Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng MLVA at MLST ay ang MLVA ay gumagamit ng polymorphism ng magkasunod na paulit-ulit na mga sequence ng DNA upang makilala ang microbial species, habang ginagamit ng MLST ang polymorphism ng DNA sequence ng mga panloob na fragment ng maraming housekeeping genes upang makilala ang microbial species.
Ang microbial typing ay karaniwang ginagamit upang matukoy ang pinagmulan at ruta ng mga impeksyon. Kinukumpirma o inaalis nito ang mga outbreak. Sinusubaybayan din ng microbial typing ang cross-transmission ng mga pathogen na nauugnay sa pangangalagang pangkalusugan at kinikilala ang mga nakakalason na strain. Bukod dito, sinusuri ng microbial typing ang pagiging epektibo ng mga control measure ng pathogenic microbial species. Ang MLVA at MLST ay dalawang molecular biological technique na ginagamit sa microbial typing.
Ano ang MLVA?
Ang Multiple loci VNTR analysis (MLVA) ay isang molecular biological method na gumagamit ng polymorphism ng magkasunod na paulit-ulit na DNA sequence upang makilala ang microbial species. Ito ay isang paraan na ginagamit para sa genetic analysis ng partikular na microbial species.
Sa unang hakbang ng MLVA, ang bawat naka-target na VNTR locus ay pinalalakas ng PCR na may kasamang mga primer na partikular sa rehiyon. Pagkatapos ang nakuha na mga fragment ay sukat na pinaghihiwalay ng electrophoresis sa isang capillary sequencer. Ang genotyping ng bawat locus at mga resultang pinagsama-sama mula sa bawat sample ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa isang microorganism na kilala ang species. Nagbibigay-daan din ito sa pagtukoy ng mga subspecies sa pamamagitan ng allele typing at paghahambing sa mga database ng MLVA.
Figure 01: MLVA
Ang MLVA method na ito ay mas pumipili kaysa sa MLST method. Higit pa rito, ang pamamaraan ng MLVA ay hindi nangangailangan ng isang hakbang sa pagkakasunud-sunod ng DNA. Kaya, ginagawang posible ang pag-iiba ng malalapit na subspecies o clonal species.
Ano ang MLST?
Ang Multilocus sequence typing (MLST) ay isang technique na gumagamit ng polymorphism ng mga DNA sequence ng mga internal fragment ng maraming housekeeping genes upang makilala ang microbial species. Ang MLST ay isang diskarte sa genetic analysis para sa pag-type ng maraming loci.
Figure 02: MLST
Ito ay isang uri ng sequencing typing na ginagamit bilang isang reference technique upang makilala ang iba't ibang strain ng microbial species. Ang paraang ito ay batay sa housekeeping genes sequencing. Ang housekeeping genes ay karaniwang nag-encode ng mga mahahalagang protina ng mga microbial agent tulad ng isang bacterium. Ang mga sequence ng housekeeping genes na ito ay may partikularidad ng pagpapakita ng isang matatag na polymorphism sa paglipas ng panahon. Samakatuwid, ang mga pagkakaiba sa mga pagkakasunud-sunod ng mga gene ng housekeeping ay sapat na upang makilala ang mga strain mula sa bawat isa. Higit pa rito, ang unang MLST scheme na binuo ay Neisseria meningitidis, ang causative agent ng meningococcal meningitis at septicemia. Mula nang ipakilala ito, ang MLST ay ginamit hindi lamang para sa mga pathogen ng tao kundi pati na rin sa mga pathogen ng halaman.
Ano ang Pagkakatulad sa Pagitan ng MLVA at MLST?
- Ang MLVA at MLST ay dalawang molecular biological technique na ginagamit sa microbial typing.
- Ang parehong mga diskarte ay maaaring gamitin para sa microbial phylogenetic analysis.
- Ang parehong mga diskarte ay batay sa genetic polymorphism.
- Maaari silang gamitin para sa pagtuklas ng mga sakit ng tao na nagdudulot ng mga microbial pathogen.
- Ang parehong mga diskarte ay dapat gawin ng mga bihasang molecular biologist.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng MLVA at MLST?
Ang MLVA ay isang diskarteng gumagamit ng polymorphism ng magkasunod na paulit-ulit na pagkakasunud-sunod ng DNA upang makilala ang microbial species. Samantala, ang MLST ay isang pamamaraan na gumagamit ng polymorphism ng mga pagkakasunud-sunod ng DNA ng mga panloob na fragment ng maramihang mga housekeeping gene upang makilala ang microbial species. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng MLVA at MLST. Higit pa rito, ang paraan ng MLVA ay mas pinipili kaysa sa paraan ng MLST.
Ang infographic sa ibaba ay nagpapakita ng mga pagkakaiba sa pagitan ng MLVA at MLST sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – MLVA vs MLST
Ang MLVA at MLST ay dalawang molecular biological technique na ginagamit sa microbial typing. Ginagamit ng MLVA ang polymorphism ng magkasunod na paulit-ulit na pagkakasunud-sunod ng DNA upang makilala ang microbial species, habang ginagamit ng MLST ang polymorphism ng DNA sequence ng mga panloob na fragment ng maraming housekeeping genes upang makilala ang microbial species. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng MLVA at MLST.
