Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng xylene cyanol at bromophenol blue ay sa 1% agarose gel, mas mabagal ang paglipat ng xylene cyanol, samantalang ang bromophenol blue ay mas mabilis na lumilipat.
Xylene cyanol at bromophenol blue ay mahalaga bilang mga color marker na magagamit sa pagsubaybay sa proseso ng agarose gel electrophoresis at polyacrylamide gel electrophoresis.
Ano ang Xylene Cyanol?
Ang Xylene cyanol ay isang electrophoretic color marker o isang tracking dye. Ito ay kapaki-pakinabang sa pagsubaybay sa proseso ng agarose gel electrophoresis at polyacrylamide gel electrophoresis. Kapag ang sangkap na ito ay hinalo sa sample, ang konsentrasyon ng sangkap na ito ay karaniwang nagiging 0.005% hanggang 0.03%. Ang ilang kasingkahulugan na magagamit namin para sa xylene cyanol ay kinabibilangan ng Acid Blue 147, xylene cyanole, xylene cyanol FF, xylene cyanole FF, atbp.
Ang kemikal na formula ng tambalang ito ay C25H27N2NaO 6S2 Ang molar mass ng xylene cyanol ay 538.61 g/mol. Ang sangkap na ito ay maaaring lumipat sa bilis na humigit-kumulang 4 – 5 kilobase na pares ng mga fragment ng DNA sa 1% agarose gels. Gayunpaman, depende ito sa buffer na ginagamit namin. Karaniwan, ang xylene cyanol sa 6% polyacrylamide gel ay maaaring lumipat sa bilis na humigit-kumulang 140 base pair na mga fragment ng DNA. Sa kabilang banda, maaari itong mag-migrate sa 20% denaturing polyacrylamide gel electrophoresis sa bilis na 25 base oligonucleotide.
Ang bilang ng hydrogen bond ng donor ng xylene cyanol ay 2m, at ang bilang ng acceptor ng hydrogen bond ay 8. Ang rotatable bond count ng compound na ito ay maaaring ibigay bilang 7. Ang pagiging kumplikado ng xylene cyanol ay maaaring ilarawan bilang 1120 degrees. Mayroon itong tinukoy na bilang ng stereocenter ng bono na 1.
Ano ang Bromophenol Blue?
Ang
Bromophenol blue ay isang kapaki-pakinabang na pH indicator na kapaki-pakinabang bilang electrophoretic color marker at dye. Mayroon itong kemikal na pangalan na 3’, 3”, 5’, 5”-tetrabromophenolsulfonphthalein, BPB. Ang chemical formula ng tambalang ito ay C19H10Br4O5 S. Ang molar mass ng tambalang ito ay 669.96 g/mol. Ito ay walang amoy, at ang density nito ay maaaring ibigay bilang 2.2 g/mL. Ang punto ng pagkatunaw nito ay 273 degrees Celsius, at ang punto ng kumukulo nito ay 279 degrees Celsius. Maihahanda natin ito sa pamamagitan ng dahan-dahang pagdaragdag ng labis na bromine sa isang mainit na solusyon ng phenolsulfonphthalein sa glacial acetic acid.
Ang Bromophenol blue ay kapaki-pakinabang bilang acid-base indicator sa hanay sa pagitan ng pH 3.0 hanggang 4.6. Nagagawa nitong magbago mula dilaw sa pH 3.0 hanggang pH 4.6. Bukod dito, ito ay isang mababalik na reaksyon. Sa istruktura, ang bromophenol blue ay katulad ng phenolphthalein.
Bukod dito, magagamit natin ito bilang color marker para subaybayan ang proseso ng agarose gel electrophoresis at polyacrylamide gel electrophoresis. Ang sangkap na ito ay maaaring magdala ng negatibong singil sa katamtamang pH, kung saan maaari itong lumipat sa parehong direksyon tulad ng DNA o protina sa isang gel. Maaaring mag-iba ang rate ng paglipat ayon sa density ng gel at komposisyon ng buffer. Gayunpaman, sa isang tipikal na 1% agarose gel sa 1 beses na TAE buffer o TBE buffer, ang substance na ito ay nagmi-migrate sa parehong bilis bilang isang DNA fragment na humigit-kumulang 300 base pairs.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Xylene Cyanol at Bromophenol Blue?
Ang Xylene cyanol at bromophenol blue ay mahalagang mga marker ng kulay. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng xylene cyanol at bromophenol blue ay na sa 1% agarose gel, mas mabagal ang paglipat ng xylene cyanol, samantalang ang bromophenol blue ay mas mabilis na lumilipat.
Sa ibaba ay isang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng xylene cyanol at bromophenol blue sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – Xylene Cyanol vs Bromophenol Blue
Xylene cyanol at bromophenol blue ay mahalaga bilang mga color marker na ginagamit sa pagsubaybay sa proseso ng agarose gel electrophoresis at polyacrylamide gel electrophoresis. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng xylene cyanol at bromophenol blue ay na sa 1% agarose gel, ang xylene cyanol ay mas mabagal na lumilipat samantalang ang bromophenol blue ay mas mabilis na lumilipat.
