Mahalagang Pagkakaiba – Upstream vs Downstream DNA
Mahalagang magkaroon ng pangkalahatang kaalaman tungkol sa komposisyon at istruktura ng DNA upang maunawaan ang pagkakaiba sa pagitan ng upstream at downstream na DNA. Ang DNA ay binubuo ng mga polynucleotide chain. Ang mga nucleotide ay ang mga bloke ng gusali na lumilikha ng mga polynucleotide chain at ang bawat nucleotide ay ginawa mula sa tatlong bahagi: isang limang-carbon na asukal, isang nitrogenous na base, at isang grupo ng pospeyt. Ang isang phosphate group at isang OH group ay nakakabit sa 5' position carbon at 3' position carbon ng sugar molecule sa isang nucleotide, ayon sa pagkakabanggit. Ang mga nucleotide ay pinagsama ng mga phosphodiester bond na nabuo sa pagitan ng 5' phosphate group ng isang nucleotide at 3' OH group ng katabing nucleotide. Kung ang polynucleotide chain ay may libreng 5' phosphate group, ito ay itinalaga bilang 5' dulo; kung mayroon itong libreng 3’ OH na pangkat, ito ay itinalaga bilang 3’ dulo. Samakatuwid, ang mga hibla ng DNA ay karaniwang may 5' at 3' na dulo ayon sa mga posisyon ng dulo ng mga polynucleotide chain. Umiiral din ang DNA bilang double-stranded form. Dalawang hibla ay antiparallel sa isa't isa. Samakatuwid, ang DNA ay may dalawang strand na tumatakbo patungo sa 5' hanggang 3' na direksyon at 3' hanggang 5' na direksyon. Ang upstream at downstream na DNA ay tinutukoy na tumutukoy sa transkripsyon at synthesis ng 5' hanggang 3' mRNA strand. Kung ang DNA ay isinasaalang-alang patungo sa 5 dulo ng coding strand mula sa transcription initiation site ito ay kilala bilang upstream DNA. Kung ang DNA ay isinasaalang-alang patungo sa 3' dulo mula sa coding strand mula sa transcription initiation site ay kilala bilang downstream DNA. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng upstream at downstream na DNA.
Ano ang Upstream DNA?
Ang gene ay isang istruktura at functional unit heredity na matatagpuan sa DNA ng isang organismo. Ito ay naka-imbak na may mga tagubilin upang bumuo ng isang protina. Ang gene ay may partikular na rehiyon ng isang molekula ng DNA. Kung kinakailangan, ito ay nagsasalin at nagsasalin sa isang protina sa pamamagitan ng synthesis ng isang mRNA strand. Karaniwan ang isang coding strand ng gene ay tumatakbo mula 5' hanggang 3' na direksyon. Kapag ito ay na-transcribe, ito ay gumagawa ng isang mRNA strand sa parehong direksyon na 5' hanggang 3'. Sa panahon ng transkripsyon, ang 3' hanggang 5' antisense strand ay nagsisilbing template strand at sinisimulan ang mRNA synthesis. Mayroong isang site ng pagsisimula ng transkripsyon sa gene. Sa pagtukoy sa site ng pagsisimula ng transkripsyon, ang rehiyon ng DNA patungo sa 5' dulo ng coding strand ay kilala bilang upstream DNA. Ang isang promoter ng gene ay karaniwang matatagpuan sa upstream na rehiyon ng DNA. Sa mga eukaryotic genes, may mga TATA box, proximal na elemento ng promoter, at mga enhancer sa lugar na upstream sa gene. Ang upstream na rehiyon ng gene ay tinutukoy ng mga negatibong numero. Ang upstream na DNA ng isang gene ay pinakamahalaga para sa transkripsyon.
Ano ang Downstream DNA?
Transcription initiation site ay kilala bilang +1 point ng isang gene. Ang rehiyon ng DNA mula sa +1 point patungo sa 3’ dulo ng coding strand ay kilala bilang downstream DNA. Sa madaling salita, ang downstream ng gene ay mula sa transcription initiation site patungo sa 5' dulo ng template strand. Samakatuwid, ang downstream na DNA ng isang gene region ay kinabibilangan ng transcriptional unit at iba pang sequence gaya ng terminator sequence. Maaaring maimpluwensyahan ng promoter ang downstream sequence ng isang gene. Ang downstream na bahagi ng isang gene ay tinutukoy na may mga positibong numero. Ang downstream DNA ng isang gene ay ang aktwal na rehiyon na nagbibigay ng produktong protina.
Figure 01: Upstream at Downstream DNA
Ano ang pagkakaiba ng Upstream at Downstream DNA?
Upstream vs Downstream DNA |
|
| DNA region patungo sa 5’ dulo ng coding sequence mula sa transcription initiation site ay kilala bilang upstream DNA. | DNA region patungo sa 3’ dulo ng coding strand mula sa transcription initiation site ay kilala bilang downstream DNA. |
| Elements | |
| Ang mga promoter at enhancer ay matatagpuan sa upstream na DNA | Transcription unit at ang terminator sequence ay matatagpuan sa downstream DNA. |
| Numbering | |
| Ang mga nucleotide sa upstream na rehiyon ay tinutukoy na may mga negatibong numero | Ang mga nucleotide ay tinutukoy na may mga positibong numero. |
| Function | |
| Naglalaman ang rehiyong ito ng mga elementong kinakailangan para makontrol at simulan ang transkripsyon | Naglalaman ang rehiyong ito ng pagtuturo upang makagawa ng protina at wakasan ang transkripsyon |
Buod – Upstream vs Downstream DNA
Madaling matukoy ang upstream at downstream ng isang RNA strand. Tungkol sa reference site, ang rehiyon patungo sa 5' dulo ng RNA strand ay kilala bilang upstream RNA samantalang ang rehiyon patungo sa 3' end ay kilala bilang downstream RNA. Gayunpaman, sa DNA, mayroong dalawang hibla na tumatakbo sa parehong direksyon 5' hanggang 3' at 3' hanggang 5'. Samakatuwid, ang pagkakaiba sa pagitan ng upstream at downstream na DNA ay kumplikado. Samakatuwid, ito ay naiiba sa pagtukoy sa transkripsyon ng isang gene. Mula sa transcription initiation site patungo sa 5 dulo ng sense strand, ang DNA region ay kilala bilang upstream DNA samantalang mula sa transcription initiation site patungo sa 3' end ng sense strand ay kilala bilang downstream DNA. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng upstream at downstream ng DNA.
