Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at end filling ay ang nick translation ay isang proseso na lumilikha ng may label na DNA probes para sa iba't ibang hybridization reactions habang ang end filling ay isang technique na lumilikha ng mga blunted fragment sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga nucleotide sa mga single-stranded na overhang.
Ang Nick translation at end filling ay dalawang teknik na ginagamit sa molecular biology. Ginagamit ang pagsasalin ng Nick para sa pag-label ng mga probe para sa hybridization upang matukoy ang mga partikular na sequence ng nucleotide. Ang end filling ay ginagamit upang gumawa ng mga blunted fragment na may malagkit na dulo na may single-stranded na mga overhang. Ang parehong mga diskarte ay may malaking kahalagahan, at ang mga ito ay regular na ginagawa sa molekular na pananaliksik lab.
Ano ang Nick Translation?
Ang Nick translation ay isang mahalagang teknik na ginagamit upang maghanda ng mga may label na probes para sa iba't ibang molecular biological techniques gaya ng blotting, in situ hybridization, fluorescent in situ hybridization, atbp. Ito ay isang in vitro na paraan ng DNA labelling. Ang DNA probes ay ginagamit upang matukoy ang mga partikular na DNA o RNA sequence. Sa tulong ng isang may label na probe, ang mga partikular na fragment ay maaaring markahan o makita mula sa isang kumplikadong pinaghalong nucleic acid. Samakatuwid ang mga may label na probes ay inihanda gamit ang iba't ibang mga pamamaraan. Ang pagsasalin ng Nick ay isang paraan na gumagawa ng mga may label na probe sa tulong ng DNase 1 at DNA polymerase 1 enzymes.
Figure 01: Nick Translation
Ang proseso ng pagsasalin ng Nick ay nagsisimula sa aktibidad ng DNase 1 enzyme. Ang DNase 1 ay nagpapakilala ng mga nicks sa phosphate backbone ng double-stranded DNA sa pamamagitan ng pag-clear ng mga phosphodiester bond sa pagitan ng mga nucleotide. Kapag nalikha ang nick, ang libreng 3′ OH na grupo ng nucleotide ay gagawin, at ang DNA polymerase 1 enzyme ay kikilos dito. Ang 5′ hanggang 3′ exonuclease activity ng DNA polymerase 1 ay nag-aalis ng mga nucleotide mula sa nick patungo sa 3′ na direksyon ng DNA strand.
Sabay-sabay, gumagana ang polymerase activity ng DNA polymerase 1 enzyme at nagdaragdag ng mga nucleotide upang palitan ang mga inalis na nucleotides. Kung ang mga nucleotide ay may label, ang pagpapalit ay magaganap ng mga may label na nucleotides, at ito ay markahan ang DNA para sa pagkakakilanlan. Sa wakas, ang bagong synthesize na may label na DNA na ito ay maaaring gamitin bilang probe sa iba't ibang hybridization reaction.
Ano ang End Filling?
Ang End filling ay isang pamamaraan na ginagamit sa molecular biology upang makagawa ng mga blunted fragment. Ang paghihigpit sa panunaw ay gumagawa ng mga fragment na may mga overhang. Ang mga fragment na ito ay maaaring hindi tugma upang mai-ligate sa mga plasmid vector. Ang mga vector ay madalas na napurol upang payagan ang mga hindi magkatugmang dulo na pagsamahin. Samakatuwid, ang mga fragment na may mga overhang ay maaaring mapurol sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga nucleotide sa komplementaryong strand gamit ang overhang bilang template para sa polymerization. Ang prosesong ito ay kilala bilang end filling.
Ang DNA polymerase gaya ng Klenow fragment ng DNA Polymerase I at T4 DNA Polymerase ay nagpapa-catalyze sa end filling. Nagdaragdag sila ng mga nucleotide upang punan (5′ → 3′) at ngumunguya pabalik (3′ → 5′). Kapag napuno na ang mga malagkit na dulo, magiging mapurol ang mga ito, at handa na silang i-ligate sa isang vector.
Higit pa rito, maaaring gamitin ang end filling upang lagyan ng label ang mga molekula ng DNA. Gayunpaman, maaari lamang itong gamitin upang lagyan ng label ang mga molekula ng DNA na may malagkit na dulo. Kung ihahambing sa nick translation, ang end filling ay isang mas banayad na paraan na bihirang maging sanhi ng DNA break.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa pagitan ng Nick Translation at End Filling?
- Ang parehong nick translation at end filling ay mga molecular biological technique.
- Maaari silang gamitin sa paglalagay ng label sa mga probe.
- Parehong nasa vitro
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Nick Translation at End Filling?
Ang Nick translation ay isang technique na gumagawa ng mga may label na probe para sa hybridization. Sa kaibahan, ang end filling ay isang pamamaraan na lumilikha ng mga blunt fragment para sa ligation sa mga vector. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at end filling. Higit pa rito, kailangan ng Nick translation ng paggamit ng 5’to 3′ exonuclease activity habang ang end filling ay hindi nangangailangan ng 5’to 3′ exonuclease activity.
Ang infographic sa ibaba ay nag-tabulate ng mga pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at end filling nang mas detalyado.
Summary – Nick Translation vs End Filling
Ang Nick translation ay isang paraan na isinasama ang radiolabeled nucleotides sa DNA. Nag-synthesize ito ng mga may label na probes batay sa mga aktibidad ng DNase 1 at E. coli DNA polymerase 1 enzymes. Ang end filling, sa kabilang banda, ay isang pamamaraan na gumagawa ng mga blunt fragment. Kapag ang mga fragment ay may malagkit na dulo (mga single-stranded na overhang), kinakailangan na gawin itong mga blunted na dulo upang maging mga vector. Ang pagpuno ng dulo ay nagdaragdag ng mga katugmang nucleotide at lumilikha ng mga blunt na fragment ng dulo upang gawin itong magkatugma para sa ligation. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng nick translation at end filling.
