figure 01: NGS Platforms
Ang NGS ay isang short-read sequencing method na nagbago na ng biological research field. Higit pa rito, inilalapat ang NGS sa iba't ibang lugar tulad ng de novo genome sequencing, whole-genome sequencing, transcriptome analysis, small RNA at micro RNA sequencing, targeted resequencing, at whole-exome sequencing.
Ano ang WGS?
Ang WGS (whole-genome sequencing) ay isang komprehensibong paraan ng pagsusuri sa buong genomic DNA ng isang cell sa isang pagkakataon sa pamamagitan ng paggamit ng mga sequencing technique gaya ng Sanger sequencing, shotgun approach, o high throughput NGS sequencing. Kilala rin ito bilang full genome sequencing o kumpletong genome sequencing. Kasama sa whole-genome sequencing ang pagkakasunud-sunod ng lahat ng chromosomal DNA ng isang organismo pati na rin ang DNA sa mitochondria, at para sa mga halaman, ang DNA sa chloroplast sa isang pagkakataon. Ang WGS ay nagbibigay-daan sa mga siyentipiko na basahin ang eksaktong pagkakasunud-sunod ng lahat ng mga titik na bumubuo sa kumpletong hanay ng DNA. Ang WGS na gumagamit ng NGS platform ay inaasahang magbabago ng clinical setup.
Figure 02: WGS vs Hierarchical Shotgun Sequencing
Whole-genome sequencing ay ipinakilala sa klinikal na pangangalaga noong 2014. Higit pa rito, ang aplikasyon ng WGS ay nagsasangkot ng pagkakasunud-sunod ng gene sa antas ng SNP upang matukoy ang mga functional na variant sa pag-aaral ng asosasyon, therapeutic intervention sa personalized na gamot, evolutionary biology, comparative genomic analysis, pag-aaral ng mga mutasyon at muling pagsasaayos, mga bihirang pag-aaral ng pag-uugnay ng variant, at paghula sa pagkamaramdamin sa sakit at pagtugon sa gamot.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng NGS at WGS?
- Ang NGS at WGS ay dalawang sequencing technique.
- Ang parehong mga diskarte ay nagse-sequence ng DNA o RNA.
- Ang mga diskarteng ito ay bago at maaasahan.
- Ang mga ito ay parehong ginagamit sa pag-diagnose ng mga sakit at pagtuklas ng mga gamot.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng NGS at WGS?
Ang NGS ay isang napakalaking parallel na second-generation sequencing na teknolohiya na mataas ang throughput, mababang gastos, at mabilis, habang ang WGS ay isang komprehensibong paraan ng pagsusuri sa buong genomic DNA ng isang cell nang sabay-sabay sa pamamagitan ng paggamit ng mga sequencing technique tulad ng bilang Sanger sequencing, shotgun approach o high throughput NGS sequencing. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng NGS at WGS. Higit pa rito, ang NGS ay binubuo lamang ng pangalawang henerasyong mga pamamaraan ng pagkakasunud-sunod habang ang WGS ay binubuo ng una, pangalawa, at pangatlong henerasyon ng mga pamamaraan ng pagkakasunud-sunod.
Ipinapakita ng sumusunod na talahanayan ang mga pagkakaiba sa pagitan ng NGS at WGS sa anyong tabular para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – NGS vs WGS
Sa nakalipas na mga dekada, ang iba't ibang pamamaraan ng pagkakasunud-sunod ay karaniwang ginagamit sa kontemporaryong molekular na pananaliksik. At kahit na ang mga ito ay napakalakas na tool para sa maraming klinikal na aplikasyon. Ang NGS at WGS ay dalawang pamamaraan ng pagkakasunud-sunod na kasalukuyang isinasama sa maraming genomic na proyekto. Ang NGS ay isang second-generation sequencing technology na mataas ang throughput, mababang gastos, at mabilis. Sa kabilang banda, ang WGS ay isang paraan ng pagsusuri sa buong genomic DNA o buong genomic DNA ng isang cell nang sabay-sabay sa pamamagitan ng paggamit ng mga sequencing technique tulad ng Sanger sequencing, shotgun approach, o high throughput NGS sequencing. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba ng NGS at WGS.
