Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak sequence ay ang Shine Dalgarno sequence ay isang ribosomal binding site sa bacterial at archaeal messenger RNA, habang ang Kozak sequence ay isang protein translation initiation site sa karamihan ng eukaryotic messenger RNA.
Ang Shine Dalgarno at Kozak sequence ay dalawang consensus sequence na napakahalaga para sa pagsisimula ng pagsasalin. Sa molecular biology, ang pagsasalin ay ang proseso kung saan ang mga ribosome sa cytoplasm ay nag-synthesize ng mga protina pagkatapos ng proseso ng transkripsyon. Sa pagsasalin, ang isang mRNA (messenger RNA) ay na-decode sa isang ribosome upang makagawa ng isang tiyak na chain ng amino acid sa labas ng nucleus. Karaniwan, ang isang ribosome ay nag-uudyok sa proseso ng pag-decode sa pamamagitan ng pagpapadali sa pagbubuklod ng mga pantulong na tRNA anticodon na pagkakasunud-sunod sa mga mRNA codon. Nagpapatuloy ang pagsasalin sa tatlong yugto: pagsisimula, pagpapahaba at pagwawakas.
Ano ang Shine Dalgarno Sequence?
Ang Shine Dalgarno sequence ay isang ribosomal binding site sa bacterial at archaeal messenger RNA. Ito ay karaniwang matatagpuan sa paligid ng 8 base upstream ng start codon AUG. Ang RNA sequence na ito ay tumutulong sa pagre-recruit ng mga ribosome sa messenger RNA sa pamamagitan ng pag-align ng ribosome sa isang mRNA start codon. Kaya, sinisimulan nito ang synthesis ng protina. Kapag pagkatapos ng recruitment, ang tRNA ay maaaring magdagdag ng mga amino acid sa pagkakasunud-sunod ayon sa idinidikta ng mga mRNA codon. Ang espesyal na sequence na ito ay karaniwan sa bacteria ngunit mas bihira sa archaea. Bukod dito, naroroon din ito sa chloroplast at mitochondrial transcript. Ang sequence ng Shine Dalgarno ay unang iminungkahi ng mga siyentipiko ng Australia na sina John Shine at Lynn Dalgarno. Ang anim na base consensus sequence ay AGGAGG. Halimbawa, sa Escherichia coli ang sequence ay AGGAGGU.
Figure 01: Shine Dalgarno Sequence
Ang pagpili ng initiation site (AUG) ay depende sa pakikipag-ugnayan sa pagitan ng 30S subunit ng ribosome at mRNA template. Ang pyrimidine rich region sa 16srRNA component ng 30S subunit ay nagbubuklod sa purine-rich region na kilala bilang Shine Dalgarno sequence upstream ng AUG initiation codon sa mRNA. Higit pa rito, sa panahon ng pagbuo ng initiation complex, ang mga pantulong na pagkakasunud-sunod ng nucleotide na ito ay pares upang bumuo ng isang double-stranded na istraktura ng RNA. Pinapadali nito ang pagbubuklod ng mRNA sa isang ribosome sa paraang mailalagay ang initiation codon sa P site ng ribosome.
Ano ang Kozak Sequence?
Ang Kozak sequence ay isang site ng pagsisimula ng pagsasalin ng protina sa karamihan ng eukaryotic mRNA. Ang sequence na ito ay tinatawag ding Kozak consensus sequence. Ang Kozak sequence ay ang pinakamabuting sequence para sa pagsisimula ng pagsasalin sa mga eukaryotes. Ang pagkakasunud-sunod na ito ay isang mahalagang aspeto ng regulasyon ng protina. Napakahalaga din nito para sa pangkalahatang kalusugan ng cellular. Nakakatulong ito sa pagwawasto ng pagsasalin ng protina mula sa mga genetic na mensahe sa pamamagitan ng pag-mediate ng ribosome assembly at pagsisimula ng pagsasalin.
Figure 02: Kozak Sequence
Ang sequence na ito ay pinangalanan sa scientist na nakatuklas nito, si Marilyn Kozak. Natuklasan niya ito sa pamamagitan ng isang detalyadong pagsusuri ng DNA genomic sequences. Ang Kozak sequence ay 5’ (gcc) gccRccAUGG-3’. Ang mga malalaking titik na titik ay nagpapahiwatig ng mga conserved na base, habang ang mga maliliit na titik ay nagpapahiwatig ng mga karaniwang variable na base. Ang R ay nagpapahiwatig ng purine (adenine o guanine) na palaging nakaposisyon sa lokasyong ito.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno at Kozak sequence ay dalawang consensus sequence na napakahalaga sa pagsisimula ng pagsasalin.
- Parehong RNA sequence.
- Ang mas maliit na subunit ng ribosome ay nagbubuklod sa magkabilang sequence.
- Ang parehong sequence ay namamagitan sa wastong ribosome assembly at translation initiation.
- Ang mga ito ay mahalagang aspeto ng regulasyon ng protina at pangkalahatang kalusugan ng cellular.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak Sequence?
Ang Shine Dalgarno sequence ay isang ribosomal binding site na makikita sa bacterial at archaeal messenger RNA, habang ang Kozak sequence ay isang protein translation initiation site na makikita sa karamihan ng eukaryotic messenger RNA. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak sequence. Higit pa rito, ang pagkakasunud-sunod ng Shine Dalgarno ay 5'AGGAGGU3' habang, ang pagkakasunud-sunod ng Kozak ay 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Inililista ng sumusunod na infographic ang mga pagkakaiba sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak sequence sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Ang Shine Dalgarno at Kozak sequence ay dalawang consensus RNA sequence na napakahalaga para sa ribosome assembly at translation initiation. Ang Shine Dalgarno sequence ay isang ribosomal binding site sa bacterial at archaeal messenger RNA, habang ang Kozak sequence ay isang protein translation initiation site sa karamihan ng eukaryotic messenger RNA. Kaya, ito ay nagbubuod sa pagkakaiba sa pagitan ng Shine Dalgarno at Kozak sequence.
