Mahalagang Pagkakaiba – AFLP kumpara sa RFLP
Ang mga pag-aaral sa DNA ay may napakalaking kahalagahan sa pag-unawa at pagtukoy ng mga ugnayang phylogenetic, pag-diagnose ng mga genetic na sakit at pagmamapa ng mga genome ng organismo. Ang ilang mga pamamaraan na nauugnay sa pagsusuri ng DNA ay ginagamit din para sa pagtukoy ng isang partikular na gene o isang sequence ng DNA sa isang pool ng hindi kilalang DNA. Kilala sila bilang mga molecular marker. Ang Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) at Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ay dalawang molecular marker (paraan) na binuo sa molecular biology upang makita ang genetic variation sa pagitan ng mga organismo. Ang parehong mga pamamaraan ay pantay na mahalaga at may mga pakinabang at disadvantages. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng AFLP at RFLP ay ang AFLP ay nagsasangkot ng selective PCR amplification ng digested DNA habang ang RFLP ay hindi nagsasangkot ng selective PCR amplification ng mga fragment ng DNA.
Ano ang AFLP?
Ang AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) ay isang mahalagang tool sa molecular biology at malawakang ginagamit sa genetic variation analysis. Ang AFLP ay batay sa partikular na PCR amplification ng fragmented genomic DNA at pagtuklas ng polymorphism sa pamamagitan ng autoradiographs sa pamamagitan ng gel electrophoresis. Ang AFLP ay malawakang nag-aambag sa pagtukoy ng mga pagkakaiba ng genetic sa mga strain o malapit na nauugnay na species ng iba't ibang kaharian kabilang ang mga halaman, hayop, bakterya at fungi. Maaaring isagawa ang AFLP gamit ang maliit na halaga ng hindi kilalang mga sample ng DNA. Hindi ito nangangailangan ng paunang kaalaman sa pagkakasunud-sunod at pagdidisenyo ng mga probe.
Mga Hakbang ng AFLP
- Isolation of DNA
- Digestion ng DNA na may restriction endonucleases
- Ligation ng mga pinaghihigpitang fragment ng DNA na may mga adaptor
- Selective amplification ng mga fragment na may mga partikular na lugar ng paghihigpit
- Paghihiwalay ng mga produkto ng PCR sa pamamagitan ng gel electrophoresis
- Visualization ng gel matrix sa pamamagitan ng autoradiograph
Ang AFLP ay isang mas sensitibo at reproducible na paraan na maaaring gamitin sa DNA profiling ng ilang taxa kabilang ang fungi, bacteria, halaman at hayop nang walang paunang kaalaman sa mga sequence ng DNA. Nakakatulong ito sa pagtukoy ng kaunting pagkakaiba sa mga indibidwal sa mga populasyon dahil sa pagiging sensitibo nito. Mahalaga rin ang AFLP sa genome mapping, forensic studies, parental testing, genotyping, atbp.
Figure 01: AFLP
Ano ang RFLP?
Ang Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) ay isang pamamaraan na ginagamit upang makita ang mga genetic variation sa mga homologous na sequence ng DNA. Ito ang unang paraan na binuo para sa pag-profile ng DNA. Ang mga organismo ay may natatanging mga fingerprint ng DNA o mga profile ng DNA. Ang RFLP ay nagsisilbing isang mahalagang tool upang pag-aralan ang pagkakaiba-iba sa pagitan ng mga profile ng DNA ng mga intraspecific o malapit na nauugnay na mga organismo dahil ang mga homologous sequence ay may iba't ibang mga lugar ng paghihigpit (mga lokasyon) na natatangi sa isang partikular na organismo. Kapag ang homologous na DNA ay natutunaw gamit ang mga partikular na restriction endonucleases, magreresulta ito sa iba't ibang mga profile ng DNA na natatangi sa bawat indibidwal. Samakatuwid, ang punong-guro ng pamamaraang ito ay ang pagtuklas ng pagkakaiba-iba ng genetic sa mga organismo sa pamamagitan ng paghihigpit sa homologous DNA na may mga tiyak na restriction enzymes at pagsusuri ng polymorphism ng haba ng fragment sa pamamagitan ng gel electrophoresis at blotting. Ang mga pattern ng blotting ay natatangi sa bawat organismo at nagpapakilala sa mga partikular na genotype.
Mga Hakbang ng RFLP
- Paghihiwalay ng sapat na dami ng DNA mula sa mga sample
- Pagpira-piraso ng mga sample ng DNA na may partikular na restriction endonucleases sa maikling pagkakasunod-sunod
- Paghihiwalay ng mga resultang fragment na may iba't ibang haba sa pamamagitan ng agarose gel electrophoresis.
- Paglipat ng gel profile sa isang lamad sa pamamagitan ng Southern blotting
- Hybridization ng lamad na may mga label na probe at pagsusuri ng polymorphism sa haba ng fragment sa bawat profile
Ang RFLP ay isang napakahalagang pamamaraan sa pag-detect ng pamana ng sakit at paghahanap ng panganib ng paglitaw ng sakit sa mga miyembro ng pamilya. Ang RFLP ay madalas ding ginagamit sa genome mapping, pagtukoy ng mga kriminal sa forensics, paternity testing, atbp. Ang RFLP ay may ilang mga limitasyon din. Ang RFLP ay nangangailangan ng paunang kaalaman sa sequence data upang magdisenyo ng mga probe para sa hybridization. Nangangailangan din ito ng paghihiwalay ng sapat na dami ng DNA mula sa sample upang pag-aralan, na mahirap sa forensic studies.
Figure 01: RRFLP mapping
Ano ang pagkakaiba ng AFLP at RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| Ang AFLP ay kinabibilangan ng selective PCR amplification ng digested DNA. | Ang RFLP ay hindi kinasasangkutan ng PCR maliban kung ito ay PCR-RFLP. |
| Sequence Knowledge | |
| Hindi kailangan ang kaalaman sa paunang sequence. | Kinakailangan ang paunang kaalaman sa pagkakasunud-sunod upang idisenyo ang mga RFLP probe. |
| Pagiging maaasahan | |
| Mas maaasahan ito. | Hindi ito maaasahan kumpara sa AFLP. |
| Kahusayan sa Pag-detect ng Polymorphism | |
| Ito ay may mas mataas na kahusayan sa pag-detect ng polymorphism kaysa sa RFLP. | Hindi ito mahusay kumpara sa AFLP. |
| Gastos | |
| Medyo mahal ito kumpara sa RFLP. | Mas mura ito kumpara sa AFLP. |
| Mga Application | |
| AFLPs ay inilapat sa genome mapping, DNA fingerprinting, genetic diversity studies, paternity testing at forensics | Ang RFLP analysis ay isang mahalagang tool sa genome mapping, localization ng mga gene para sa genetic disorder, pagtukoy ng panganib para sa sakit, at paternity testing. |
Buod – AFLP vs RFLP
Ang AFLP at RFLP ay dalawang pamamaraan na ginagamit bilang mga genetic marker para sa pagsusuri ng pagkakaiba-iba at pagtatasa ng mga genetic na relasyon sa molecular biology. Ang AFLP ay nagsisilbing isang mahusay at sensitibong pamamaraan para sa pagtuklas ng genetic polymorphism sa pagitan ng mga organismo kaysa sa RFLP. Gayunpaman, kahit na ang parehong mga pamamaraan ay may magkaibang kahusayan sa pagtukoy ng mga pagkakaiba-iba ng genetic, ginagamit pa rin ang mga ito para sa DNA fingerprinting at diagnosis ng sakit.
