Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng pagkakapareho at pagkakakilanlan sa pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod ay ang pagkakatulad ay ang pagkakahawig (pagkahawig) sa pagitan ng dalawang pagkakasunud-sunod kung ihahambing habang ang pagkakakilanlan ay ang bilang ng mga character na eksaktong tumutugma sa pagitan ng dalawang magkaibang pagkakasunud-sunod.
Ang Bioinformatics ay isang interdisciplinary na larangan ng agham na pangunahing kinabibilangan ng molecular biology at genetics, computer science, mathematics, at statistics. Ang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod ay isang pangunahing termino sa bioinformatics. Ito ay ang pamamaraan kung saan ang mga pagkakasunud-sunod ng DNA, RNA o protina ay inayos upang matukoy ang mga rehiyon ng pagkakahawig na bunga ng functional, istruktura o ebolusyonaryong relasyon sa pagitan ng mga pagkakasunud-sunod. Sa dulo ng pagkakahanay, ipapakita ang mga ito bilang mga hilera sa loob ng isang matrix. Upang ihanay ang magkaparehong mga character sa magkakasunod na mga coloum, may mga nakapasok na gaps sa pagitan ng mga nalalabi.
Ano ang Pagkakatulad?
Ang pagkakapareho sa pagkakahanay ng sequence ay ang pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence kapag inihambing. Ang katotohanang ito ay nakasalalay sa pagkakakilanlan ng mga pagkakasunud-sunod. Inilalarawan ng pagkakatulad ang lawak kung saan nakahanay ang mga nalalabi. Samakatuwid, ang mga katulad na pagkakasunud-sunod ay naglalaman ng mga katulad na katangian. Sa bioinformatics, ang pagkakatulad ay isang tool upang masuri ang pagkakatulad sa pagitan ng dalawang protina.
Figure 01: Pagkakatulad sa Sequence Alignment
May dalawang pangunahing hakbang sa sequence alignment process. Ang paunang hakbang ay pair-wise alignment, na tumutulong upang mahanap ang pinakamainam na pagkakahanay sa pagitan ng dalawang sequence (kabilang ang mga gaps) gamit ang mga algorithm tulad ng BLAST, FastA, at LALIGN. Hinahanap ng pagtutugmang algorithm ang pinakamababang bilang ng mga operasyon sa pag-edit; in-dels at mga pagpapalit upang ihanay ang isang sequence sa isa pang sequence. Pagkatapos ng pair-wise alignment, kinakailangan na makakuha ng dalawang quantitative parameters mula sa bawat pair-wise na paghahambing. Ang mga ito ay pagkakakilanlan at pagkakatulad.
Ano ang Pagkakakilanlan?
Ang pagkakakilanlan sa pagkakahanay ng sequence ay ang bilang ng mga character na eksaktong tumutugma sa pagitan ng dalawang magkaibang sequence. Samakatuwid, ang mga puwang ay hindi binibilang kapag tinatasa ang pagkakakilanlan. Ang pagsukat ay itinuturing na may kaugnayan sa mas maikling sequence sa dalawang sequence. Ito ay makabuluhang nagpapahiwatig na ito ay may epekto kung saan ang pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod ay hindi palipat. Kung ang X=Y at Y=Z, ang X ay hindi kinakailangang katumbas ng Z. Ito ay hinuhusgahan sa mga tuntunin ng sukat ng distansya ng pagkakakilanlan.
Figure 02: Identity in Sequence Alignment
Halimbawa, ang X ay may sequence ng AAGGCTT, ang Y ay may sequence ng AAGGC at ang Z ay may sequence ng AAGGCAT. Ang pagkakakilanlan sa pagitan ng X at Y ay 100% {5 magkaparehong nucleotides / min[length(X), length(Y)]}. Ang pagkakakilanlan sa pagitan ng Y at Z ay 100%. Ngunit ang pagkakakilanlan sa pagitan ng X at Z ay 85% lamang {(6 identical nucleotides / 7)}.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Pagkakatulad at Pagkakakilanlan sa Pagkakasunud-sunod?
- Ang parehong pagkakatulad at pagkakakilanlan ay dalawang terminong ginagamit namin sa pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod.
- Gayundin, tinutukoy nila ang pagkakahawig ng dalawang sequence.
- Bukod dito, ipinapahayag namin ang mga ito bilang halaga ng porsyento.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Pagkakatulad at Pagkakakilanlan sa Sequence Alignment?
Similarity in alignment ay nagsasabi ng pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence kapag inihambing habang ang identity sa sequence alignment ay nagsasabi sa dami ng mga character na eksaktong tumutugma sa pagitan ng dalawang magkaibang sequence. Samakatuwid, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng pagkakatulad at pagkakakilanlan sa pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod.
Buod – Pagkakatulad vs Pagkakakilanlan sa Pagkakasunud-sunod
Ang pagkaka-align ng sequence ay nakakatulong na matukoy ang mga rehiyon ng pagkakahawig sa DNA, RNA o protina na nagresulta dahil sa functional, structural o evolutionary na relasyon sa pagitan ng mga sequence. Samakatuwid, ang pagkakatulad at pagkakakilanlan ay dalawang pangunahing termino sa konteksto ng pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng dalawang terminong ito ay ang pagkakatulad ay ang pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence sa paghahambing habang ang pagkakakilanlan ay ang bilang ng mga character na eksaktong tumutugma sa pagitan ng dalawang magkaibang sequence. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng pagkakatulad at pagkakakilanlan sa pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod.
