Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2 ay ang ITS1 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 18S at 5.8S rRNA genes sa eukaryotes, habang ang ITS2 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 5.8S at 28S rRNA genes sa eukaryotes.
Ang Internal transcribed spacer (ITS) ay ang spacer DNA na karaniwang matatagpuan sa pagitan ng maliit na subunit ribosomal RNA at malalaking subunit ribosomal RNA genes sa chromosome o sa kaukulang na-transcribe na rehiyon sa polycistronic rRNA precursor transcript molecule. Sa bacteria at archaea, mayroon lamang ITS sa pagitan ng 16S at 23S rRNA genes. Ngunit sa mga eukaryote, mayroong dalawang ITS spacer DNA: ITS1 (sa pagitan ng 18S at 5.8S rRNA genes) at ITS2 (sa pagitan ng 5.8S at 28S rRNA). Samakatuwid, ang ITS1 at ITS2 ay dalawang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng mga rRNA genes sa eukaryotes.
Ano ang ITS1?
Ang ITS1 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 18S at 5.8S rRNA genes sa mga eukaryote. Ang ITS ay tumutukoy sa isang piraso ng nonfunctional spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng mga rRNA genes. Ang ITS1 ay may mas malaking pagkakaiba-iba ng haba kaysa sa ITS2. Ang pagkakaiba-iba ng haba ng ITS1 ay humigit-kumulang (200-300bp). Ang mga marker ng ITS tulad ng ITS1 ay napatunayan ang kanilang kahusayan sa pagpapaliwanag ng mga ugnayang phylogenetic sa iba't ibang taxa. Bukod dito, ang ITS1 spacer DNA ay hindi gaanong natipid kaysa sa ITS2 spacer DNA. Ang mga istruktura ng ITS1 ay pinananatili lamang sa mas maliit na mga unit ng taxonomic. Ang bawat eukaryotic ribosomal cluster ay naglalaman din ng mga rehiyon na tinatawag na external transcribed spacer (5' at 3' ETS).
Figure 01: ITS1 region
Ang ITS1 spacer DNA ay napakalapit sa 5'external transcribed spacer (5' ETS). Higit pa rito, kung may gustong palakihin ang rehiyon ng ITS1 para sa mga pag-aaral ng phylogenetic na relasyon, kailangan nilang gumamit ng isang partikular na pares ng primer (reverse at forward primers) para sa layuning ito. Upang palakasin ang rehiyon ng ITS1, dalawang primer set ang karaniwang ginagamit sa mga protocol ng PCR ng mga laboratoryo. Ang mga ito ay ITS1 forward at ITS2 reverse o ITS1 foward at ITS4 reverse.
Ano ang ITS2?
Ang ITS2 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 5.8S at 28S rRNA genes sa mga eukaryote. Ang rehiyon ng ITS2 ay may mas maikling pagkakaiba-iba ng haba kaysa sa rehiyon ng ITS1. Ang pagkakaiba-iba ng haba ng ITS2 ay humigit-kumulang (180-240bp). Gayunpaman, ang rehiyon ng ITS2 ay mas natipid kaysa sa rehiyon ng ITS1 sa maraming mga yunit ng taxonomic. Kinikilala nito na ang lahat ng mga pagkakasunud-sunod ng ITS2 ay nagbabahagi ng isang karaniwang core ng pangalawang istraktura. Bukod dito, ang 40% na rehiyon ng ITS2 ay natipid sa lahat ng angiosperms, habang posible na ihanay ang 50% ng rehiyon ng ITS2 sa buong pamilya at mas mataas na antas.
Figure 02: ITS2 region
Anuman ang saklaw ng konserbasyon, napakapopular din ang paggamit ng rehiyon ng ITS2 gaya ng rehiyon ng ITS1 sa mga pag-aaral ng phylogenetic na relasyon, lalo na sa barcoding ng fungal DNA. Upang palakasin ang rehiyon ng ITS2, karaniwang ginagamit ang isang partikular na set ng primer sa mga protocol ng PCR ng mga laboratoryo. Iyon ay ITS1 foward at ITS4 reverse. Ngunit kapag ginagamit ng PCR protocol ang panimulang set na ito, pinalalakas din nito ang rehiyon ng ITS1 kasama ang rehiyon ng ITS2. Dagdag pa, ang ITS2 spacer DNA ay napakalapit sa 3'external transcribed spacer (3' ETS).
Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng ITS1 at ITS2
- Ang ITS1 at ITS2 ay dalawang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng mga rRNA genes.
- Ang mga ito ay nasa mga eukaryote lamang.
- Maaaring palakihin ang dalawa sa pamamagitan ng paggamit ng mga partikular na pares ng primer.
- Pareho silang na-excise sa rRNA maturation bilang non-functional by-products.
- Ang dalawa ay napakahalaga para sa phylogenetic relationship studies, lalo na sa fungal DNA barcoding.
Pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2
Ang ITS1 ay isang spacer DNA na nasa pagitan ng 18S at 5.8S rRNA genes sa eukaryotes habang ang ITS2 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 5.8S at 28S rRNA genes sa eukaryotes. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2. Higit pa rito, ang ITS1 ay may mas malaking pagkakaiba-iba ng haba kumpara sa ITS2. Sa kabilang banda, ang ITS2 ay may mas maikling pagkakaiba-iba ng haba kumpara sa ITS1. Ito ay isa pang pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2.
Inililista ng infographic sa ibaba ang mga pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2 sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – ITS1 vs ITS2
Ang Internal transcribed region (ITS) ay isang non-functional na piraso ng spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng mga rRNA genes. Sa bacteria at archaea, mayroon lamang isang rehiyon ng ITS. Ngunit sa mga eukaryote, mayroong dalawang rehiyon ng ITS: ITS1 at ITS2. Ang ITS1 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 18S at 5.8S rRNA genes sa eukaryotes, habang ang ITS2 ay isang spacer DNA na matatagpuan sa pagitan ng 5.8S at 28S rRNA genes sa eukaryotes. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng ITS1 at ITS2.
