Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at ddNTP ay ang dNTP o deoxyribonucleotides ay ang mga bloke ng pagbuo ng DNA at mayroong 3ʹ-OH group sa pentose sugar structure habang ang ddNTP o dideoxynucleoside triphosphates ay mga nucleotide na kulang sa 3ʹ-OH group at sila ay ginagamit sa Sanger dideoxy DNA sequencing technique para makagawa ng iba't ibang haba ng DNA sequence.
Ang dNTP at ddNTP ay mga nucleotide. Ang dNTP ay tumutukoy sa mga deoxyribose nucleotides. Sila ang mga bloke ng pagbuo ng DNA. Ang mga dNTP ay ginagamit upang synthesize ang DNA. Ang dNTP, sa kabilang banda, ay tumutukoy sa dideoxynucleoside triphosphates. Ginagamit ang mga ito sa Sanger sequencing upang wakasan ang synthesis ng DNA sa iba't ibang haba. Wala silang OH group sa 3ʹ na posisyon. Ang isang hydrogen ay nasa posisyong 3ʹ sa halip na pangkat ng OH. Samakatuwid, ang mga ddNTP ay hindi makabuo ng isang phosphodiester bond sa susunod na nucleotide. Ang dNTP ay may kakayahang magsagawa ng synthesis ng DNA, habang ang ddNTP ay may kakayahang wakasan ang polymerization ng DNA.
Ano ang dNTP?
Ang dNTP ay nangangahulugang deoxyribose nucleotide o deoxyribonucleotide. Ito ang building block ng DNA. Mayroong apat na uri ng dNTP. Ang mga ito ay dATP, dTTP, dCTP at dGTP. Pinangalanan ang mga ito ayon sa purine o pyrimidine nitrogenous base: Adenine (A), Guanine (G), Thymine (T) at Cytosine (C).
Figure 01: dNTP
Ang Adenine at guanine ay purine base habang ang thymine at cytosine ay pyrimidine base. Ang pentose sugar ng dNTP ay deoxyribose. Mayroon ding pangkat ng pospeyt. Samakatuwid, ang dNTP ay binubuo ng tatlong bahagi: isang nitrogenous base, deoxyribose sugar at isang phosphate group. Ang mga dNTP na ito ay pinagsama sa isa't isa sa pamamagitan ng mga phosphodiester bond. Sa dNTPs, mayroong isang pangkat ng OH na nakakabit sa posisyon 3ʹ ng pentose sugar na kinakailangan upang bumuo ng isang link sa grupong pospeyt na nakakabit sa 5ʹ carbon ng asukal ng susunod na nucleotide. Dahil ang lahat ng dNTP ay may ganitong pangkat na 3ʹ -OH, kaya nilang mag-synthesize at magpahaba ng mga hibla ng DNA. Samakatuwid, ang dNTP ay gumaganap bilang pangunahing paulit-ulit na yunit ng DNA at kemikal na bagay ng mga gene. Ang synthesis ng DNA ay palaging nagpapatuloy mula 5ʹ hanggang 3ʹ.
Ano ang DdNTP?
Ang Sanger sequencing ay isang unang henerasyong paraan ng DNA sequencing na binuo ni Frederick Sanger at ng kanyang mga kolehiyo noong 1977. Kilala rin ito bilang Chain Termination Sequencing o Dideoxy sequencing dahil ang pangunahing prinsipyo ng pamamaraang ito ay ang chain termination gamit ang dideoxynucleoside triphosphates (mga ddNTP). Ang mga ddNTP ay mga nucleotide na ginagamit sa pagkakasunud-sunod ng Sanger. Ang pagkakasunud-sunod ng Sanger ay batay sa piling pagsasama ng mga ddNTP at pagwawakas ng synthesis ng DNA sa panahon ng in vitro DNA replication. Ang espesyalidad ng mga ddNTP ay kulang sila ng 3ʹ-OH na grupo sa pentose sugar upang ipagpatuloy ang pagbuo ng phosphodiester bond sa pagitan ng phosphate group ng 5ʹ sa katabing nucleotide. Samakatuwid, kapag ang isang ddNTP ay nakakabit sa pagpapalawak ng strand, ang pagpapahaba ng chain ay titigil at nagtatapos mula sa puntong iyon. Ang mga ddNTP ay nagsisilbing chain-elongating inhibitors ng DNA polymerase sa panahon ng Sanger sequencing method.
Figure 02: ddNTP
May apat na ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP at ddTTP na ginagamit sa Sanger sequencing. Ang mga nucleotide na ito ay humihinto sa proseso ng pagtitiklop ng DNA kapag sila ay isinama sa lumalaking strand ng DNA. Bilang resulta, ang Sanger sequencing ay gumagawa ng iba't ibang haba ng maikling DNA. Ang capillary gel electrophoresis ay ginagamit upang ayusin ang mga maikling DNA strand na ito ayon sa kanilang mga sukat sa isang gel. Ang mga ddNTP ay radioactive o fluorescently na may label na may iba't ibang kulay para sa kadalian ng pagsusuri sa pagkakasunud-sunod ng DNA. Sa pamamagitan ng pagsusuri sa gel, matutukoy ang nucleotide sequence ng hindi kilalang DNA strand.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng dNTP at DdNTP?
- Ang dNTP at ddNTP ay ginagamit sa Sanger sequencing.
- May apat na uri ng dNTP at ddNTP.
- Binubuo ang mga ito ng tatlong bahagi: isang nitrogenous base, deoxyribose sugar at phosphate group.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at DdNTP?
Ang dNTP ay isa sa apat na uri ng deoxyribonucleotides na bumubuo ng mga bloke ng DNA. Ang ddNTP ay isa sa apat na uri ng dideoxyribonucleoside triphosphate na ginagamit sa Sanger sequencing technique. Ang dNTP ay may 3ʹ-OH na pangkat sa pentose sugar habang ang ddNTP ay walang 3ʹ-OH group sa pentose sugar. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at ddNTP. Bukod dito, ang mga dNTP ay nagsasagawa ng DNA polymerization habang tinatapos ng mga ddNTP ang DNA polymerization. Samakatuwid, ito ay isa pang malaking pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at ddNTP.
Inililista ng infographic sa ibaba ang mga pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at ddNTP sa tabular form.
Buod – dNTP vs DdNTP
Ang Normal na dNTP ay bumubuo ng mga bloke ng DNA habang ang mga ddNTP ay mga nucleotide na ginagamit sa Sanger sequencing technique. Ang dNTP ay may 3ʹ-OH habang ang ddNTP ay walang 3ʹ-OH. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng dNTP at ddNTP. Bukod dito, ang dNTP ay maaaring mag-synthesize ng isang DNA strand habang ang ddNTP ay maaaring wakasan ang DNA polymerization. Samakatuwid, ang mga ddNTP ay ginagamit sa pagkakasunud-sunod ng Sanger upang makagawa ng iba't ibang mga strand ng DNA na may iba't ibang haba. Sa panahon ng Sanger sequencing, parehong dNTP at ddNTP ay kasama.
