Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng hierarchical at whole genome shotgun sequencing ay na sa hierarchical shotgun sequencing, ang genome ay nahahati sa mas malalaking fragment bago ang sequencing habang, sa buong genome shotgun sequencing, ang buong genome ay nahahati sa maliliit na fragment para sa sequencing.
Ang sequencing ay isang mahalagang pamamaraan sa mga prosesong molekular, lalo na sa tumpak na pagkilala sa mga species. Sa katunayan, ito ang pamamaraan ng pagtukoy ng tumpak na pagkakasunud-sunod ng mga nucleotides sa isang gene o isang genome. Mayroong maraming mga pamamaraan para sa sequencing. Ang ilan sa mga ito ay kinabibilangan ng Maxam Gilbert Method, Sanger Method at automated Sanger method.
Ano ang Hierarchical Shotgun Sequencing?
Ang Hierarchical Shotgun sequencing ay isang paraan ng sequencing. Tinatawag din itong 'top-down sequencing'. Dagdag pa, ang pamamaraang ito ay binubuo ng dalawang hakbang: ang unang hakbang ay genome amplification, at ang pangalawang hakbang ay genome fragmentation. Sa pamamaraang ito, ang genome ay ginupit muna sa malalaking fragment. Sinusundan ito ng pag-clone ng malalaking fragment na ito sa iba't ibang host gamit ang mga vectors o artipisyal na chromosome. Pagkatapos, ang mga recombinant na vector na ito ay isinaayos sa isang library. Sa panahon ng pagkakasunud-sunod ng shotgun, ang mga recombinant na vector clone ay sumasailalim sa pagkakasunud-sunod nang paisa-isa. Ang mga fragment sa mga clone ay sumasailalim sa restriction digestion upang higit pang bawasan ang laki ng genome, at sa gayon ay sumasailalim sa sequencing.
Figure 01: Hierarchical Shotgun Sequencing
Sa panahon ng hierarchical shotgun sequencing, ang malalaking chunks ng mga fragment ay kailangang isaayos sa pagkakasunud-sunod, bago ang shotgun sequencing. Nagaganap ito sa tulong ng mga molecular marker na isinama sa panahon ng proseso ng pag-clone.
Ang Hierarchical shotgun sequencing ay lumilikha ng mababang resolution na gene map. Ngunit ito ay lumilikha ng isang ordered sequence map. Kaya, ito ay tumatagal ng mas mahabang tagal kaysa sa direktang pagkakasunud-sunod. Ang buong proseso ay naantala dahil sa paglikha ng isang recombinant vector library. Isa rin ba itong labor-intensive technique. Gayunpaman, sa kasalukuyan, ang pamamaraan ay awtomatiko upang mapagaan ang trabaho.
Ano ang Whole Genome Shotgun Sequencing?
Ang buong genome shotgun sequencing ay isang solong hakbang na proseso ng sequencing. Sa prosesong ito, unang nagaganap ang buong genome shearing. Kasunod nito, ang bawat isa sa maliliit na fragment na ito ay sumasailalim sa sequencing nang random. Sa pagkumpleto ng sequencing, ang mga sequences analysis ay nagaganap. Sa panahon ng pagsusuri ng pagkakasunud-sunod, ang mga magkakapatong na pagkakasunud-sunod ay aalisin, at ang pagsusuri ay hindi isang nakaayos na proseso. Samakatuwid, ang pagpupulong ng mga sequence ay isang hindi gaanong mahusay na proseso kumpara sa hierarchical shotgun sequencing. Gayunpaman, ang proseso ng buong genome shotgun sequencing ay mas mabilis, at ang pagsusuri ng buong genome ay maaaring maganap sa isang pagkakataon.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Hierarchical at Whole Genome Shotgun Sequencing?
- Ang hierarchical at whole genome shotgun sequencing ay dalawang sequencing approach.
- Parehong sumasailalim sa Sanger sequencing o automated na Sanger sequencing method.
- Kasali sila sa pag-sequence ng mga fragment ng DNA at RNA.
- Bukod dito, ang parehong pamamaraan ay mahalaga sa molekular na diagnostic at layunin ng pananaliksik.
- Sa kasalukuyan, ang parehong mga diskarte ay awtomatiko o nakabatay sa computer.
- Ang parehong mga diskarte ay umaasa sa fragmentation ng genome.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Hierarchical at Whole Genome Shotgun Sequencing?
Ang hierarchical shotgun sequencing ay bumubuo ng mas malalaking laki ng mga fragment kumpara sa whole-genome shotgun sequencing, na gumagana sa maliliit na fragment ng mga sequence. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng hierarchical at buong genome shotgun sequencing. Bukod pa rito, ang hierarchical shotgun sequencing ay binubuo ng dalawang pangunahing hakbang, habang ang whole-genome shotgun sequencing ay umaasa sa isang pangunahing hakbang.
Higit pa rito, isa pang pagkakaiba sa pagitan ng hierarchical at whole genome shotgun sequencing ay mas mataas ang resolution sa whole-genome shotgun sequencing kumpara sa hierarchical shotgun sequencing.
Ang infographic sa ibaba ay nagbubuod sa pagkakaiba sa pagitan ng hierarchical at buong genome shotgun sequencing.
Buod – Hierarchical vs Whole Genome Shotgun Sequencing
Ang Hierarchical at whole-genome shotgun sequencing ay dalawang diskarte sa pagkakasunud-sunod ng malalaking genome. Ang hierarchical shotgun sequence ay isang dalawang-hakbang na proseso ng sequencing kung saan ang genome ay nahahati sa mas malalaking fragment. Sa kaibahan, ang whole-genome shotgun sequencing ay isang solong hakbang na pagkakasunud-sunod kung saan ang genome ay nahahati sa maliliit na fragment at direktang nakasunod. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng hierarchical at buong genome shotgun sequencing. Bukod dito, maaaring mag-iba ang mga teknikal na aspeto sa dalawang diskarte.
