Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE ay ang mga LINE (mahabang interspersed nuclear elements) ay isang uri ng mas mahabang non-LTR retrotransposon habang ang SINEs (maikling interspersed nuclear elements) ay isang uri ng mas maiikling non-LTR retrotransposon.
Ang Non-LTR retrotransposon ay hindi naglalaman ng mahabang terminal repeats (LTR). Gayunpaman, naglalaman ang mga ito ng mga gene para sa reverse transcriptase, RNA binding protein, nuclease, at ribonuclease H domain. Ang mga non-LTR retrotransposon ay may maiikling pag-uulit. Ang mga pag-uulit na ito ay may baligtad na pagkakasunud-sunod ng mga base sa tabi ng bawat isa. Bukod doon, ang mga non-LTR retrotransposon ay mayroon ding direktang pag-uulit na makikita sa mga LRT transposon. Ang mga non-LTR retrotransposon ay nahahati sa dalawang kategorya bilang mga LINE at SINE.
Ano ang mga LINE?
Ang LINEs (long interspersed nuclear elements) ay mas mahahabang non-LTR retrotransposon. Ang mga ito ay laganap sa mga genome ng eukaryotes. Karaniwan silang bumubuo ng 21.1% ng genome ng tao. Ang bawat LINE ay humigit-kumulang 7000 base pairs ang haba. Ang mga LINE ay maaaring mag-transcribe sa mRNA at magsalin sa isang protina na maaaring gumana bilang isang reverse transcriptase enzyme. Ang reverse transcriptase na ito ay gumagawa ng mga kopya ng DNA ng LINEs RNA. Ang mga kopya ng DNA na ito ay maaaring isama sa genome sa isang bagong site.
Figure 01: LINEs and SINEs
Ang genome ng tao ay mayroon lamang isang masaganang LINE na tinatawag na LINE-1. Ang LINE-1 na elemento ay humigit-kumulang 6000 base pairs ang haba. Mayroong humigit-kumulang 100, 000 pinutol na elemento ng LINE-1 sa genome ng tao. Maaaring mangyari ang random mutation sa mga LINE. Dahil sa mga random na mutasyon, ang mga LINE ay maaaring bumagsak. Hindi na sila isinasalin o isinalin. Higit pa rito, ang mga LINE ay pinagsama-sama sa limang pangunahing grupo tulad ng L1, RTE, R2, I at jockey. Ang limang pangkat na ito ay higit pang nahahati sa isa pang 28 clade.
Ang mga LINE ay karaniwang pinapalaganap sa pamamagitan ng mekanismong tinatawag na target primed reverse transcription mechanism (TPRT). Ang paglalagay ng mga LINE ay nagdudulot ng mga sakit ng tao tulad ng haemophilia A, cancer, mga sakit sa mendelian, atbp. Ang hypomethylation ng mga LINE ay nagti-trigger din ng ilang uri ng cancer.
Ano ang SINE?
Ang SINE (maikling interspersed nuclear elements) ay isang uri ng mas maiikling non-LTR retrotransposon. Ang mga ito ay humigit-kumulang 100 hanggang 700 base pairs ang haba. Ang mga SINE ay mga elemento din ng DNA na nagpapalaki ng kanilang mga sarili sa buong eukaryotic genome sa pamamagitan ng RNA intermediates. Ang mga SINE ay bumubuo ng humigit-kumulang 13% ng mammalian genome. Ang mga panloob na rehiyon ng SINE ay nagmula sa tRNA. Ito ay nananatiling lubos na napangalagaan. Madalas silang naroroon sa maraming mga species ng vertebrates at invertebrates. Ang pagkakaiba-iba ng numero ng kopya at mga mutasyon sa SINE ay maaaring isama upang bumuo ng phylogeny-based na pag-uuri ng mga species.
Ang SINE ay maaaring pangkatin sa tatlong pangunahing uri: CORE-SINE, V-SINE, at AmnSINE. Ang elemento ng Alu ay ang pinakakaraniwang SINE sa mga primata. Bukod dito, mayroong higit sa 50 mga sakit ng tao na nauugnay sa pagpasok ng mga SINE. Kapag nagpasok sila sa loob o malapit sa mga exon, maaari silang magdulot ng hindi tamang pag-splice o baguhin ang reading frame. Ito ay humahantong sa mga phenotype ng sakit tulad ng breast cancer, colon cancer, leukemia, haemophilia, cystic fibrosis, colon cancer, Dent's disease, neurofibromatosis, atbp.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng mga LINE at SINE?
- LINEs at SINEay dalawang uri ng non-LTR retrotransposon.
- Parehong walang long terminal regions (LTR).
- Ang dalawa ay higit na matatagpuan lamang sa mga eukaryote.
- Pareho silang hindi autonomous.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE?
Ang LINE ay mas mahahabang non-LTR retrotransposon, habang ang SINE ay mas maikli na non-LTR retrotransposon. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE. Higit pa rito, ang LINES code para sa reverse transcriptase enzyme, habang ang SINE ay hindi nagko-code para sa reverse transcriptase enzyme. Kaya, ito ay isa pang pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE.
Higit pang mga pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE ay nakalista sa ibaba sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – LINEs vs SINEs
Ang Retrotransposon ay pangunahing matatagpuan sa lahat ng eukaryote ngunit wala sa mga prokaryote. Tinatayang, 37% ng genome ng tao ay naglalaman ng mga retrotransposon. Ang mga retrotransposon ay pangunahing dalawang uri: LTR at Non-LTR retrotransposon. Ang mga non-LTR retrotransposon ay hindi naglalaman ng mahabang terminal repeats (LTR), na nasa LTR retrotransposon. Ang mga non-LTR retrotransposon ay higit pang nahahati sa dalawang kategorya: LINE at SINE. Ang mga LINE ay mas mahahabang non-LTR retrotransposon, habang ang SINE ay mas maikli na hindi LTR retrotransposon. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng mga LINE at SINE.
