shRNA vs siRNA
Sa panahon ng proseso ng RNA interference (RNAi), ang pagpapahayag ng isang target na gene ay ibinabagsak nang may mataas na specificity at selectivity. Ang RNAi ay isang natural na proseso, at kinabibilangan ito ng maliit na nakakasagabal na RNA (siRNA) at maikling hairpin RNA (shRNA) at bi-functional na shRNA. Sa kasalukuyan, ang RNAi ay malawakang ginagamit bilang isang tool para sa personalized na therapy sa kanser. Ang mga aplikasyon ng RNAi ay karaniwang ginagawa gamit ang chemically synthesized double-stranded siRNA at vector based shRNA molecules. Bagama't ang dalawang molekulang ito ay may magkatulad na pagganap na kinalabasan, magkaiba sila sa kanilang istraktura; kaya, ang mga molekular na mekanismo ng pagkilos, ang RNA pathways, at mga di-target na epekto ng dalawang molekulang ito ay magkakaiba din.
shRNA
Ang shRNA ay isang sequence ng maliit na RNA molecule na gumagawa ng mahigpit na pagliko ng hairpin na maaaring magamit upang patahimikin ang isang target na expression ng gene sa panahon ng RNAi. Ang pagpapahayag ng shRNA ay nakakamit sa pamamagitan ng isang vector, na maaaring alinman sa isang virus o isang bacterium o sa pamamagitan ng paghahatid ng mga plasmid. Ang mga ito ay synthesize sa nucleus ng mga cell at dinadala sa cytoplasm para sa karagdagang mga proseso. Ang mga molekulang ito ay may katulad na mga landas ng pagkahinog ng miRNA; kaya ang synthesis ng miRNA ay nagbigay ng batayan para sa pag-unawa sa shRNA synthesis. Alinman sa RNA polymerase II o III ay maaaring mag-transcribe ng shRNA sa pamamagitan ng RNA polymerase II o III promoters. Ang bentahe ng paggamit ng mga shRNA ay mayroon silang medyo mababang rate ng pagkasira at paglilipat. Ang kawalan ay kailangan nito ng expression vector, na maaaring magdulot ng ilang isyu sa kaligtasan.
siRNA
Ang siRNAs ay double stranded RNA molecules na binubuo ng 20- 25 base pairs ang haba. Ginagamit ang mga ito para sa pagsugpo sa gene sa pamamagitan ng pag-silencing ng anumang gene na may pantulong na pagkakasunud-sunod ng nucleotide sa RNAi pathway. Ang pagbagsak ng gene sa pamamagitan ng paglipat ng siRNA ay kadalasang hindi matagumpay dahil sa lumilipas na epekto; lalo na sa mabilis na paghahati ng mga selula at ang pagsugpo ay hindi magtatagal. Upang malampasan ang isyung ito, ang siRNA ay binago sa pamamagitan ng pagpapakilala ng isang maikling istraktura ng hairpin. Ang binagong molekula na ito ay kilala noon bilang shRNA. Ang shRNA ay dapat i-convert sa siRNA ng isang Dicer upang maipagpatuloy ang normal na paggana nito.
Ano ang pagkakaiba ng shRNA at siRNA?
• Hindi tulad ng siRNA, ang shRNA ay may dagdag na istraktura ng hairpin. Ang shRNA ay isang binagong bersyon ng siRNA.
• Ang shRNA ay nangangailangan ng expression vector, samantalang ang siRNA ay hindi.
• Maaaring gamitin ang shRNA para sa pangmatagalang knockdown habang ang siRNA ay magagamit lamang para sa panandaliang knockdown ng mga gene.
• Hindi tulad ng pagsugpo sa gene ng siRNA, ang pagsugpo sa shRNA ay tumatagal ng mahabang panahon, at kung ito ay ipinasok sa pamamagitan ng naaangkop na viral vector, maaari itong magdulot ng permanenteng mga epekto sa pagpapatahimik ng gene.
• Kinakailangang i-convert ng dicer ang shRNA pabalik sa molekula ng siRNA upang maisagawa ang mga normal nitong function.
