Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng naka-target at hindi naka-target na proteomic ay ang target na proteomic ay naglalayong sukatin ang kasaganaan ng isang partikular na protina habang ang hindi naka-target na proteomic ay hindi nagta-target ng isang partikular na protina.
Ang Proteomics ay ang malakihang pag-aaral ng mga protina, mga istruktura, at mga function ng mga ito. Pinag-aaralan nito ang buong protina na pandagdag sa isang cell, tissue o isang organismo sa ilalim ng mga partikular na kondisyon. Mayroong dalawang uri ng proteomics bilang naka-target na proteomic at hindi naka-target na proteomic.
Ano ang Naka-target na Proteomics?
Gaya ng ipinahihiwatig ng pangalan nito, tina-target ng mga naka-target na proteomic ang isang partikular na protina o isang peptide sa isang kumplikadong pinaghalong protina para sa pagsusuri. Pagkatapos ay sinusuri nito ang presensya at dami ng napiling partikular na protina na iyon. Ang pamamaraang ito ay posible para lamang sa isang sample o sa maraming sample. Ang pamamaraang ito ay angkop kahit para sa isang partikular na grupo ng mga protina. Nagreresulta ito sa mas tumpak, dami at sensitibong data. Bukod dito, ang mass spectrometry na isinama sa mga naka-target na proteomic ay gumagawa ng mas tumpak na maaasahang mga sukat. Gumagamit ang paraang ito ng triple quadrupole mass spectrometer (QQQ) para sa pagsusuri nito.
Figure 01: Proteomics
Ang naka-target na proteomics ay isang angkop na paraan kung gusto mong i-verify kung ang isang knockdown na target ay talagang natumba o kung gusto mong i-quantify ang isang partikular na protina/peptide sa blood serum, cerebral fluid o sa cell lysate atbp. Maaari mo ring gamitin ito kung gusto mong suriin kung ang isang partikular na protina ay naiibang ipinahayag sa mga sample o sa panahon ng eksperimento sa kurso ng oras.
Ano ang Untargeted Proteomics?
Hindi naka-target na proteomic, gaya ng binanggit sa pangalan, ay hindi nagta-target ng partikular na protina o peptide para sa pagsusuri nito. Ang Discovery proteomics ay isa pang pangalan para sa Untargeted proteomics. Sa katunayan, ito ay isang mas 'global' na pagsusuri. Sa pangkalahatan, ang pagsasagawa ng mga hindi naka-target na proteomic ay upang sagutin ang tanong na "anong protina o protina ang nasa sample na ito o maramihang sample?". Ang pamamaraang ito ay hindi sensitibo bilang mga naka-target na proteomic. Ngunit maaari itong makilala at masukat ang maraming mga protina kabilang ang mga bagong protina. Ang mga hindi naka-target na proteomic ay maaaring makagawa ng parehong quantitative at qualitative measurements.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Naka-target at Hindi Naka-target na Proteomics?
- Ang parehong naka-target at hindi naka-target na proteomic ay sumusukat ng mga protina sa mga sample.
- Mahalaga sila sa pagsusuri ng proteome.
- Gumagamit ang mga paraang ito ng mass spectrometry.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Naka-target at Hindi Naka-target na Proteomics?
Una, ang naka-target na proteomics ay ang pagtukoy sa presensya at dami ng isang partikular na protina o peptide sa kumplikadong pinaghalong protina. Sa kaibahan, ang hindi naka-target na proteomics ay ang dami at husay na pag-aaral ng mga protina na naroroon sa isang sample o mga sample nang hindi tina-target ang isang partikular na protina. Ang mga naka-target na proteomic ay ginagawa gamit ang mga preselect o naka-target na mga protina habang ang mga hindi naka-target na proteomic ay ginagawa upang malaman ang mga uri ng mga protina sa sample na ito. Bukod dito, mas sensitibo ang naka-target na proteomic kaysa sa hindi naka-target na proteomic.
Buod – Naka-target vs Hindi Naka-target na Proteomics
Sa kabuuan, ang naka-target at hindi naka-target na proteomic ay dalawang uri ng pag-aaral ng protina. Gaya ng iminumungkahi ng kanilang mga pangalan, ang mga naka-target na proteomic ay nagta-target ng isang partikular na protina habang ang hindi naka-target na mga proteomic ay hindi nagta-target ng isang partikular na protina. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng naka-target at hindi naka-target na proteomic.
