Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng LTR at non-LTR retrotransposon ay ang LTR retrotransposon ay isang uri ng retrotransposon na may mahabang terminal repeats sa kanilang structure, habang ang non-LTR retrotransposon ay isang uri ng retrotransposon na walang mahabang terminal repeats. sa kanilang istraktura.
Ang Retrotransposon (class I transposable elements o transposon sa pamamagitan ng RNA intermediates) ay isang uri ng genetic component na maaaring kopyahin at i-paste ang kanilang mga sarili sa iba't ibang genomic na lokasyon. Ginagawa nila ito sa pamamagitan ng pag-convert ng RNA pabalik sa DNA sa pamamagitan ng isang proseso na tinatawag na reverse transcription gamit ang isang RNA transposition intermediate. Mayroong dalawang pangunahing uri ng retrotransposon bilang LTR at non-LTR retrotransposon
Ano ang LTR Retrotransposon?
Ang LTR retrotransposon ay isang uri ng mga retrotransposon na may mahabang terminal na umuulit sa kanilang istraktura. Mahabang hibla ng paulit-ulit na DNA ay matatagpuan sa bawat dulo ng isang LTR retrotransposon. Ang mga ito ay kilala bilang long terminal repeats (LTR). Ang bawat LTR ay ilang daang base pairs ang haba. Ang mga LTR retrotransposon ay karaniwang higit sa 5 kilobases ang haba. Bukod dito, sa pagitan ng mahabang pag-uulit ng terminal, may mga gene na maaaring ma-transcribe na katumbas ng retrovirus genes gag at pol. Nag-o-overlap ang mga gene na ito upang mag-encode ang mga ito ng protease na karaniwang nagpoproseso ng nagreresultang transcript sa mga functional na produkto ng gene.
Figure 01: LTR Retrotransposon
Gag gene ng mga retrotransposon ay gumagawa ng isang produkto na nag-uugnay sa iba pang mga retrotransposon na transcript upang bumuo ng mga particle na parang virus. Gumagawa ang Pol gene ng mga produkto na kinabibilangan ng mga enzyme gaya ng reverse transcriptase, integrase, at ribonuclease H na mga domain. Ang reverse transcriptase enzyme ay nagsasagawa ng reverse transcription ng retrotransposon DNA. Ang Integrase enzyme ay nagsasama ng retrotransposon DNA sa eukaryotic genome DNA. Ang mga domain ng Ribonuclease H ay nakakatulong sa pagtanggal ng mga phosphodiester bond sa pagitan ng mga RNA intermediate. Ang mga LTR retrotransposon ay nag-encode din ng mga transcript na may mga tRNA binding site upang madali silang sumailalim sa reverse transcription. Higit pa rito, dahil naglalaman ang retrotransposon ng impormasyon ng eukaryotic genome, maaari itong magpasok ng mga kopya ng sarili nito sa iba pang mga genomic na lokasyon sa loob ng isang eukaryotic cell.
Ano ang Non-LTR Retrotransposon?
Ang Non-LTR retrotransposon ay isang uri ng retrotransposon na walang mahabang terminal repeats sa kanilang istraktura. Tulad ng LTR retrotransposon, ang non-LTR retrotransposon ay naglalaman din ng mga gene para sa reverse transcriptase, RNA binding protein, nuclease, at minsan ribonuclease H na mga domain. Ngunit kulang sila sa mahabang pag-uulit ng terminal; sa halip, mayroon silang maiikling pag-uulit na maaaring magkaroon ng baligtad na pagkakasunud-sunod ng mga base sa tabi ng bawat isa. Ang RNA binding proteins ay nagbubuklod sa RNA transposition intermediate, at ang mga nucleases ay pumuputol sa mga phosphodiester bond sa pagitan ng mga nucleotide sa mga nucleic acid.
Figure 02: LTR at Non-LTR Retrotransposon
Bagaman ang mga ito ay mga retrotransposon, hindi sila maaaring magsagawa ng reverse transcription gamit ang isang RNA intermediate sa parehong paraan tulad ng mga LTR retrotransposon. Ito ay dahil ang mga non-LTR retrotransposon ay hindi naglalaman ng mga sequence na nagbubuklod sa tRNA. Samakatuwid, ang isang non-LTR retrotransposon na na-transcribe sa mRNA at isinalin sa mga protina ay kumikilos bilang reverse transcriptase. Gumagawa ang reverse transcriptase ng kopya ng DNA ng RNA ng non-LTR retrotransposon na maaaring isama sa genome sa isang bagong site. Higit pa rito, ang mga non-LTR retrotransposon ay nahahati sa dalawang uri: LINEs (long interspersed nuclear elements) at SINEs (maikling interspersed nuclear elements).
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng LTR at Non-LTR Retrotransposon?
- LTR at non-LTR retrotransposon ang dalawang pangunahing uri ng retrotransposon.
- Ang parehong uri ay naglalaman ng mga gene para sa mga enzyme gaya ng reverse transcriptase, RNA binding protein, nuclease, at ribonuclease H na mga domain.
- Matatagpuan ang mga ito sa genome ng tao.
- Ang parehong uri ay mahalaga sa ebolusyon.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng LTR at Non-LTR Retrotransposon?
Ang LTR retrotransposon ay may mahabang terminal repeats sa kanilang structure, habang ang non-LTR retrotransposon ay walang mahabang terminal repeats sa kanilang structure. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng LTR at non-LTR retrotransposon. Higit pa rito, ang mga LTR retrotransposon ay may mahabang direktang pag-uulit na isa lamang pagkakasunod-sunod ng mga base na umuulit sa kanilang mga sarili. Sa kabilang banda, ang mga non-LTR retrotransposon ay may maiikling pag-uulit na maaaring magkaroon ng baligtad na pagkakasunud-sunod ng mga base sa tabi ng bawat isa.
Ang infographic sa ibaba ay nagpapakita ng mga pagkakaiba sa pagitan ng LTR at non-LTR retrotransposon sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – LTR vs Non-LTR Retrotransposon
Ang LTR at non-LTR retrotransposon ay ang dalawang pangunahing uri ng retrotransposon. Ang mga LTR retrotransposon ay may mahabang terminal repeats sa kanilang structure, habang ang non-LTR retrotransposon ay walang mahabang terminal repeats sa kanilang structure. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng LTR at non-LTR retrotransposon.
