Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng synteny at collinearity ay ang synteny ay ang pisikal na co-localization ng genetic loci sa parehong chromosome sa mga species, habang ang collinearity ay ang pisikal na co-localization ng genetic loci sa parehong chromosome sa iba't ibang species na nag-iingat parehong order.
Ang Synteny at collinearity ay dalawang termino na magkasabay na ginagamit sa genomics. Ang parehong mga termino ay naglalarawan sa mga pattern ng lokalisasyon ng gene sa mga chromosome sa iba't ibang mga species. Ang mga kaugnay na pag-aayos ng gene na ito sa mga taxa ay mahalagang impormasyon kapag naghihinuha ng ibinahaging ninuno ng mga gene. Ang Synteny ay tumutukoy sa pisikal na co-localization ng genetic loci sa parehong chromosome sa mga species. Ang collinearity ay tumutukoy sa pisikal na co-localization ng genetic loci sa parehong chromosome sa iba't ibang species na nag-iingat ng parehong pagkakasunud-sunod. Samakatuwid, ito ay isang anyo ng synteny.
Ano ang Synteny?
Sa iba't ibang species, mayroong isang set ng mga gene na matatagpuan sa parehong chromosome. At, itong pisikal na co-localization ng mga gene sa parehong chromosome sa iba't ibang species ay kilala bilang synteny. Gayundin, ang mga gene na ito ay matatagpuan na napakalapit sa isa't isa sa isang kromosom. Ang pagkakasunud-sunod ng mga gene ay maaaring hindi palaging pareho. Ngunit, ang lokalisasyon ng mga gene na malapit sa isa't isa sa parehong chromosome ay nagaganap sa synteny. Samakatuwid, pangunahing inilalarawan ng synteny ang pattern ng pamamahagi ng mga gene sa isang chromosome. Ang mga pattern na ito ng co-localization ng gene ay nagpapahiwatig ng mga ugnayan sa pagitan ng iba't ibang species at kanilang ebolusyon. Gayunpaman, maaaring maputol ang synteny dahil sa mga chromosomal rearrangements gaya ng mga pagsasalin, inversion at chromosome fusion, atbp. mga duplication, pagkawala at hindi pantay na homologous recombination.
Figure 01: Synteny
Pinaniniwalaan na ang lahat ng naka-link na gene ay syntenic. Gayunpaman, hindi lahat ng syntenic genes ay kinakailangang naka-link. Nagtataglay sila ng mga karaniwang pagkakasunud-sunod ng chromosome. Ang mga tao ay may maraming syntenic genes kasama ng iba pang mga mammal. Bukod dito, maraming cereal ang may syntenic genes.
Ano ang Collinearity?
Ang Collinearity ay isang mas partikular na anyo ng synteny kung saan ang isang set ng mga gene ay matatagpuan sa parehong chromosome ng iba't ibang species sa parehong pagkakasunud-sunod tulad ng sa ancestral species. Samakatuwid, kung mayroong paglihis mula sa collinearity, ito ay magiging isang mas maaasahang phylogenetic na karakter dahil ipinapaliwanag ng collinearity ang ibinahaging ninuno ng mga gene.
Figure 02: Collinearity
Multiway collinearity analysis ay nagbibigay ng mas maaasahang impormasyon tungkol sa mga nauugnay na species at kanilang phylogeny.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Synteny at Collinearity?
- Sa parehong synteny at collinearity, isang set ng loci sa dalawang magkaibang species ay matatagpuan sa iisang chromosome.
- Inilalarawan ng mga terminong ito ang pisikal na co-localization ng genetic loci sa parehong chromosome.
- Ang Collinearity ay isang mas partikular na anyo ng synteny.
- Minsan ang parehong termino ay ginagamit nang palitan sa genomics.
- Kung may collinearity ang dalawang rehiyon, halatang syntenous ang mga ito.
- Kapaki-pakinabang ang mga ito sa paghihinuha ng phylogeny.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Synteny at Collinearity?
Ang Synteny at collinearity ay dalawang termino na magkasabay na ginagamit sa genomics. Ang Synteny ay tumutukoy sa pisikal na co-localization ng isang set ng mga gene sa parehong chromosome sa iba't ibang species. Ang collinearity ay isang anyo ng synteny kung saan ang set ng mga gene ay co-localize sa parehong pagkakasunud-sunod sa iba't ibang species. Samakatuwid, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng synteny at collinearity.
Buod – Synteny vs Collinearity
Ang mga terminong synteny at collinearity ay tumutukoy sa isang set ng mga gene na matatagpuan sa parehong chromosome sa iba't ibang species. Sa katunayan, ang mga gene na ito ay co-localize sa parehong chromosome sa iba't ibang species. Inilalarawan ng Synteny ang pisikal na co-localization ng mga set na gene sa parehong chromosome sa iba't ibang species, habang ang collinearity ay isang mas partikular na anyo ng synteny kung saan ang set ng mga gene ay co-localize sa parehong pagkakasunud-sunod. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng synteny at collinearity.
