Mahalagang Pagkakaiba – Benzonase kumpara sa DNase
Ang pagkasira ng mga nucleic acid ay mahalaga para sa maraming molecular biology techniques. Ito ay malawakang ginagamit sa recombinant na teknolohiya ng DNA upang maalis ang mga hindi gustong mga fragment ng DNA at RNA. Ang mga nucleic acid degrading enzymes ay tinutukoy bilang Nucleases, at maaaring may iba't ibang uri ang mga ito batay sa kinakailangang function. Ang mga nucleases na nagpapababa ng DNA ay kilala bilang DNases samantalang ang mga nagpapababa ng RNA ay kilala na RNases. Ang mga enzyme na ito ay kadalasang ginagamit sa mga in vitro na eksperimento kung saan ang mga in vitro molecular na pagsusuri ay isinasagawa upang ihiwalay ang purong DNA, RNA o mga protina. Ang benzonases ay isang uri ng mga nucleases na nagpapababa ng parehong DNA at RNA samantalang ang mga DNase ay nagpapababa lamang ng DNA. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng Benzonase at DNase.
Ano ang Benzonase?
Ang Benzonase ay isang genetically engineered endonuclease mula sa Serratia marcescens. Ang enzyme na ito ay ginawa sa E. coli hosts sa pang-industriyang sukat. Ang Benzonase ay may kakayahang mag-clear ng double-stranded DNA, linear DNA, circular DNA at single-stranded RNA. Kaya mahalaga sa komersyo ang Benzonase. Ang benzonase enzyme ay isang dimer ng protina na mayroong 245 magkaparehong amino acid, ~30 kDa subunits na may dalawang mahahalagang disulfide bond. Binubuwag ng Benzonase ang mga nucleic acid sa 5' dulo nito at nagreresulta sa mga fragment na may libreng 5'ends. Maaaring i-cleave ng Benzonase ang mga nucleic acid sa anumang pagkakasunud-sunod ngunit mas gusto ang mga mayaman na rehiyon ng GC.
Ang
Benzonase ay naka-store sa -20 0C. Ang pinakamainam na pH para sa aktibidad ng enzyme ay natagpuan na 8.0 - 9.2. Kasama sa mga aplikasyon ng Benzonase ang sample na paghahanda para sa protein 2D gel electrophoresis kung saan inaalis ng Benzonase ang mga nakagapos na nucleic acid at pag-aalis ng mga contaminant ng nucleic acid mula sa mga recombinant na paghahanda ng protina. Ginagamit din ito upang bawasan ang lagkit ng mga extract ng protina at maiwasan ang pagkumpol ng mga cell sa pinaghalong cell.
Ano ang DNase?
Ang DNase ay isang nuclease, hydrolytic enzyme na kaya lang mag-clear ng double-stranded na DNA. Mayroong dalawang pangunahing uri ng DNase: DNase I at DNase II. Nakikilahok ang DNase I sa pag-cleaving ng double-stranded na DNA upang makagawa ng polynucleotides na may 5’ libreng dulo. Ang DNase II ay kasangkot sa pag-clear ng double-stranded na DNA upang makagawa ng polynucleotide strands na may 3’ libreng dulo o overhang.
DNase I
DNase I ay gumagana sa pinakamainam na pH sa pagitan ng 7.0 – 8.0. Ang aktibidad ng enzyme ay nakasalalay sa maraming ionic cofactor na kinabibilangan ng, Ca2+, Mg2+ o Mn2+Ang aktibidad ng Mg2+ at Mn2+ ang nagpapasya sa paggana ng DNase I. Sa pagkakaroon ng Mg 2+, Ang DNase I ay nagsasara ng bawat strand ng dsDNA. Nagaganap ito sa random na paraan. Sa kabaligtaran, sa pagkakaroon ng Mn2+, ang enzyme ay naghahati sa parehong mga hibla ng DNA sa humigit-kumulang sa parehong site. Ang cleavage na ito ay magreresulta sa paggawa ng dalawang uri ng mga fragment ng DNA; isang uri na may mapurol na dulo at isa pang uri na may isa o dalawang nucleotide overhang.
Figure 02: DNase
DNase II
Ang DNase II ay gumagana sa pinakamainam na pH na 4.5-5.0 at ang divalent metal ions ay kinakailangan para sa aktibidad nito, katulad ng DNase I. Ang mekanismo ng DNase II ay kilala na binubuo ng tatlong pangunahing hakbang.
- Maraming single strand break ang na-induce sa loob ng DNA backbone.
- Nagagawa ang acid soluble nucleotides at oligonucleotides.
- Non-linear hyperchromic shift ay nangyayari sa huling yugto.
Ang mga pangunahing inhibitor ng DNase enzyme ay kinabibilangan ng mga metal chelator, transition metal at mga kemikal gaya ng Sodium dodecyl sulfate at β – mercaptoethanol.
Ang mga pangunahing aplikasyon ng DNase ay kinabibilangan ng paghahanda ng DNA-free RNA extracts at protina extracts, at pag-alis ng template DNA sa panahon ng in vitro transcription experiments.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Benzonase at DNase?
- Parehong hydrolytic enzymes.
- Parehong mga nucleases.
- Parehong lumalahok sa pamamagitan ng paghiwa sa mga phosphodiester bond ng mga nucleic acid.
- Parehong nangangailangan ng pinakamainam na pH at temperatura ng imbakan upang mapanatili ang aktibidad ng enzyme.
- Kabilang sa mga inhibitor ng enzyme ang mga chelating agent, transition metal, at detergent na kemikal.
- Ang mga application ay pangunahing nakatuon sa pagkuha ng mataas na purity extract ng DNA, RNA, at mga protina.
- Ang parehong mga enzyme ay maaaring gawin sa pamamagitan ng genetic engineering.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Benzonase at DNase?
Benzonase vs DNase |
|
| Ang Benzonase ay isang enzyme na may kakayahang mag-clear ng double-stranded DNA, linear DNA, circular DNA, at RNA. | Ang DNase ay isang enzyme na may kakayahang mag-clear ng double-stranded DNA. |
| Substrate para sa Enzyme | |
| Ang DNA at RNA ay mga substrate para sa benzonase. | DNA ang substrate para sa DNase. |
| Istruktura | |
| Ang pinakamainam na hanay ng pH ng Benzonase ay 7.0 -8.0 | Ang pinakamainam na hanay ng pH ng DNase I ay 7.0 – 8.0 at ang DNase II ay 4.5 – 5.0. |
Buod – Benzonase vs DNase
Ang mga nuclease enzyme ay malawakang ginagamit sa iba't ibang mga eksperimentong pamamaraan patungkol sa molecular biology at genetic engineering. Ang Benzonase at DNase ay dalawang uri ng mga nucleases. Ang Benzonase ay kasangkot sa pagpapababa ng parehong DNA at RNA samantalang ang DNase ay kasangkot sa pag-clear ng double-stranded na DNA. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng benzonase at DNase. Sa kasalukuyan, ang dalawang uri ng nuclease na ito ay ginawa sa pamamagitan ng recombinant DNA technology na nagbubunga ng mas mataas na kalidad na mga enzyme na na-optimize para sa maximum na produksyon.
I-download ang PDF Version ng Benzonase vs DNase
Maaari mong i-download ang PDF na bersyon ng artikulong ito at gamitin ito para sa mga offline na layunin ayon sa tala ng pagsipi. Paki-download ang bersyon ng PDF dito Pagkakaiba sa pagitan ng Benzonase at DNase
