Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga random na primer at oligo dT ay ang random na primer ay pinaghalong lahat ng posibleng hexamer oligonucleotide sequence, habang ang oligo dT primer ay binubuo ng isang single-stranded na kahabaan ng 12–18 deoxythymidines.
Ang Reverse transcription ay isang mekanismo kung saan maaaring ma-synthesize ang cDNA gamit ang mRNA o anumang species ng RNA. Upang makagawa ng cDNA, ang reverse transcriptase enzyme at iba pang kinakailangang sangkap ay dapat ibigay, lalo na ang template at mga primer. Ang mga panimulang aklat ay ang mga maikling sequence ng DNA na partikular na idinisenyo para sa pagpapalakas ng mga target na sequence. Ang mga random na primer at oligo dT primer ay dalawang karaniwang uri ng mga primer na ginagamit sa reverse transcription. Samakatuwid, ang random na primer o oligo dT primer ay maiikling DNA oligonucleotide sequence na kinakailangan para sa reverse transcriptase upang simulan ang reverse transcription. Depende sa template ng RNA, mapipili ang angkop na primer sa dalawang uri ng primer na ito.
Ano ang Random Primer?
Ang Random na primer ay pinaghalong oligonucleotides na kumakatawan sa lahat ng posibleng pagkakasunud-sunod ng hexamer. Primer sequence ng random primer ay 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Samakatuwid, ang mga random na primer ay maaaring gamitin para sa amplification ng single-stranded DNA o RNA sa pamamagitan ng DNA polymerase o reverse transcriptase, ayon sa pagkakabanggit. Bukod, ang random na pinaghalong primer ay may kakayahang palakasin ang lahat ng mga rehiyon ng RNA upang makabuo ng cDNA. Kaya, gumagawa ito ng iba't ibang haba ng cDNA.
Figure 01: Random Primer
Pinakamahalaga, ang random na pinaghalong primer ay hindi nagpapakita ng partikular na template. Ito ay walang kakayahang makilala ang mRNA at iba pang mga species ng RNA. At, sumasama ito sa anumang uri ng RNA sa sample. Gayunpaman, angkop ang random na primer mixture para sa reverse transcription ng mga RNA na walang poly(A) tails, gaya ng rRNA, tRNA, non-coding RNAs, maliliit na RNA, prokaryotic mRNA atbp., degraded RNA, at RNA na may mga kilalang pangalawang istruktura.
Ano ang Oligo dT?
Ang Oligo dT primer ay isang kahabaan ng 12 – 18 deoxythymine (dT). Ang primer sequence ay maaaring katawanin bilang 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Ito ay ginagamit para sa paggawa ng cDNA mula sa mRNA na naglalaman ng poly(A) tail. Karaniwan, ito ay gumaganap bilang isang panimulang aklat para sa reaksyon na na-catalyze ng reverse transcriptase. Sa panahon ng reverse transcription, ang oligo dT primer ay sumasama sa poly-adenylated tail na makikita sa 3' dulo ng karamihan sa mga eukaryotic mRNA at sinimulan ang proseso.
Figure 02: Reverse Transcription Gamit ang Oligo dT Primer
Hindi tulad ng random na primer, ang oligo dT primer ay hindi angkop para sa degraded RNA o RNA na walang poly(A) tails, kabilang ang prokaryotic RNA at microRNA.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Random Primer at Oligo dT?
- Ang random na primer at oligo dT primer ay dalawang uri ng primer na ginagamit sa reverse transcription at paggawa ng cDNA.
- Ang paggamit ng random na primer at oligo dT primer na magkasama ay nagpapataas ng sensitivity ng cDNA synthesis.
- Sila ay single-stranded short nucleotide sequence.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Random Primer at Oligo dT?
Ang Random primer ay isang maikling oligonucleotide sequence na binubuo ng random sequence. Samantala, ang oligo dT primer ay isang maikling strand na binubuo ng 12 hanggang 18 deoxythymidines. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga random na primer at oligo dT. Ang sequence ng random primer ay 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Samantalang, ang sequence ng oligo dT primer ay 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Samakatuwid, maaari naming isaalang-alang ito bilang isa pang pagkakaiba sa pagitan ng mga random na primer at oligo dT.
Higit pa rito, ang mga random na primer ay hindi nagpapakita ng template specificity, at ang mga ito ay sumasama sa anumang species ng RNA, habang ang oligo dT primers ay nagpapakita ng specificity para sa poly(A) tails ng eukaryotic mRNA.
Ibinubuod ng infographic sa ibaba ang pagkakaiba sa pagitan ng mga random na primer at oligo dT.
Buod – Mga Random na Primer vs Oligo dT
Ang Random primer at oligo dT primer ay dalawang uri ng primer na ginagamit sa cDNA synthesis. Ang random na primer ay binubuo ng pinaghalong oligonucleotides, na kumakatawan sa lahat ng posibleng hexamer sequence, habang ang oligo dT primer ay isang single-stranded sequence ng 12 hanggang 18 deoxythymidines. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga random na primer at oligo dT. Bukod pa rito, ang mga oligo dT primer ay kapaki-pakinabang para sa full-length na reverse transcription ng RNA na may poly(A) tail, habang ang mga random na primer ay kapaki-pakinabang para sa reverse transcription ng karamihan sa RNA species, kabilang ang degraded RNA, RNA na kulang sa poly(A) tails at RNA na naglalaman pangalawang istruktura. Samakatuwid, ang random na panimulang aklat ay hindi nagpapakita ng pagtitiyak ng template habang ang oligo dT primer ay nagpapakita ng pagtitiyak patungo sa eukaryotic mRNA na naglalaman ng poly(A) tail.
