Mahalagang Pagkakaiba – RAPD kumpara sa RFLP
Ang mga genetic na marker ay ginagamit sa Molecular Biology upang matukoy ang mga genetic variation sa pagitan ng mga indibidwal at species. Ang Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) at Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ay dalawang mahalagang molecular marker na karaniwang ginagamit sa mga laboratoryo. Ang RAPD ay ginaganap gamit ang maikli at di-makatwirang oligonucleotide primer, at ito ay batay sa random na amplification ng maraming lokasyon sa buong template ng DNA ng organismo. Ang RFLP ay isinasagawa gamit ang isang partikular na restriction endonuclease, at ito ay batay sa polymorphism ng mga resultang restriction fragment at hybridization. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng RAPL at RFLP ay ang RAPD ay isang uri ng PCR technique na ginagawa nang walang paunang kaalaman sa sequence samantalang ang RFLP ay hindi kasali sa PCR at nangangailangan ng paunang kaalaman sa sequence upang maisagawa ang technique.
Ano ang RAPD?
Ang RAPD ay isang kapaki-pakinabang na molecular marker sa molecular biology. Ito ay isang mabilis at madaling pamamaraan. Maaaring tukuyin ang RAPD bilang isang pamamaraan na nagreresulta sa mga polymorphic na pagkakasunud-sunod ng DNA bilang resulta ng random na pagpapalakas ng maraming lokasyon ng target na template ng DNA. Gumagamit ang RAPD ng mga maiikling oligonucleotide primer na may mga arbitrary na pagkakasunud-sunod para sa PCR amplification. Ang mga panimulang aklat ay artipisyal na na-synthesize nang walang kaalaman sa pagkakasunud-sunod. Kaya, ito ay itinuturing na isang madali at kapaki-pakinabang na pamamaraan.
Ang mga sumusunod na pangunahing hakbang ay kasangkot sa RAPD.
- Pagkuha ng target na DNA
- Pagpapalakas ng maraming lokasyon ng target na DNA gamit ang mga random na piniling primer
- Gel electrophoresis ng amplified PCR products
- Paglamlam ng ethidium bromide at pagkakakilanlan ng polymorphism
Bilang resulta ng variation sa primer annealing, iba't ibang fragment na may iba't ibang haba ang nabubuo sa panahon ng amplification. Samakatuwid, ang mga pattern ng banding sa mga gel ay naiiba sa mga indibidwal at species. Kaya, ang RAPD ay nagbibigay-daan sa pagtuklas ng genetic variation sa mga organismo sa pagkilala at pagkakaiba.
Ang RAPD ay inilapat sa iba't ibang pag-aaral ng molecular biology gaya ng pagtukoy sa genetic na pagkakaiba sa pagitan ng malapit na nauugnay na species, gene mapping, DNA fingerprinting, pagkilala sa mga minanang sakit, atbp.
Figure 01: RAPD
Ano ang RFLP?
Ang Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) ay isang molecular marker na ginagamit sa molecular biology para sa pagtukoy ng genetic variation sa homologous DNA sequence. Ito ang unang genetic marker na binuo para sa DNA fingerprinting. Ang lahat ng mga organismo ay gumagawa ng mga natatanging profile ng DNA kapag pinaghihigpitan ng mga partikular na restriction enzymes. Ang RFLP ay nagsisilbing mahalagang kasangkapan sa paggawa ng mga natatanging profile ng DNA ng mga indibidwal at pagtuklas ng genetic variation sa kanila. Kapag ang mga sample ng DNA ay natutunaw gamit ang mga partikular na restriction endonucleases, nagbubunga ito ng iba't ibang mga profile ng DNA na natatangi sa bawat indibidwal. Samakatuwid, ang punong-guro ng pamamaraang ito ay ang pagtuklas ng pagkakaiba-iba ng genetic sa mga organismo sa pamamagitan ng paghihigpit sa homologous DNA na may mga tiyak na restriction enzymes at pagsusuri ng polymorphism ng haba ng fragment sa pamamagitan ng gel electrophoresis at blotting. Ang mga pattern ng blotting ay natatangi sa bawat organismo at nagpapakilala sa mga partikular na genotype.
Ang mga sumusunod na hakbang ay kasangkot sa RFLP.
- Paghihiwalay ng sapat na dami ng DNA mula sa mga sample
- Pagpira-piraso ng mga sample ng DNA na may mga partikular na paghihigpit na endonucleases sa maikling pagkakasunod-sunod
- Paghihiwalay ng mga resultang fragment na may iba't ibang haba sa pamamagitan ng agarose gel electrophoresis.
- Paglipat ng gel profile sa isang lamad sa pamamagitan ng Southern blotting
- Hybridization ng lamad na may mga label na probe at pagsusuri ng polymorphism sa haba ng fragment sa bawat profile
Ang RFLP ay may iba't ibang mga aplikasyon gaya ng diagnosis ng mga sakit na mana, genome mapping, criminal identification sa forensic studies, paternity testing, atbp.
Figure 02: RFLP genotyping
Ano ang pagkakaiba ng RAPD at RFLP?
RAPD vs RFLP |
|
| Ang RAPD ay isang molecular marker batay sa mga random na primer at PCR. | Ang RFLP ay isang molecular marker batay sa paggawa ng iba't ibang mga fragment ng paghihigpit sa haba. |
| Kinakailangang Sample | |
| Ang maliliit na sample ng DNA ay sapat na para sa pagsusuri ng RAPD. | Ang malaking halaga ng nakuhang sample ng DNA ay kinakailangan para sa pagsusuri sa RFLP. |
| Oras | |
| Ang RAPD ay isang mabilis na proseso. | Ang RFLP ay isang prosesong matagal. |
| Primer Use | |
| Gumagamit ng mga random na primer at maaaring gamitin ang parehong mga primer para sa iba't ibang species. | Species-specific probe ay ginagamit sa RFLP para sa hybridization. |
| Pagiging maaasahan | |
| Ang pagiging maaasahan ng technique ay mas mababa kumpara sa RFLP. | Ang RFLP ay isang maaasahang diskarte. |
| Blotting | |
| Ang RAPD ay may kasamang southern blotting. | Ang Southern blotting ay isang hakbang ng RFLP. |
| Detection of Allelic Variation | |
| Hindi matukoy ng RAPD ang mga allelic na variation. | Ang mga allelic na variation ay maaaring makita ng RFLP. |
| Need for Sequence Knowledge | |
| RAPD ay hindi nangangailangan ng paunang kaalaman sa sequence. | Kinakailangan ang kaalaman sa paunang sequence para sa pagdidisenyo ng probe. |
| PCR | |
| PCR ay kasangkot sa RAPD | PCR ay hindi kasama sa RFLP. |
| Reproducibility | |
| Ang RAPD ay may mababang reproducibility | Ang RFLP ay may mataas na reproducibility kumpara sa RAPD. |
Buod – RAPD vs RFLP
Ang RAPD at RFLP ay mahalagang mga marker na ginagamit sa molecular biology. Ang parehong mga pamamaraan ay may kakayahang makita ang pagkakaiba-iba ng genetic sa mga organismo. Ang RAPD ay isinasagawa gamit ang mga random na panimulang aklat. Ang RFLP ay isinasagawa gamit ang mga partikular na restriction enzymes. Ang parehong mga pamamaraan ay gumagawa ng mga profile ng DNA na natatangi sa mga indibidwal na organismo. Ang RAPD ay kasangkot sa halos ilang hakbang kaysa sa RFLP. Ngunit ito ay gumagawa ng hindi gaanong maaasahan at mga reproducible na resulta kaysa sa RFLP. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng RAPD at RFLP.
