Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng metagenomics at metatranscriptomics ay nakasalalay sa uri ng biomolecules na pinag-aralan sa bawat lugar. Pinag-aaralan ng metagenomics ang DNA, ang mga pagkakasunud-sunod nito at ang pag-uugali nito sa mga organismo, habang pinag-aaralan ng metatranscriptomics ang na-transcribe na DNA, pangunahin ang mga sequence ng mRNA at ang pag-uugali nito sa mga organismo.
Ang Metagenomics at metatranscriptomics ay dalawang larangan na naging sikat sa mga nakaraang taon kaugnay ng microbial community. Mahalaga ang mga ito sa pangangalagang pangkalusugan, industriya at bioteknolohiyang pang-agrikultura. Ang parehong metagenomics at metatranscriptomics ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng mga indibidwal na organismo sa isang komunidad at ang kanilang mga functional na tungkulin na maaaring kapaki-pakinabang o nakakapinsala.
Ano ang Metagenomics?
Ang Metagenomics ay ang larangan ng pag-aaral na nagsasaliksik ng Deoxyribonucleic acid (DNA). Ito ay pinaka-kaugnay sa microbial community. Gayundin, ito ay isang mas advanced na larangan kumpara sa genomics. Sa genomics, nagaganap ang pagsusuri ng DNA ng isang partikular na organismo. Gayunpaman, ang metagenomics ay nagsasangkot ng pagsusuri ng genetic material sa isang komunidad ng mga organismo. Kaya, ito ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng pag-uugali ng isang komunidad ng mga organismo na nauukol sa isang kondisyon o isang kapaligiran.
Figure 01: Metagenomics
Ang pangunahing pamamaraan na kasangkot sa pag-aaral ng metagenomics ay ang Next Generation Sequencing (NGS) na gumagamit ng micro-array na teknolohiya. Ang mga pamamaraan ng NGS ay maaaring magsuri ng maraming mga organismo sa isang solong reaksyon para sa pagkakaroon o kawalan ng mga tiyak na pagkakasunud-sunod ng DNA. Ang mga sequence ng DNA na ito ay maaaring may pananagutan para sa isang kondisyon ng sakit o isang kondisyon sa kapaligiran. Samakatuwid, gamit ang metagenomic na kaalaman, ang pag-screen ng mga organismo ay maaaring gawin nang madali at tumpak. Ang pagkakasunud-sunod sa panahon ng NGS ay nagaganap sa maikling pagbabasa at ang pag-profile ng DNA ng mga organismo ay nagaganap. Ang 16s DNA sequence ay isang sikat na sequence na pinag-aralan sa metagenomics tungkol sa mga microorganism.
Kasunod ng pagkakasunud-sunod ng komunidad ng mga organismo, dapat gawin ang pagkakahanay ng mga pagkakasunud-sunod. Ang mga tool tulad ng Basic Local Alignment Sequence tool (BLAST) ay ginagamit upang matupad ang gawain ng pag-align. Kasunod ng pagkakahanay, ang isang phylogenetic tree ay nagbibigay ng kaugnayan ng bawat organismo sa komunidad at mga detalye tungkol sa pag-uugali nito.
Ano ang Metatranscriptomics?
Ang Metatranscriptomics ay ang larangan ng pag-aaral na tumatalakay sa transcriptome ng isang organismo. Binubuo ng transcriptome ang buong pagkakasunud-sunod ng RNA na na-transcribe sa panahon ng transkripsyon ng DNA. Ang mga pagkakasunud-sunod ng mRNA na naroroon sa transcriptome ay nagbibigay ng impormasyon sa genetic expression. Ang Metatranscriptomics ay ang pagsusuri ng maraming transcriptome sa mga populasyon o komunidad.
Figure 02: Transcriptome Analysis
Ang mga pag-aaral ng Metatranscriptomics ay gumagamit din ng mga microarray na teknolohiya upang mahanap ang mga pagkakasunud-sunod ng mga maikling read sequence. Bukod dito, ang metatranscriptomics ay nagsasangkot din ng isang masusing pagsusuri ng bioinformatics gamit ang mga tool sa pagkakahanay at mga pamamaraan sa pagdidisenyo ng puno. Gayunpaman, ang larangan ng metatranscriptomics ay mas mahirap kumpara sa metagenomics. Ang pagkuha ng mRNA o RNA sa kabuuan ay hindi kasingdali ng tila. Dahil ang RNA ay lubhang madaling kapitan ng pagkasira at may napakaikling panahon ng buhay, ang pagpapanatili at pag-iimbak ng mga ito ay maaaring isang posibleng tanong.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa pagitan ng Metagenomics at Metatranscriptomics?
- Metagenomics at metatranscriptomics ay mataas na throughput techniques para pag-aralan ang mga komunidad ng mga organismo, pangunahin ang mga microbial na komunidad.
- Ang parehong mga diskarte ay gumagamit ng microarray na teknolohiya para malaman ang mga natuklasan.
- Ang mga nakuhang resulta ay kadalasang sinusuri gamit ang BLAST alignment at Phylogenetic tree.
- Bukod dito, ang parehong mga diskarte ay hindi nakatuon sa isang organismo, ngunit isang grupo o mga organismo ng komunidad.
- Bukod dito, ang parehong mga konsepto ay halos pinag-aaralan din kaugnay ng mga mikrobyo – ang pangunahing dahilan ay ang kanilang magkakaibang mga tungkulin na ginampanan.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Metagenomics at Metatranscriptomics?
Ang Metagenomics at Metatranscriptomics ay kinabibilangan ng pagsusuri ng genetic matter sa isang komunidad ng mga organismo. Kaya, ang metagenomics ay may kinalaman sa mga pattern at pagkakasunud-sunod ng DNA samantalang ang metatranscriptomics ay tumutukoy sa pagsusuri ng mRNA o ang na-transcribe na DNA. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng metagenomics at metatranscriptomics.
Bukod dito, ang pamamaraan ng pagkuha ay naiiba sa parehong mga diskarte; Ang metagenomics ay nagsasangkot ng mga pamamaraan ng pagkuha ng DNA at ang metatranscriptomic ay nagsasangkot ng mga pamamaraan ng pagkuha ng RNA. Kaya, isa rin itong makabuluhang pagkakaiba sa pagitan ng metagenomics at metatranscriptomics.
Ang infographic sa ibaba ay nagbubuod sa pagkakaiba sa pagitan ng metagenomics at metatranscriptomics:
Buod – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Ang Metagenomics at metatranscriptomics ay mga bagong larangan ng pag-aaral na sinusuri ang isang komunidad ng mga organismo para sa isang partikular na kondisyon. Kaya, ang metagenomics ay tumutukoy sa pagsusuri ng mga pagkakasunud-sunod ng DNA. Sa kaibahan, ang metatranscriptomics ay tumutukoy sa pagsusuri ng mga pagkakasunud-sunod ng RNA o na-transcribe na mga produkto ng DNA. Kaugnay nito, ang metatranscriptomics ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa expression ng gene para sa isang partikular na kaso. Parehong mahalaga sa pagsusuri ng mga mutasyon at mga epekto nito. Ang mga ito ay mabilis at mas maaasahang mga pamamaraan na ginagamit sa maagang pagsusuri. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng metagenomics at metatranscriptomics.
