Mahalagang Pagkakaiba – Exome vs Transcriptome
Ang isang gene ay naglalaman ng coding at non-coding na mga rehiyon sa loob nito. Kilala ang mga pagkakasunud-sunod ng coding bilang mga exon, at ang mga pagkakasunud-sunod na hindi pang-coding ay kilala bilang mga intron. Ang nucleotide sequence ng mga exon ng isang gene ay kumakatawan sa genetic code ng gene upang i-synthesize ang partikular na protina. Samakatuwid, ang mga exon ay nananatili sa molekula ng mRNA. Ang kabuuang rehiyon ng exon ng genome ay kilala bilang exome, at ito ay isang mahalagang bahagi ng genome. Ang genetic code ng mga gene ay binago sa genetic code ng mRNA molecule, na kailangan para sa produksyon ng protina. Ang buong mga molekula ng mRNA na na-transcribe sa isang cell o isang populasyon ng cell sa isang pagkakataon ay kilala bilang isang transcriptome. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng exome at transcriptome ay ang exome ay kumakatawan sa mga pagkakasunud-sunod ng mga rehiyon ng exon ng genome habang ang transcriptome ay kumakatawan sa kabuuang mRNA ng isang cell o isang tissue sa isang partikular na oras.
Ano ang Exome?
Ang mga gene ay binubuo ng mga exon, intron at regulatory sequence. Ang mga exon ay ang mga rehiyon ng gene na na-transcribe sa pagkakasunud-sunod ng mRNA sa panahon ng transkripsyon. Ang mga intron at iba pang non-coding na rehiyon ay inaalis sa panahon ng transkripsyon. Tinutukoy ng nucleotide sequence ng mga exon ang genetic code ng gene na nag-synthesize ng partikular na protina na kino-code nito. Ang mga exon lamang ang nananatili sa loob ng mRNA ng isang protina. Ang koleksyon ng mga exon sa genome ay kilala bilang exome ng isang organismo. Ito ay kumakatawan sa isang bahagi ng genome na ipinahayag sa mga gene. Sa mga tao, ang exome ay 1% mula sa genome. Ito ang bahagi ng protein-coding ng genome ng tao.
Figure 01: Exome
Ano ang Transcriptome?
Ang transcriptome ay ang koleksyon ng lahat ng protina-coding at non-coding transcript (RNA) sa isang partikular na tissue. Ang transcriptome ay kumakatawan sa koleksyon ng kabuuang mRNA molecule na ipinahayag ng mga gene sa isang cell o tissue. Ang transcriptome ng isang cell ay maaaring iba-iba sa transcriptome ng isa pang uri ng cell. Ang transcriptome ay dynamic din - nagbabago ito sa oras bilang tugon sa parehong panloob at panlabas na stimuli. Kahit sa loob ng parehong tissue o sa loob ng parehong uri ng cell, maaaring magbago ang transcriptome pagkalipas ng ilang minuto.
Ang Transcriptome ay naiiba sa exome ng isang organismo. Kasama lang sa transcriptome ang mga ipinahayag na exome sequence. Kahit na ang exome ng isang cell ay nananatiling pareho, ang transcriptome ay naiiba sa mga cell dahil ang expression ng gene ay hindi pareho para sa lahat ng mga cell o tissue. Ang mga mahahalagang gene lamang ang ipinahayag sa iba't ibang mga selula at tisyu. Ang expression ng gene ay isang prosesong partikular sa tissue o cell type. Ito ay kinokontrol ng iba't ibang mga kadahilanan kabilang ang mga kadahilanan sa kapaligiran. Samakatuwid, maaaring mag-iba ang transcriptome sa mga panlabas na kondisyon sa kapaligiran.
Transcriptome ay ginagamit bilang pasimula para sa pag-aaral ng proteomics. Ang lahat ng mga protina ay nagmula sa mga pagkakasunud-sunod ng mRNA. Ang mga pagbabago sa pagsasalin ay maaaring magresulta sa mga pagbabago sa mga protina. Gayunpaman, ang transcriptome ay nagbibigay ng mahalagang pangunahing impormasyon para sa proteomic na pag-aaral.
Figure 02: Transcriptome ng mga embryonic stem cell
Ano ang pagkakaiba ng Exome at Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Ang Exome ay ang koleksyon ng protina-coding na rehiyon ng mga gene. | Ang Transcriptome ay ang koleksyon ng lahat ng na-transcribe na RNA kabilang ang mRNA. |
| Sample | |
| Ang Exome ay pinag-aralan gamit ang DNA sample. | Transcriptome ay pinag-aaralan gamit ang RNA sample. |
| Paraan ng Pag-aaral | |
| Whole exome sequencing ay ang paraan ng pag-aaral ng exome. | Ang RNA sequencing ay ang paraan ng pag-aaral ng transcriptome. |
Buod – Exome vs Transcriptome
Ang Exon ay ang mga coding sequence ng mga gene at tinutukoy ang mRNA sequence ng mga protina. Ang koleksyon ng mga coding sequence na ito (exon) ay kilala bilang exome ng isang organismo. Ang mga gene ay na-transcribe sa mga molekula ng mRNA bago gumawa ng mga protina. Ang kabuuang mRNA molecule ng isang cell o isang tissue sa anumang oras ay kilala bilang transcriptome. Ang transcriptome ay kumakatawan sa mga gene na aktibong ipinahayag sa mRNA sa anumang oras. Ang transcriptome ay partikular sa cell at tissue at nakakaapekto sa mga kondisyon sa kapaligiran. Ito ang pagkakaiba ng exome at transcriptome.
