Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng molecular docking at scoring ay ang docking ay isang diskarteng ginagamit upang matukoy ang binding affinity sa pagitan ng dalawang molekula samantalang ang scoring ay isang proseso ng pagsusuri ng isang partikular na pose sa pamamagitan ng pagbibilang ng bilang ng mga paborableng intermolecular na interaksyon.
Ang mga terminong molecular docking at scoring ay ginagamit sa larangan ng molecular modelling. Ang molecular modeling ay isang pamamaraan na ginagamit upang matukoy ang mga posibleng pagsasaayos ng iba't ibang molekula sa isang partikular na substansiya. Ang diskarteng ito ay mahalaga sa paglikha ng mga bagong stable compound.
Ano ang Molecular Docking?
Ang Molecular docking ay isang computational simulation ng isang kandidatong ligand na nagbubuklod sa isang receptor. Ang pamamaraang ito ay hinuhulaan ang ginustong oryentasyon ng isang molekula sa isa pang molekula kapag nakatali sa isa't isa upang bumuo ng isang matatag na kumplikado. Ang mga resulta na nakuha mula sa pamamaraan na ito ay maaaring magamit upang mahulaan ang lakas ng pagkakaugnay o nagbubuklod na pagkakaugnay sa pagitan ng dalawang molekula. Dito, mahalaga din ang molecular scoring function.
Figure 01: Isang Simple Diagram na nagpapakita ng Proseso ng Molecular Interactions sa Biological Systems
Sa pangkalahatan, isinasaalang-alang ng diskarteng ito ang mga biologically na nauugnay na molekula gaya ng mga protina, peptides, nucleic acid, carbohydrates, at lipid. Napakahalaga ng mga molekulang ito, at may mahalagang papel ang mga ito sa mga mekanismo ng signal transduction sa ating katawan. Samakatuwid, ang oryentasyon ng dalawang molekula na magbubuklod para sa proseso ng transduction ng signal na ito ay nakakaapekto sa uri ng signal na ginawa dito. Ibig sabihin; Ang molecular docking ay mahalaga sa pagtukoy ng parehong lakas at uri ng signal na ginawa sa panahon ng signal transduction sa mga biological system.
Bukod dito, mahalaga ang mga molecular docking technique sa pagdidisenyo ng mga structure-based na gamot. Iyon ay dahil sa predictability nito ng binding conformation ng maliliit na molecule gaya ng ligand sa isang angkop na binding site.
Ano ang Molecular Scoring?
Ang Molecular scoring ay isang uri ng mathematic na function na kapaki-pakinabang sa pagsusuri sa progreso ng molecular docking. Sa larangan ng computational chemistry, ginagamit ang mga function ng pagmamarka para sa paghula ng nagbubuklod na affinity sa pagitan ng dalawang molekula pagkatapos ng proseso ng docking. Halimbawa, kung mayroon tayong maliit na molekula ng particle na gamot at mayroong biological na target gaya ng protina, maaari nating suriin ang affinity ng gamot patungo sa binding site. Bukod dito, ang pagmamarka ng molekular ay maaaring magamit upang mahulaan ang mga intermolecular na pakikipag-ugnayan sa pagitan ng dalawang protina o sa pagitan ng isang protina at mga molekula ng DNA.
Figure 02: Scoring Function sa Maikling
Ang pangunahing aplikasyon ng molecular scoring ay sa mga proseso ng pagdidisenyo ng gamot-halimbawa, virtual screening, de novo designing, lead optimization, atbp.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Molecular Docking at Scoring?
Molecular docking at scoring ay mahalaga sa molecular modelling. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng molecular docking at scoring ay ang docking ay isang diskarteng ginagamit upang matukoy ang binding affinity sa pagitan ng dalawang molekula samantalang ang scoring ay isang proseso ng pagsusuri ng isang partikular na pose sa pamamagitan ng pagbibilang ng bilang ng mga paborableng intermolecular na interaksyon.
Ang sumusunod na infographic ay nagbubuod sa pagkakaiba sa pagitan ng molecular docking at scoring.
Buod – Molecular Docking vs Scoring
Molecular docking at scoring ay mahalaga sa molecular modelling. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng molecular docking at scoring ay ang docking ay isang diskarteng ginagamit upang matukoy ang binding affinity sa pagitan ng dalawang molekula samantalang ang scoring ay isang proseso ng pagsusuri ng isang partikular na pose sa pamamagitan ng pagbibilang ng bilang ng mga paborableng intermolecular na interaksyon.
