Mahalagang Pagkakaiba – Base Excision Repair kumpara sa Nucleotide Excision Repair
Ang DNA ay madalas na napapailalim sa mga pinsala dahil sa iba't ibang panloob at panlabas na salik. Gayunpaman, ang mga cellular repairing system ay agad at patuloy na itinatama ang mga pinsala bago sila maging mutasyon o bago sila mailipat sa mga susunod na henerasyon. May tatlong uri ng excision repairing system sa mga cell: nucleotide excision repair (NER), base excision repair (BER), at DNA mismatch repair (MMR) para ayusin ang single stranded DNA damages. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng base excision repair at nucleotide excision repair ay ang base excision repair ay isang simpleng repair system na gumagana sa mga cell upang ayusin ang mga solong nucleotide na pinsala na dulot ng endogenously habang ang nucleotide excision repair ay isang kumplikadong repair system na gumagana sa mga cell upang maayos na maayos. mas malaki, nasira na mga rehiyon na sanhi ng exogenously.
Ano ang Base Excision Repair?
Ang base excision repair ay ang pinakasimpleng bersyon ng DNA repair system na mayroon ang mga cell. Ginagamit ito upang ayusin ang mga maliliit na pinsala sa DNA. Ang mga base ng DNA ay binago dahil sa deamination o alkylation. Kapag may mga base damages, kinikilala at ina-activate ng DNA glycosylase ang base excision repair system at binabawi ito sa tulong ng mga enzyme AP endonuclease, DNA polymerase, at DNA ligase. Ang mga sumusunod na hakbang ay kasangkot sa BER system.
- Pagkilala at pag-alis ng hindi tama o nasirang base ng isang DNA glycosylase upang lumikha ng abasic site (mga site ng pagkawala ng base –apiurinic o apyrimidinic site).
- Abasic site incision sa pamamagitan ng apurinic/apyrimidinic endonuclease
- Pag-alis ng natitirang bahagi ng asukal sa pamamagitan ng lyase o phosphodiesterase
- Pagpuno ng gap ng isang DNA polymerase
- Pagtatatak ng nick ng DNA ligase
Figure 01: Base excision repair pathway
Ano ang Nucleotide Excision Repair?
Ang Nucleotide Excision Repair (NER) ay isang mahalagang DNA excision repair system sa mga cell. Nagagawa nitong ayusin at palitan ang mga nasirang rehiyon hanggang sa 30 base ang haba at ito ay idinirekta ng hindi nasirang template strand. Ang mga karaniwang pinsala sa DNA ay nangyayari dahil sa ultraviolet radiation at pinoprotektahan ng NER ang DNA sa pamamagitan ng pag-aayos ng mga pinsalang iyon kaagad bago maging mutasyon at dumaan sa mga susunod na henerasyon o magdulot ng mga sakit. Ang NER ay partikular na nagbibigay ng proteksyon laban sa mga mutasyon na dulot ng hindi direktang mga salik tulad ng mga carcinogen sa kapaligiran at kemikal. Ang NER ay nakikita sa halos lahat ng mga organismo, at kinikilala nito ang mga pinsala na nagdudulot ng malaking pagbaluktot sa DNA helix.
Ang proseso ng NER ay nagsasangkot ng pagkilos ng maraming protina gaya ng XPA, XPB, XPC, XPD, XPE, XPF, XPG, CSA, CSB, atbp. at nagpapatuloy sa pamamagitan ng ilang mga cut at paste-like na mekanismo. Ang mga protina na iyon ay mahalaga para sa pagkumpleto ng proseso ng pag-aayos, at ang isang depekto sa isa sa mga protina ng NER ay mahalaga at maaaring magdulot ng mga bihirang recessive syndrome: xeroderma pigmentosum (XP), Cockayne syndrome (CS) at ang photosensitive na anyo ng brittle hair disorder. trichothiodystrophy (TTD).
Figure 02: Pag-aayos ng Nucleotide Excision
Ano ang pagkakaiba ng Base Excision Repair at Nucleotide Excision Repair?
Base Excision Repair vs Nucleotide Excision Repair |
|
| Ang Base excision repair (BER) ay isang DNA repair system na nangyayari sa mga cell. | Nucleotide excision repair (NER) ay isa pang uri ng DNA repair system na makikita sa mga cell. |
| Pagkilala sa Mga Pagdagdag ng DNA | |
| Ang BER ay nag-aayos ng mga pinsala sa maliliit na pagdadagdag ng DNA. | NER ay nagkukumpuni ng malalaking DNA adduct. |
| DNA Damages | |
| Kinikilala ng BER ang mga pinsalang hindi nagdudulot ng makabuluhang pagbaluktot sa DNA helix. | Kinikilala ng NER ang mga pinsalang nagdudulot ng makabuluhang pagbaluktot sa DNA helix. |
| Mga Sanhi ng Pagkasira ng DNA | |
| Inaayos ng BER ang mga pinsalang dulot ng endogenous mutagens. | Inaayos ng NER ang mga pinsalang dulot ng mga exogenous mutagens. |
| Complexity | |
| Ang BER ay ang hindi gaanong kumplikadong sistema ng pag-aayos | Mas kumplikado ito kaysa sa BER. |
| Need for Proteins | |
| Ang BER ay hindi nangangailangan ng iba pang mga protina. | Nangangailangan ang NER ng ilang produkto ng gene, lalo na ang mga protina, upang matukoy ang mga nasira at hindi nasirang rehiyon. |
| Suitability | |
| Angkop ang BER para sa pagwawasto ng mga single base damage. | Ang NER ay angkop para palitan ang mga nasirang rehiyon. |
Buod – Base Excision Repair vs Nucleotide Excision Repair
Ang NER at BER ay dalawang uri ng proseso ng pag-aayos ng DNA excision na matatagpuan sa mga cell. Nagagawa ng BER na ayusin ang maliliit na pinsalang dulot ng endogenously habang ang NER ay kayang ayusin ang mga rehiyon ng pinsala hanggang sa 30 haba ng base pair na dulot ng exogenously. Ang BER ay naiiba sa NER sa mga uri ng substrate na kinikilala at sa paunang kaganapan ng cleavage. Makikilala rin ng BER ang mga pinsalang hindi dulot ng makabuluhang pagbaluktot sa DNA helix habang kinikilala ng NER ang mga makabuluhang distortion ng DNA helix. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng base excision repair at nucleotide excision.
