Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng CGH at array CGH ay ang CGH ay isang tradisyunal na molecular cytogenetic method para sa pagsusuri ng copy number variation sa DNA ng isang test sample na may mas mababang resolution, habang ang array CGH ay isang ganap na automated molecular cytogenetic method para sa sinusuri ang pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa DNA ng isang sample ng pagsubok na may mas mataas na resolution.
Ang CGH at array CGH ay dalawang diskarte upang makita ang mga pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa mga indibidwal. Ang pagkakaiba-iba ng kopya ng numero ay tumutukoy sa mga seksyon ng genome na inuulit. Ang numero ng kopya ay nag-iiba sa pagitan ng mga indibidwal. Ang pagkakaiba-iba ng numero ng kopya ay karaniwang ikinategorya sa dalawang pangkat: maikling pag-uulit at mahabang pag-uulit. Isa sa mga pinakakilalang halimbawa para sa isang maikling pagkakaiba-iba ng numero ng kopya ay ang pag-uulit ng CAG trinucleotide sa huntingtin gene. Nagdudulot ito ng neurological disorder na tinatawag na huntingtin. Ang pinakamahusay na halimbawa para sa mahabang pag-uulit ng pagkakaiba-iba ng numero ng kopya ay ang alpha amylase gene, na nagiging sanhi ng insulin resistance. Maaaring matukoy ang pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa pamamagitan ng mga diskarte gaya ng FISH, CGH, at array CGH.
Ano ang CGH?
Ang CGH ay isang tradisyunal na molecular cytogenetic na pamamaraan para sa pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa DNA ng isang test sample kumpara sa isang reference na sample. Ito ay may mas mababang resolution kumpara sa mga automated na diskarte. Ang layunin ng diskarteng ito ay mabilis at mahusay na paghambingin ang dalawang genomic DNA sample na nagmumula sa magkaibang pinagmulan.
Figure 01: CGH
Ang pamamaraan ay nagsasangkot ng paghihiwalay ng DNA mula sa dalawang pinagmumulan: pagsubok at sanggunian. Pagkatapos ang susunod na hakbang ay independiyenteng pag-label ng pagsubok at sanggunian na mga sample ng DNA na may mga fluorophores na may iba't ibang kulay. Nang maglaon, ang dalawang sample ng DNA ay na-denatured upang makuha ang mga single-stranded na sample ng DNA. Sa wakas, ang hybridization ng dalawang resultang mga sample ng DNA sa isang 1: 1 ratio sa isang normal na metaphase na pagkalat ng mga chromosome ay ginanap. Ang mga pagkakaiba ng chromosomal ay maaaring matukoy sa pagitan ng dalawang pinagmumulan gamit ang isang fluorescence microscope at computer software. Higit pa rito, ang CGH technique ay nakakatuklas lamang ng mga hindi balanseng chromosomal abnormalities.
Ano ang Array CGH?
Ang Array CGH ay isang ganap na automated na molecular cytogenetic na pamamaraan para sa pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa DNA ng isang pagsubok na sample kumpara sa isang reference na sample. Ito ay may mas mataas na resolution, at ito ay binuo upang mabawasan ang mga limitasyon ng tradisyonal na CGH. Pinagsasama ng Array CGH ang mga prinsipyo ng CGH sa paggamit ng mga microarray. Sa halip na gumamit ng metaphase chromosome na kumalat, ang pamamaraang ito ay gumagamit ng mga slide na nakaayos na may maliliit na segment ng DNA bilang mga target. Ang mga microarray na ito ay ginawa sa pamamagitan ng pagdedeposito at pag-immobilize ng isang maliit na halaga ng DNA (probes) sa isang solidong suporta sa salamin. Ang laki ng mga probe ay maaaring mag-iba mula sa oligonucleotide hanggang sa isang bacterial artificial chromosome.
Figure 02: Array CGH
Anuman ang mga probe, ang pangunahing paraan ng array CGH ay katulad ng CGH. Kapag naihanda na ang mga probe na naglalaman ng microarray, ang dalawang sample ng DNA (pagsubok at sanggunian) na may label na mga fluorophores ng iba't ibang kulay ay pinaghalo at idinaragdag sa microarray. Dahil ang DNA sa mga sample ay single-stranded dahil sa denaturation, ang DNA na ito ay nag-hybrid sa mga arrayed single-stranded probes. Gamit ang isang digital imaging system, posibleng matukoy ang mga pagkakaiba ng chromosomal sa pagitan ng dalawang pinagmumulan.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng CGH at Array CGH?
- Ang CGH at array CGH ay dalawang diskarte upang makita ang mga pagkakaiba-iba ng numero ng kopya.
- Ang mga ito ay mga molecular cytogenetic na pamamaraan.
- Ang parehong paraan ay nag-diagnose ng hindi balanseng chromosomal abnormalities.
- Kasali ang mga Fluorophor sa parehong pamamaraan.
- Maaaring gamitin ang parehong paraan upang makita ang mga genetic disorder dahil sa mga pagkakaiba-iba ng numero ng kopya.
- Malawakang ginagamit ang mga ito sa comparative genomic analysis.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng CGH at Array CGH?
Ang CGH ay isang tradisyunal na molecular cytogenetic method para sa pagsusuri ng copy number variation sa DNA ng isang test sample na may mas mababang resolution, habang ang array CGH ay isang ganap na automated molecular cytogenetic method para sa pagsusuri ng copy number variation sa DNA ng isang test sample na may mas mataas na resolution. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng CGH at array CGH. Higit pa rito, sa CGH, nag-hybridize ang mga sample ng DNA sa pagsubok at sanggunian sa isang normal na metaphase spread ng mga chromosome, ngunit sa array na CGH, nag-hybrid ang mga sample ng pagsubok at reference ng DNA sa mga immobilized DNA probes na naglalaman ng microarray.
Inililista ng infographic sa ibaba ang mga pagkakaiba sa pagitan ng CGH at array CGH sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – CGH vs Array CGH
Ang CGH at array CGH ay dalawang molecular cytogenetic technique upang makita ang hindi balanseng chromosomal abnormalities. Malawakang ginagamit ang mga ito sa comparative genomic analysis. Ang CGH ay isang tradisyunal na molecular cytogenetic na pamamaraan para sa pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa DNA ng isang sample ng pagsubok na may mas mababang resolution. Sa kabaligtaran, ang array CGH ay isang ganap na automated na molecular cytogenetic na pamamaraan para sa pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng numero ng kopya sa DNA ng isang sample ng pagsubok na may mas mataas na resolution. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng CGH at array CGH.
