Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng contig at scaffold ay ang contig ay walang gaps habang ang scaffold ay binubuo ng contigs at gaps.
Ang pagkakasunud-sunod ng genome ng mga multicellular na organismo ay napakahirap kumpara sa pagkakasunud-sunod ng mga unicellular na organismo. Ang whole-genome shotgun sequencing ay isang madali at mabilis na genome sequencing technique para sa mga multicellular genome. Ito ay isang pamamaraan na nagsusunod-sunod ng maraming magkakapatong na mga fragment ng DNA nang magkatulad. Sa pamamaraang ito, ang maliliit na fragment ay pinagsama-sama sa mas malalaking fragment at pagkatapos ay sa mas malalaking contig gamit ang isang computer. Pagkatapos ang contigs ay binuo sa scaffolds at sa wakas sa isang chromosome. Samakatuwid, ang contig ay isang tuluy-tuloy na kahabaan ng mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide habang ang scaffold ay isang bahagi ng genome na binubuo ng mga contig at gaps. Parehong contig at scaffold ay na-reconstruct na genomic sequence.
Ano ang Contig?
Ang Contig ay isang genomic sequence. Ito ay isang tuluy-tuloy na kahabaan ng mga sequence na binubuo ng A, C, G at T base. Ito ay nabuo sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng ilang maliit na magkakapatong na piraso ng DNA sa isang mas mahabang pagkakasunud-sunod. Sa simpleng salita, ang contig ay isang assemblage ng isang set ng sequence fragment. Kasama sa paggawa ng contig ang pagtukoy ng mga magkakapatong na mga fragment ng sequence batay sa mga lokal na pamamaraan ng pagtutugma ng string at pag-align na tumutukoy sa mga magkakapatong na dulo ng mga sequence.
Contigs walang gaps. Ito ay bahagi ng isang plantsa. Ang mga contig ay nakakadena nang magkasama kapag gumagawa ng scaffold. Nangangailangan ito ng karagdagang impormasyon tungkol sa kamag-anak na posisyon at oryentasyon ng mga contig sa genome. Ang mga puwang ay naghihiwalay ng mga contig sa isang plantsa. Karaniwang, ang contig assembly ay isang mahalagang hakbang sa whole-genome shotgun sequencing. Contigs ay binuo sa wakas sa isang kumpletong genomic sequence. Karaniwang nangangailangan ang contig assembly ng pag-unawa sa mga algorithm sa pagtutugma ng string at pagkakahanay ng sequence.
Ano ang Scaffold?
Ang Ang scaffold ay isang muling itinayong genomic sequence mula sa mga end-sequenced na whole-genome shotgun clone. Sa istruktura, ang scaffold ay binubuo ng mga contig at gaps. Samakatuwid, ang mga scaffold ay nilikha sa pamamagitan ng pag-chain ng mga contig nang magkasama at paghihiwalay sa mga ito sa pamamagitan ng mga puwang. Ang paglikha ng scaffold ay nangangailangan ng impormasyon tungkol sa kamag-anak na posisyon at oryentasyon ng mga contig sa genome. Nilalayon ng whole-genome shotgun assembly na kumatawan sa bawat genomic sequence sa isang scaffold. Ngunit, hindi ito lubos na posible. Samakatuwid, ang isang chromosome ay maaaring kinakatawan ng ilang mga scaffold. Minsan maaaring mag-overlap ang mga scaffold. Bukod dito, maaaring i-filter out ang ilang scaffold sa panahon ng assembly.
Figure 02: Pangkalahatang-ideya ng Whole-Genome Shotgun Assembly
Hindi ipinapakita ng haba ng scaffold gap ang totoong haba nito. Sa pangkalahatan, ang mga gaps ay arbitraryong itinatakda sa ilang mga nakapirming haba. Samakatuwid, ang mga puwang at kawalan ng katiyakan sa kanilang mga haba ay lumilikha ng mga problema sa pag-unawa sa tunay na spatial na relasyon ng mga functional na elemento sa mga genome at ang aktwal na lawak ng nawawalang impormasyon. Minsan ang mga gaps ay kumakatawan sa nawawalang genomic na impormasyon.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Contig at Scaffold?
- Ang Contig at scaffold ay mga genomic sequence na binubuo ng mga nucleotide sequence.
- Ang mga scaffold ay binubuo ng mga contig at gaps.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Contig at Scaffold?
Ang Ang contig ay isang tuluy-tuloy na sequence na binuo mula sa isang set ng mga sequence fragment. Sa kabaligtaran, ang scaffold ay isang bahagi ng genomic sequence na na-reconstruct sa pamamagitan ng pag-chaining contigs nang magkasama. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng contig at scaffold. Bukod dito, ang mga contig ay walang mga puwang habang ang mga contig sa isang scaffold ay pinaghihiwalay ng mga puwang.
Sa ibaba ng infographic ay nag-tabulate ng higit pang pagkakaiba sa pagitan ng contig at scaffold.
Buod – Contig vs Scaffold
Ang parehong contig at scaffold ay muling itinayong mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide sa mga proyektong whole-genome sequencing. Ang Contig ay isang tuluy-tuloy na kahabaan ng genomic sequence na naglalaman ng A, C, G at T na mga base na walang mga puwang. Ang scaffold ay isang genomic sequence na binubuo ng contigs at gaps. Samakatuwid, ang pinakamaikling bahagi ng pagpupulong ay contigs habang ang mga scaffold ay mga assemblage ng contigs. Sa wakas, ang mga scaffold ay binuo sa mga chromosome sa buong-genome sequencing. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng contig at scaffold.
