Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng polysome profiling at ribosome profiling ay ang polysome profiling ay sinusuri ang ribosome behavior gamit ang parehong ribosome at mRNA (polysome) habang nagsasalin, habang ang ribosome profiling ay sinusuri ang ribosome na pag-uugali gamit lamang ang mRNA sequence habang nagsasalin.
Ang Translation ay ang pangalawang yugto ng synthesis ng protina na nagko-convert ng impormasyon sa mRNA sa isang amino acid sequence. Ang Translatomics ay isang pag-aaral ng mga ORF (open reading frames) na aktibong isinasalin sa isang cell ng isang organismo. Ang polysome at ribosome profiling techniques ay dalawang uri ng technique sa larangan ng molecular biology para masuri at maghinuha ng iba't ibang parameter sa konteksto ng pagsusuri sa translatome.
Ano ang Polysome Profiling?
Ang Polysome profiling ay isang pamamaraan na naghihinuha sa status ng pagsasalin ng isang partikular na mRNA sa pamamagitan ng pagsusuri sa gawi ng parehong ribosome at mRNA (polysome). Sa madaling salita, ang pamamaraan na ito ay nagbibigay ng data at mga konklusyon sa samahan ng mga mRNA na may mga ribosom. Ang polysome ay tumutukoy sa grupo ng mga ribosome na nakagapos sa isang mRNA na naroroon sa yugto ng pagpahaba ng pagsasalin.
Figure 01: Polysome Profiling
Ang Polysome profiling ay nangangailangan ng cell lysate, na pagkatapos ay isine-centrifuge. Ang centrifuged sample ay pagkatapos ay pinaghihiwalay batay sa kanilang mga densidad upang makilala ang maliit at malalaking subunits ng ribosomes at ang kaukulang mRNA na kasangkot sa pagbuo ng polysome. Higit pa rito, ang proseso ay nagsasangkot din ng pagsukat ng optical density. Kinakailangan ng mga eksperto na magsagawa ng polysome profiling.
Ang Polysome profiling technique ay isang mahalagang tool para sa maraming aplikasyon. Ginagamit ng mga siyentipiko ang pamamaraang ito upang pag-aralan ang antas ng pagsasalin sa mga selula. Higit na partikular, ito ay isang tool upang magbigay ng tumpak na impormasyon sa pag-aaral ng mga indibidwal na protina at ang kanilang mga partikular na mRNA. Sa konteksto ng pag-aaral sa antas ng pagsasalin ng isang partikular na mRNA, ang polysome profiling technique ay mahalaga. Dito, ang 3' at 5' na mga sequence ng isang mRNA ay maaaring maimbestigahan na may kaugnayan sa mga epekto ng mga ito sa dami ng mRNA na ginawa at sa antas ng pagsasalin.
Ano ang Ribosome Profiling?
Ang Ribosome profiling ay isang pamamaraan na sinusuri ang gawi ng ribosome kaugnay ng mRNA nito sa panahon ng pagsasalin. Ang pamamaraan na ito ay natagpuan at binuo nina Joan Steitz at Marilyn Kozak. Nang maglaon, ang teknolohiyang ito ay higit pang binuo ng dalawang siyentipiko, sina Nicholas at Jonathan, kasama ang susunod na henerasyong pagkakasunud-sunod, na humantong sa pagbuo ng iba't ibang kaugnay na mga diskarte tulad ng Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) methodology.
Figure 02: Ribosome Sequencing
Ang pamamaraan ng ribosome profiling ay kinabibilangan ng paghihiwalay sa mRNA, pag-alis ng RNA na hindi nakatali sa mga ribosome, at paghihiwalay sa mRNA na nakagapos sa mga ribosome. Kasunod ng pamamaraang ito, ang mRNA isolate ay reverse transcribe, at ang cDNA synthesis ay nagaganap. Sa wakas, ang data ng sequence ay maaaring ihanay sa translational profile upang matukoy ang mga katangian ng ribosome na gawi na may kinalaman sa mRNA.
Ang Ribosome profiling ay nakakatulong sa maraming mananaliksik na matukoy at mahinuha ang lokasyon ng mga panimulang site ng pagsasalin, ang pandagdag ng mga isinalin na open reading frame (ORF) sa isang cell o tissue, ang pamamahagi ng mga ribosome sa mRNA, at ang rate ng nagsasalin ng mga ribosom. Ang ribosome profiling ay kilala rin bilang ribosome footprinting o Ribo Seq.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa pagitan ng Polysome Profiling at Ribosome Profiling?
- Ang polysome at ribosome profiling ay mga molecular biological technique na mahalaga sa pananaliksik.
- Nagbibigay sila ng impormasyon sa proseso ng pagsasalin.
- Ang parehong proseso ng pag-profile ay nagbibigay ng data sa pamamagitan ng pagsusuri ng translatome.
- Kailangan ang mga propesyonal na eksperto upang maisagawa ang parehong mga diskarte para sa mga tumpak na resulta.
- Ang mga tool sa bioinformatics ay may mahalagang papel sa parehong mga diskarte.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Polysome Profiling at Ribosome Profiling?
Sinusuri ng Polysome profiling ang ribosome behavior gamit ang parehong ribosome at mRNA (polysome) habang nagsasalin, habang sinusuri ng ribosome profiling ang ribosome behavior gamit lang ang mRNA sequence habang nagsasalin. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng polysome profiling at ribosome profiling. Bukod dito, ang polysome profiling ay nagsasangkot ng mga pamamaraan tulad ng density gradient centrifugation at optical density measurements, habang ang ribosome profiling ay nagsasangkot ng mRNA extraction at sequencing techniques. Gayundin, ang ribosome profiling ay mas tumpak kaysa polysome profiling.
Ang infographic sa ibaba ay nagpapakita ng mga pagkakaiba sa pagitan ng polysome at ribosome profiling sa tabular form para sa magkatabi na paghahambing.
Buod – Polysome Profiling vs Ribosome Profiling
Ang Translation ay ang pangalawang yugto ng synthesis ng protina na kinabibilangan ng pag-convert ng impormasyon sa sequence ng mRNA sa isang amino acid sequence. Ang prosesong ito ay nangangailangan ng mRNA template, ribosomes, amino acids, tRNA, at iba pang salik. Ang polysome at ribosome profiling ay dalawang molecular technique. Sinusuri ng polysome profiling ang ribosome behavior gamit ang parehong ribosome at mRNA (polysome) habang nagsasalin, habang sinusuri ng ribosome profiling ang ribosome behavior gamit lamang ang mRNA sequence sa panahon ng pagsasalin. Ang polysome profiling ay kinabibilangan ng mga diskarte tulad ng density gradient centrifugation at optical density measurements. Ang ribosome profiling ay kinabibilangan ng mga pamamaraan tulad ng mRNA extraction, cDNA synthesis, at sequencing. Kaya, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng polysome profiling at ribosome profiling.
