Mahalagang Pagkakaiba – VNTR vs STR
Ang mga pag-aaral ng DNA ay may napakalaking gamit sa pag-unawa at pagtukoy ng mga ugnayang phylogenetic, pag-diagnose ng mga genetic na sakit at pagmamapa ng mga genome ng organismo. Ang ilang mga diskarte na nauugnay sa pagsusuri ng DNA ay ginagamit para sa pagkilala ng isang partikular na gene o isang pagkakasunud-sunod ng DNA sa isang pool ng hindi kilalang DNA. Kilala sila bilang mga genetic marker. Ang mga genetic marker ay ginagamit sa molecular biology upang matukoy ang genetic variation sa pagitan ng mga indibidwal at species. Ang variable number tandem repeat (VNTR) at short tandem repeat (STR) ay dalawang uri ng genetic marker na nagpapakita ng polymorphism sa mga indibidwal. Ang parehong mga uri ay noncoding na paulit-ulit na DNA na magkasunod na umuulit. Ang mga ito ay nakaayos sa isang ulo hanggang buntot na paraan sa mga chromosome. Ang VNTR ay isang seksyon ng genome kung saan ang maikling nucleotide sequence ay inuulit ng ilang beses. Ang STR ay isa pang seksyon ng DNA sa loob ng genome na nakaayos bilang paulit-ulit na mga yunit na binubuo ng dalawa hanggang labintatlong nucleotide sa daang beses. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng VNTR at STR ay ang bilang ng mga nucleotide sa isang paulit-ulit na pagkakasunud-sunod. Ang mga umuulit na yunit ng VNTR ay binubuo ng 10 hanggang 100 ng mga nucleotide habang ang umuulit na yunit ng STR ay binubuo ng 2 hanggang 13 na mga nucleotide. Ang VNTR at STR ay malawakang ginagamit sa forensic studies.
Ano ang VNTR?
Ang tandem repeat ay isang maikling sequence ng DNA na inuulit sa head to tail fashion sa isang partikular na chromosomal locus. Walang ibang sequence o nucleotide sa loob ng tandem repeat. Mayroong ilang mga uri ng pag-uulit ng tandem sa genome. Ang VNTR ay isang uri ng tandem repeat kasama ng mga ito na mayroong paulit-ulit na yunit na binubuo ng 10 hanggang 100 nucleotides. Ang VNTR ay isang uri ng minisatellite. Ang mga pag-uulit ng tandem na ito ay matatagpuan sa maraming chromosome. Ang mga ito ay interspersed sa loob ng genome ng tao at nakararami sa mga subtelomeric na rehiyon ng mga chromosome.
Ang VNTR ay nagpapakita ng tandem repeat polymorphism sa mga indibidwal. Ang haba ng VNTR sa isang partikular na lokasyon ng chromosome ay lubos na nagbabago sa mga indibidwal dahil sa pagkakaiba-iba sa bilang ng mga umuulit na unit na nakaayos sa seksyong DNA na iyon. Samakatuwid, ang VNTR ay maaaring gamitin bilang isang makapangyarihang tool sa pagkilala sa mga indibidwal at ang pagsusuri sa VNTR ay ginagamit sa maraming larangan kabilang ang genetics, biology research, forensics at DNA finger printing. Ang mga VNTR ay ang unang genetic marker na ginamit upang mabilang ang bone marrow transplant engraftment. Ang mga VNTR din ang unang polymorphic marker na ginamit sa DNA profiling sa forensics.
Figure 01: Variation ng VNTR sa anim na indibidwal
Ang VNTR analysis ay ginagawa sa pamamagitan ng restriction fragment length polymorphism na sinusundan ng southern hybridization. Samakatuwid, nangangailangan ito ng medyo malaking sample ng DNA. Problema rin ang interpretasyon ng profile ng VNTR. Dahil sa mga limitasyong ito, ang paggamit ng VNTR sa forensic genetics ay limitado at ito ay pinalitan ng STR analysis.
Ano ang STR?
Ang STR ay isang paulit-ulit na seksyon ng DNA na binubuo ng dalawa hanggang labintatlong nucleotide repeating unit na nakaayos sa magkasunod na paraan. Ang STR ay katulad ng VNTR. Ngunit ito ay nag-iiba mula sa VNTR mula sa bilang ng mga nucleotide sa isang paulit-ulit na pagkakasunud-sunod at ang bilang ng mga pag-uulit. Ang STR ay isang uri ng microsatellite.
STR analysis na kasama sa pagsukat ng eksaktong bilang ng mga umuulit na unit. Ang mga STR ay lubos na nagbabago sa mga indibidwal, katulad ng mga VNT. Ang mga profile ng STR ay naiiba sa bawat tao. Samakatuwid, ang pagsusuri ng STR ay ginagamit sa molecular biology upang ihambing ang mga tiyak na loci sa DNA mula sa dalawa o higit pang mga sample. Samakatuwid ang mga STR ay itinuturing na makapangyarihang mga genetic marker sa molecular biology. Nagbibigay ito ng mahusay na tool para sa pagkilala sa mga indibidwal dahil sa kanilang mataas na antas ng polymorphism at medyo maikling haba.
Sa kasalukuyan, ang mga STR ay ang pinakakaraniwang ginagamit na tool na nasuri na genetic polymorphism sa forensic genetics. Karamihan sa forensic casework ay kinabibilangan ng STR polymorphic analysis. Ang STR loci ay kumakalat sa buong genome. Mayroong libu-libong STR na matatagpuan sa mga chromosome na maaaring magamit sa forensic analysis. Ang pagsusuri sa STR ay hindi nagsasangkot ng polymorphism sa haba ng paghihigpit tulad ng pagsusuri sa VNTR. Hindi pinuputol ng pagsusuri ng STR ang DNA na may mga restriction enzymes. Ang mga partikular na probe ay ginagamit upang ilakip ang mga gustong rehiyon sa DNA at gamit ang PCR technique, ang mga haba ng STR ay tinutukoy.
Figure 02: STR variation sa pagitan ng mga sample
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng VNTR at STR?
- Ang VNTR at STR ay noncoding DNA.
- Parehong paulit-ulit ang tandem.
- Parehong nagpapakita ng polymorphism sa mga indibidwal dahil sa pagkakaiba sa haba ng seksyon ng DNA.
- Parehong ginagamit bilang makapangyarihang genetic marker sa DNA finger printing at sa forensic studies.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng VNTR at STR?
VNTR vs STR |
|
| Ang VNTR ay isang noncoding na paulit-ulit na DNA na mayroong maikling nucleotide sequence na paulit-ulit sa magkasunod na paraan. | Ang STR ay isang paulit-ulit na seksyon ng DNA na binubuo ng dalawa hanggang labintatlong nucleotide repeating units na nakaayos sa magkasunod na paraan. |
| Laki | |
| Ang mga VNTR ay mas malaki kaysa sa mga STR. | Ang STR ay mas maliit kaysa sa mga VNTR. |
| Bilang ng Nucleotides sa Paulit-ulit na Sequence | |
| Ang umuulit na unit ng VNTR ay binubuo ng 10 hanggang 100 nucleotide. | Ang umuulit na unit ng STR ay binubuo ng 2 hanggang 13 nucleotides. |
Buod – VNTR vs STR
Ang VNTR at STR ay dalawang makapangyarihang genetic marker na ginagamit sa molecular biology, lalo na sa larangan ng forensic genetics. Ang VNTR ay isang uri ng minisatellite at ang STR ay isang microsatellite. Ang VNTR at STR ay noncoding, lubhang paulit-ulit na DNA. Mag-tandem repeats sila. Ang pangkalahatang istraktura ng VNTR at STR ay pareho. Gayunpaman, ang bilang ng mga nucleotide sa paulit-ulit na pagkakasunud-sunod at ang haba ay iba. Ang VNTR ay may paulit-ulit na sequence na binubuo ng 10 hanggang 100 nucleotides. Ang STR ay may paulit-ulit na pagkakasunod-sunod na binubuo ng 2 hanggang 13 nucleotides. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng VNTR at STR.
I-download ang PDF Version ng VNTR vs STR
Maaari mong i-download ang PDF na bersyon ng artikulong ito at gamitin ito para sa mga offline na layunin ayon sa mga tala sa pagsipi. Paki-download ang bersyon ng PDF dito Pagkakaiba sa pagitan ng VNTR at STR.
