Mahalagang Pagkakaiba – Nick Translation vs Primer Extension
Ang Nick translation at primer extension ay dalawang mahalagang pamamaraan na ginagawa sa Molecular biology. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at primer extension ay ang proseso ng pagsasalin ng nick ay gumagawa ng mga may label na probes para sa iba pang mga diskarte sa hybridization habang ang paraan ng primer extension ay kinikilala ang isang tiyak na pagkakasunud-sunod ng RNA mula sa isang timpla at nagpapakita ng impormasyon tungkol sa pagpapahayag ng mRNA. Ang parehong mga diskarte ay may malaking kahalagahan at regular na ginagawa sa mga molecular research lab.
Ano ang Nick Translation?
Ang Nick translation ay isang mahalagang pamamaraan na ginagamit upang maghanda ng mga may label na probes para sa iba't ibang molecular biological techniques gaya ng blotting, in situ hybridization, fluorescent in situ hybridization atbp. Ito ay isang in vitro na paraan ng pag-label ng DNA. Ang DNA probes ay ginagamit upang matukoy ang mga partikular na DNA o RNA sequence. Sa tulong ng isang may label na probe, ang mga partikular na fragment ay maaaring markahan o makita mula sa isang kumplikadong pinaghalong nucleic acid. Samakatuwid, ang mga may label na probe ay inihanda gamit ang iba't ibang mga diskarte na gagamitin para sa iba't ibang mga diskarte. Ang pagsasalin ng Nick ay isang paraan na gumagawa ng mga may label na probe sa tulong ng DNase 1 at DNA polymerase 1 enzymes.
Ang proseso ng nick translation ay nagsisimula sa DNase 1 enzyme activity. Ang DNase 1 ay nagpapakilala ng mga nick sa phosphate backbone ng double stranded DNA sa pamamagitan ng pag-clear ng mga phosphodiester bond sa pagitan ng mga nucleotide. Kapag nalikha na ang nick ng libreng 3' OH na grupo ng nucleotide ay magbubunga at ang DNA polymerase 1 enzyme ay kikilos dito. Ang 5' hanggang 3' exonuclease na aktibidad ng DNA polymerase 1 ay nag-aalis ng mga nucleotide mula sa nick patungo sa 3' na direksyon ng DNA strand. Kasabay nito, ang aktibidad ng polymerase ng DNA polymerase 1 enzyme ay gumagana at nagdaragdag ng mga nucleotide upang palitan ang mga tinanggal na nucleotide. Kung ang mga nucleotide ay may label, ang pagpapalit ay magaganap ng mga may label na nucleotides at ito ay markahan ang DNA para sa pagkakakilanlan. Ang bagong synthesize na may label na DNA na ito ay maaaring gamitin bilang mga probe sa iba't ibang hybridization reactions sa Molecular Biology.
Figure 01: Proseso ng pagsasalin ng Nick
Ano ang Primer Extension?
Ang Primer extension ay isang technique na ginagamit para maghanap ng partikular na RNA sequence mula sa isang RNA mixture at hanapin ang 5’ dulo ng mRNA transcript. Ginagamit din ito upang pag-aralan ang istraktura ng RNA at pagpapahayag. Ang paraan ng pagpapalawak ng panimulang aklat ay isinasagawa gamit ang mga may label na primer o may mga label na nucleotide. Kung ang mga may label na primer ay ginagamit, hindi kasama ang pangangailangan ng pag-label ng mga nucleotide na ginagamit para sa synthesis ng cDNA. Mayroong ilang mga hakbang sa pamamaraang ito. Nagsisimula ito sa pagkuha ng RNA mula sa sample. Pagkatapos ay isang may label na primer na oligonucleotide ay idinagdag sa pinaghalong kasama ang mga kinakailangang sangkap upang ma-synthesize ang cDNA ng isang partikular na RNA sequence. Primer anneals na may pantulong na pagkakasunud-sunod mula sa pinaghalong. Gamit ang primer annealed sequence bilang template, ang enzyme reverse transcriptase ay synthesize ang complementary DNA (cDNA) ng RNA sequence. Nagaganap lamang ang primer annealing at reverse transcription kapag ang partikular na RNA sequence ay naroroon sa sample. Sa wakas, kapag ang denaturing gel electrophoresis ay ginanap, ang laki ng RNA sequence ay maaaring matukoy. Madali ring mahanap ang +1 base ng mRNA (transcription initiation site) sequence sa pamamagitan ng primer extension method. Ang dami ng mRNA na naroroon sa sample ay maaaring ma-quantify sa pamamagitan ng pamamaraang ito kung gumamit ng labis na primer.
Figure 02: Primer extension
Ano ang pagkakaiba ng Nick Translation at Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Ang Nick translation ay isang proseso na lumilikha ng may label na DNA probes para sa iba't ibang hybridization reaction. | Primer extension ay isang diskarteng ginagamit para maghanap ng partikular na RNA o para pag-aralan ang expression ng gene. |
| Mga Ginamit na Enzyme | |
| DNase 1 at DNA polymerase enzymes ang ginagamit. | Reverse transcriptase enzyme ang ginagamit. |
| Kahalagahan | |
| Pinapadali ng pagsasalin ng Nick ang pagmamarka ng partikular na sequence ng DNA. | Primer extension ay nagbibigay-daan sa pag-detect ng partikular na laki ng sequence ng mRNA at ang halagang nasa sample. |
Buod – Nick Translation vs Primer Extension
Ang Nick translation ay isang paraan na ginagamit upang mag-synthesize ng mga may label na probe batay sa mga aktibidad ng DNase 1 at E coli DNA polymerase 1 enzymes. Ito ay isang in vitro na pamamaraan na ginagamit sa mga laboratoryo bago ang iba't ibang mga diskarte sa hybridization. Sa panahon ng nick translation, ang 5'-3' exonuclease na aktibidad ng DNA polymerase 1 ay nag-aalis ng mga nucleotide na nauuna sa nick at polymerase na aktibidad ng DNA polymerase 1 ay pinapalitan ang mga inalis na nucleotides ng may label na mga nucleotide sa likod ng nick. Ang panimulang extension ay isang paraan na ginagamit upang matukoy ang isang partikular na RNA transcript mula sa isang timpla at mabilang ang laki at ang halaga ng interes na RNA. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at primer extension.
