Pangunahing Pagkakaiba – Forward vs Reverse Primer
Ang Polymerase chain reaction (PCR) ay isang DNA amplification method na ginagamit sa Molecular Biological applications. Ito ay isang karaniwang ginagamit na pamamaraan na gumagawa ng milyun-milyon hanggang bilyun-bilyong kopya ng isang partikular na interesadong sequence ng DNA. Ito ay isang in vitro na pamamaraan na ginagawa sa mga laboratoryo. Ang pamamaraan ng PCR ay lubos na nakadepende sa ginawang komersyal na DNA polymerase na tinatawag na Taq polymerase. At nangangailangan din ito ng maraming iba pang mga bahagi at tamang pagpapanatili ng temperatura. Ang isang mahalagang sangkap ay mga panimulang aklat. Ang mga panimulang aklat ay ang mga maikling DNA sequence na partikular na idinisenyo para sa target na DNA sequence. Karaniwan silang humigit-kumulang 20 nucleotides ang haba. Ang Taq polymerase ay nag-catalyze sa pagdaragdag ng mga nucleotide sa dati nang umiiral na pagkakasunud-sunod ng nucleotide. Samakatuwid, ang mga panimulang aklat ay nagsisilbing panimulang punto ng synthesis ng mga bagong hibla. Gumagana lamang ang Taq polymerase sa 5' hanggang 3' na direksyon kaya ang DNA synthesis ay nangyayari sa parehong 5' hanggang 3' na direksyon. Dahil double stranded ang DNA, dalawang uri ng primer ang kailangan sa PCR. Ang mga ito ay kilala bilang forward primer at reverse primer. Ang mga forward at reverse primer ay tinatawag batay sa direksyon ng pagpahaba ng primer sa DNA kapag nangyari ang DNA synthesis. Ang pasulong na primer ay nag-aanne ng antisense DNA strand at sinisimulan ang synthesis ng +ve strand ng gene sa 5' hanggang 3' na direksyon. Reverse primer anneals na may sense strand at sinisimulan ang synthesis ng complementary strand ng coding strand; na -ve ang strand ng gene sa 5'to 3' na direksyon. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng forward at reverse primers.
Ano ang Forward Primer?
Ang Forward orientation ay ang synthesis ng coding strand o ang sense strand ng isang gene. Pina-catalyze ng Taq polymerase ang synthesis ng isang bagong strand sa 5' hanggang 3' na direksyon. Ang synthesis ng coding strand ay nangyayari kapag ang primer ay na-anneal sa noncoding o ang antisense strand at humahaba sa direksyong 5’ hanggang 3’.
Figure 01: Forward and Reverse Primer
Ang primer na sumasama sa antisense strand o noncoding strand o template strand ay kilala bilang forward primer dahil ang forward primer ay nagsisilbing panimulang punto sa synthesis ng coding o ang positibong strand ng gene. Ang forward primer ay may maikling nucleotide sequence na pantulong sa 3' flanking na dulo ng antisense strand. Nag-hybrid ito sa antisense strand at pinapadali ang Taq polymerase na magdagdag ng mga nucleotide na pantulong sa template strand.
Ano ang Reverse Primer?
Ang Reverse primer ay ang maikling DNA sequence na sumasama sa 3’ dulo ng sense strand o ang coding strand. Ang reverse primer ay nagsisilbing panimulang punto upang mag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng coding sequence o ang noncoding sequence. Idinisenyo ang reverse primer na pandagdag sa 3' dulo ng coding strand. Kaya, ito ay sumasama sa flanking 3' dulo ng coding strand at pinapayagan ang Taq polymerase na i-synthesize ang antisense strand o ang template strand. Dahil ang oryentasyon nito ay nasa baligtad na paraan, ang primer na ito ay may label na reverse primer.
Ang parehong reverse at forward primer ay mahalaga para sa produksyon ng milyun-milyon hanggang bilyun-bilyong kopya ng partikular na mga rehiyon ng DNA na naka-target o interesado.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Forward at Reverse Primer?
- Ang Forward at Reverse primer ay gawa sa oligonucleotides.
- Parehong Forward at Reverse Primer ay nagtataglay ng maikling nucleotide sequence na pandagdag sa mga gilid na dulo ng DNA double strands.
- Ang parehong Forward at Reverse primer ay karaniwang binubuo ng 20 nucleotides.
- Parehong Forward at Reverse Primer ay ginagamit sa polymerase chain reactions.
- Parehong Forward at Reverse Primer ay komersyal na na-synthesize.
- Parehong Forward at Reverse primer ay hindi nagbabago sa temperatura at karaniwan silang nagkakaroon ng katulad na Tm.
- Parehong Forward at Reverse Primer ay na-annealed sa target na DNA sequence.
- Parehong Forward at Reverse Primer ay idinisenyo ayon sa mga reaksyon ng PCR.
- Ang Forward at Reverse Primer ay nagsisilbing mga panimulang punto para sa amplification ng DNA.
- Ang parehong reverse at forward primer ay mahalaga para sa produksyon ng milyong kopya ng mga partikular na rehiyon ng naka-target o interesadong mga sequence ng DNA.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Forward at Reverse Primer?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Ang forward primer ay ang maikling DNA sequence na nag-hybrid sa 3’ na dulo ng noncoding o ang template strand ng gene at nagsisilbing panimulang punto upang i-synthesize ang coding sequence. | Ang Reverse primer ay ang maikling DNA sequence na nag-hybrid sa 3’ na dulo ng coding o ang nontemplate strand at nagsisilbing panimulang punto para i-synthesize ang noncoding sequence. |
| Annealing Strand | |
| Ipasa ang mga primer anneal na may template strand. | Reverse primer anneals na may nontemplate strand. |
| Nagreresultang Bagong Sequence | |
| Forward primer ay pinapadali ang synthesis ng coding sequence. | Pinapadali ng reverse primer ang synthesis ng noncoding sequence. |
Summary – Forward vs Reverse Primer
Mayroong dalawang uri ng panimulang aklat na kasangkot sa PCR technique. Ang mga ito ay forward at reverse primers. Batay sa pagpapahaba ng primer sa bagong DNA strand synthesis, ang mga primer na ito ay may label o pinangalanan. Sina-synthesize ng Taq polymerase ang bagong DNA sa 5' hanggang 3' na oryentasyon. Samakatuwid, ang mga panimulang aklat ay idinisenyo bilang pandagdag sa 3' dulo ng double strands. Ang forward primer na humahaba sa direksyong 5' hanggang 3' ay nag-hybrid sa 3' na dulo ng antisense o ang template o ang noncoding sequence. Ito ay nagsisilbing panimulang punto upang i-synthesize ang pagkakasunud-sunod ng coding. Ang reverse primer na humahaba sa 5' hanggang 3' na direksyon ay nag-hybrid sa 3' na dulo ng coding o ang nontemplate o ang sense strand. Ito ay nagsisilbing panimulang punto upang i-synthesize ang noncoding sequence. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng forward at reverse primer.
