Mahalagang Pagkakaiba – Bacterial Transposases vs Retroviral Integrases
Ang transportable genetic material ay umunlad na may dalawang pangunahing estratehiya upang lumipat mula sa isang rehiyon patungo sa susunod na rehiyon sa loob at pagitan ng mga genome. Ang isang paraan ay ang paglipat sa pamamagitan ng isang molekula ng RNA bago ang pagbuo ng isang molekula ng DNA habang ang isa pang landas ay nagsasangkot ng mga intermediate ng DNA. Ang mga transposases at viral integrases ay mga halimbawa ng naturang transposable genetic material. Ang mga bacterial transposases ay nagbubuklod sa dulo ng mga transposon at pinapadali ang catalysis ng paggalaw ng transposon sa ibang bahagi ng genome sa pamamagitan ng iba't ibang mga mekanismo. Ang retroviral integrases ay mga enzyme na tumutulong sa pagsasama ng genetic material ng retrovirus gaya ng HIV sa genetic material (DNA) ng host cell na nahawahan nito. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng bacterial transposases at retroviral integrases.
Ano ang Bacterial Transposases?
Ang Transposase ay maaaring tukuyin bilang isang enzyme na nakagapos sa dulo ng mga transposon na nagpapadali sa catalysis ng paggalaw ng transposon sa ibang bahagi ng genome sa pamamagitan ng iba't ibang mekanismo. Kasama sa mga naturang mekanismo ang 'cut and paste mechanism' at 'replicative transposition mechanism'. Ang Transposase ay unang ipinakilala sa pamamagitan ng pag-clone ng enzyme na kinakailangan para sa transposisyon ng Tn3 transposon. Dalawang mahalagang estratehiya ang ginamit ng mga transposable genetic na elemento para sa paglilipat sa pagitan ng mga genome o mula sa isang site patungo sa isa pa. Ang transportasyon sa pamamagitan ng isang intermediate ng RNA bago ang synthesis ng isang kopya ng DNA ay isang diskarte habang ang isa ay nakatali sa mga intermediate ng DNA lamang. Ang mga reaksyon ng recombination na kasangkot sa pagsasama ng parehong mga elemento ay nagaganap dahil sa mga enzyme na partikular sa elemento. Kaya, sa isang halimbawa ng mga elemento ng DNA, ang mga enzyme na ito ay kilala bilang mga transposases habang sa isang halimbawa ng mga elemento ng RNA, sila ay kilala bilang mga integrase.
Kapag inihambing ang mga pagkakaiba sa pagitan ng parehong mga diskarte sa transposisyon, ang proseso ng pagpasok ay lumilitaw na magkapareho sa kemikal. Ngunit, ang kamakailang ebidensya ay nagmumungkahi na ang ilang mga pagkakatulad sa mekanismo ng pagsasama ay nakikita sa mga rehiyon ng mga pagkakasunud-sunod ng amino acid na bumubuo ng isang aktibong site; ang motif ng DDE. Limang pamilya ng mga transposase ang inuri sa kasalukuyan ngunit, ang bilang ng mga pamilya ay hindi pa dumarami sa mga bagong transposase na character. Kasama sa mga pamilya ang DDE transposase, Tyrosine (Y) transposase, Serine (S) transposase, Rolling circle transposase, Reverse transcriptases/endonucleases (RT/En) atbp. Ang mga pamilyang ito ay gumagamit ng mga natatanging catalytic na mekanismo para sa pagsira at muling pagsasama ng DNA. Ang DDE transposase ay nagsasangkot sa cut and paste na mekanismo ng orihinal na transposon at nagdadala ng tatlong set ng conserved amino acids lalo; aspartate (D), aspartate (D) at glutamate (E). Ang mga tyrosine transposases ay kasangkot din sa cut and paste na mekanismo sa pamamagitan ng paggamit ng tyrosine residue, na partikular sa site.
Figure 01: Bacterial Transposases
Ang mga serine transposases ay may kasamang intermediate ng circular DNA at isinasagawa ang cut and paste na mekanismo tulad ng nasa itaas ng mga pamilya. Ang rolling circle transposase ay kasangkot sa copy-in na mekanismo kung saan ang isang solong strand ay direktang kinopya sa target na site sa pamamagitan ng DNA replication. Tinitiyak nito na ang template strand at ang kinopyang strand ay may strand na bagong synthesize. Ang reverse transcriptases/endonucleases transposase ay may iba't ibang mekanismo para sa transposisyon.
Ano ang Retroviral Integrases?
Sa konteksto ng Retroviral Integrase, ito ay itinuturing na isang retroviral enzyme na tumutulong sa pagsasama ng genetic material ng retrovirus gaya ng HIV sa genetic material (DNA) ng cell na nahawaan. Ang mga retroviral integrases na ito ay kadalasang nalilito sa phage integrases. Ang mga halimbawa para sa phage integrases ay λ phage integrase. Ngunit ang mga ito ay ganap na magkakaibang mga enzyme at hindi dapat malito. Sa paggalang sa pagbuo ng retroviral pre-integration complex, ang retroviral integrase ay gumaganap ng isang pangunahing papel. Ang mga protina ng retroviral integrase ay karaniwang binubuo ng tatlong (03) canonical domain. Ang mga domain na ito ay konektado ng mga flexible na linker.
Ang tatlong domain ay kinabibilangan ng isang N terminal zinc-binding domain kung saan tatlong helical bundle ang konektado at nagpapatatag sa pamamagitan ng koordinasyon na may kinalaman sa isang Zn2+ cation, isang RNase H fold catalytic core domain at isang C terminal DNA binding domain, na isang SH3 fold. Sa pamamagitan ng pagsisiyasat at sa pamamagitan ng biochemical at structural na impormasyon, iminumungkahi nito na ang retroviral integrase ay may kakayahang gumana bilang isang dimer ng mga dimmer (tetramer). Sa konteksto ng multimerisation at viral DNA binding, lahat ng tatlong domain ng retroviral integrase protein. Ang pangunahing pag-andar ng retroviral integrase ay ang pagpasok ng genetic material nito sa pag-host ng DNA. Ang hakbang na ito ay ang pinakamahalagang hakbang sa viral replication ng HIV virus. Kapag matagumpay na naisama, mananatili ito sa chromosomal DNA ng cell sa buong buhay nito.
Figure 02: Retroviral Integrases
Samakatuwid, kapag naisama na, wala nang babalikan ang cell. Ang mga retroviral integrases na ito ay kasangkot sa catalyzing ng dalawang pangunahing reaksyon kabilang ang 3' end processing at covalent ligation. Sa panahon ng 3' end processing, 2-3 nucleotides mula sa magkabilang 3' dulo ng viral DNA ay inalis na may layuning ipakita ang CA dinucleotides ng 3' dulo ng viral DNA, at sa panahon ng covalent ligation, ang naprosesong 3' dulo ng Ang viral DNA ay pinagsama-samang covalent sa host chromosomal DNA.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng Bacterial Transposases at Retroviral Integrases?
Ang mga Bacterial Transposases at Retroviral Integrases ay may magkatulad na pagkakasunud-sunod ng amino acid
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Bacterial Transposases at Retroviral Integrases?
Bacterial Transposases vs Retroviral Integrases |
|
| Ang Bacterial Transposase ay isang enzyme na nakagapos sa dulo ng mga transposon habang pinapadali ang catalysis ng paggalaw ng transposon sa ibang bahagi ng genome sa pamamagitan ng iba't ibang mekanismo. | Itinuturing ang Retroviral Integrases bilang isang retroviral enzyme na tumutulong sa pagsasama ng genetic material ng retrovirus gaya ng HIV sa genetic material (DNA) ng cell na nahawaan. |
| Mga Nagbubuklod na Rehiyon | |
| Mataas na partikular na nagbubuklod na rehiyon ay kailangan para sa Bacterial Transposases. | Makaunti o walang nucleotide sequence na kailangan para sa pagbubuklod. |
Buod – Bacterial Transposases vs Retroviral Integrases
Ang mga bacterial transposases ay itinuturing bilang isang retroviral enzyme na tumutulong sa pagsasama ng genetic material ng retrovirus gaya ng HIV sa genetic material (DNA) ng cell na nahawaan. Dalawang mahalagang estratehiya ang ginamit ng mga transposable genetic na elemento para sa paglilipat sa pagitan ng mga genome o mula sa isang site patungo sa isa pa. Limang pamilya ng mga transposase ang inuri sa kasalukuyan ngunit, ang bilang ng mga pamilya ay hindi pa dumarami sa mga bagong transposase na character. Retroviral Integrase, ito ay itinuturing na isang retroviral enzyme na tumutulong sa pagsasama ng genetic material ng retrovirus gaya ng HIV sa genetic material (DNA) ng cell na nahawahan. Ang mga protina ng retroviral integrase ay karaniwang binubuo ng tatlong (03) canonical domain. Ang pangunahing pag-andar ng retroviral integrase ay ang pagpasok ng genetic material nito sa pag-host ng DNA. Ang hakbang na ito ay ang pinakamahalagang hakbang sa viral replication ng HIV virus. Samakatuwid, sa sandaling isinama walang bumalik para sa cell. Ito ang pagkakaiba sa pagitan ng Bacterial transposases at Retroviral Integrase.
I-download ang PDF ng Bacterial Transposases vs Retroviral Integrases
Maaari mong i-download ang PDF na bersyon ng artikulong ito at gamitin ito para sa offline na layunin ayon sa tala ng pagsipi. Mangyaring i-download ang bersyon ng PDF dito: Pagkakaiba sa pagitan ng Bacterial Transposases at Retroviral Integrases
