Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics ay ang homology ay tumutukoy sa isang pahayag tungkol sa karaniwang evolutionary ancestry ng dalawang sequence habang ang pagkakatulad ay tumutukoy sa antas ng pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence.
Ang Bioinformatics ay isang larangan ng agham na pinagsasama ang biology, information engineering, computer science, mathematics at statistics upang suriin at bigyang-kahulugan ang biological data. Ang homology at pagkakatulad ay dalawang terminong ginagamit natin sa larangan ng bioinformatics. Madali nating makalkula ang pagkakatulad bilang isang porsyento ng mga katulad na nalalabi sa isang naibigay na haba ng pagkakahanay. Gayunpaman, hindi namin makalkula ang homology dahil ito ay maaaring totoo o mali at kadalasang nakadepende sa hypothesis na ginamit.
Ano ang Homology sa Bioinformatics?
Ang Homology sa bioinformatics ay tumutukoy sa biological homology sa pagitan ng DNA, RNA at mga pagkakasunud-sunod ng protina na tinukoy sa mga tuntunin ng nakabahaging ancestral properties sa evolutionary tree of life. Sa madaling salita, ito ang karaniwang evolutionary ancestry ng dalawang sequence. Ang dahilan para sa naturang paglitaw ay maaaring dahil sa mga kaganapan sa speciation (orthologs), pahalang na mga kaganapan sa paglipat ng gene (xenologs) o mga kaganapan sa pagdoble (paralogs).
Figure 01: Multiple Sequence Alignment
Posibleng tukuyin ang homology sa pagitan ng DNA, RNA, o mga protina sa pamamagitan ng pagkakapareho ng kanilang amino acid o nucleotide sequence. Ang isang makabuluhang pagkakatulad ay nagsisilbing isang malakas na ebidensiyang pag-aari upang ipahiwatig na ang dalawang pagkakasunud-sunod ay nauugnay sa isang karaniwang pagkakasunud-sunod ng ninuno na may mga pagbabago sa ebolusyon. Ang mga alignment ng maraming sequence ay nagpapahiwatig ng mga rehiyon ng bawat sequence na may homologous na katangian.
Ano ang Pagkakatulad sa Bioinformatics?
Sa bioinformatics, tinatasa ng pagkakatulad ang pagkakapareho sa pagitan ng dalawang protina o pagkakasunud-sunod ng nucleotide. Mayroong dalawang pangunahing hakbang sa prosesong ito. Ang paunang hakbang ay pair-wise alignment, na tumutulong upang mahanap ang pinakamainam na pagkakahanay sa pagitan ng dalawang sequence (kabilang ang mga gaps) gamit ang mga algorithm tulad ng BLAST, FastA, at LALIGN. Pagkatapos ng pair-wise alignment, kinakailangan na makakuha ng dalawang quantitative parameters mula sa bawat pair-wise na paghahambing. Sila ay pagkakakilanlan at pagkakatulad. Sa BLAST, ang mga pagkakatulad sa paghahanap ay kilala bilang mga positibo.
Figure 02: Pairwise Alignment
Ang isang konserbatibong mutation ay nangyayari kapag ang isang amino acid ay nag-mutate sa isang katulad na nalalabi habang pinapanatili ang mga katangian ng physiochemical. Halimbawa, kung ang arginine ay nag-mutate sa lysine na may +1 na positibong singil, ito ay tinatanggap dahil ang dalawang amino acid ay magkapareho sa ari-arian at hindi binabago ang isinalin na protina. Kaya, ang mga sukat ng pagkakatulad ay nakasalalay sa pamantayan kung paano ang dalawang residue ng amino acid sa isa't isa.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Homology at Pagkakatulad sa Bioinformatics?
- Ang Homology at pagkakatulad ay dalawang teknikal na terminong nakakaharap natin sa bioinformatics.
- Bukod dito, ang parehong termino ay tumutukoy sa molecular analysis ng mga sequence.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Homology at Pagkakatulad sa Bioinformatics?
Ang Homology ay tumutukoy sa isang pahayag tungkol sa karaniwang evolutionary ancestry ng dalawang sequence habang ang similarity ay tumutukoy sa antas ng pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics. Bilang karagdagan, ang homology ay hindi maaaring kalkulahin dahil ito ay maaaring totoo o mali at karaniwang nakadepende sa hypothesis habang ang pagkakatulad ay madaling kalkulahin bilang isang porsyento ng mga katulad na nalalabi sa isang naibigay na haba ng pagkakahanay. Samakatuwid, ito ay isang makabuluhang pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics.
Inililista ng sumusunod na infographic ang pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics.
Buod – Homology vs Pagkakatulad sa Bioinformatics
Sa madaling sabi, ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics ay nasa kanilang mga kahulugan. Ang homology ay isang pahayag ng karaniwang evolutionary ancestry ng dalawang sequence habang ang pagkakatulad ay ang pagkakahawig sa pagitan ng dalawang sequence. Ang homology ay nangyayari dahil sa orthologs, paralogs, at xenologs. Kapag hinuhusgahan ang pagkakatulad, posibleng gumamit ng mga algorithm tulad ng FastA, BLAST, at LALIGN. Ang homology ay hindi maaaring ipahayag bilang isang pagkalkula, ngunit ang pagkakatulad ay maaaring ipahayag bilang isang porsyento ng mga katulad na nalalabi sa isang naibigay na haba ng pagkakahanay. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng homology at pagkakatulad sa bioinformatics.
