Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng genomic DNA at plasmid DNA isolation ay ang genomic DNA isolation ay nagta-target sa pagkuha ng genomic DNA habang ang plasmid DNA isolation ay nagta-target sa pagkuha ng plasmid DNA ng bacteria.
Ang DNA isolation ay isang kemikal na proseso na ginamit upang ihiwalay ang DNA mula sa iba't ibang species o mula sa iba't ibang sample. Ang paghihiwalay ng DNA ay mahalaga sa downstream na molecular biology techniques, tulad ng gel electrophoresis, polymerase chain reaction at DNA sequencing techniques. Samakatuwid, ang paghihiwalay ng DNA ay isang mahalagang proseso ng kemikal sa molekular na biological na pag-aaral. Batay sa layunin ng pananaliksik, kung minsan ay kinakailangan na ihiwalay ang genomic DNA. Bilang karagdagan, ang ilang mga pag-aaral ay nakatuon sa paghihiwalay ng plasmid DNA mula sa bakterya. Ang genomic DNA isolation ay ang proseso ng paghihiwalay ng genomic DNA mula sa isang prokaryotic o isang eukaryotic sample. Ang mga hakbang ng paghihiwalay ay naiiba ayon sa uri ng cell kung saan ang DNA ay naghihiwalay. Ang plasmid DNA isolation ay ang proseso ng paghihiwalay ng plasmid DNA mula sa isang bacterial cell. Kung ihahambing sa genomic DNA isolation, ang kabuuang proseso ay kumplikado sa plasmid DNA isolation.
Ano ang Genomic DNA Isolation?
Ang Genomic DNA isolation ay ang proseso ng pagkuha ng buong genomic DNA ng isang organismo. Ang partikular na prosesong ito ay nagsasangkot ng tatlong pangunahing kaganapan. Ang mga ito ay, cell lysis o nuclear lysis, pagkasira ng protina o proteolysis at precipitation ng genomic DNA. Maaaring mag-iba ang hakbang ng lysis ayon sa uri ng cell. Sa prokaryotes, dahil mayroong isang peptidoglycan cell wall, ang unang hakbang ay dapat na ang pagkasira ng cell wall. Sa kabilang banda, sa mga eukaryotes, ang hakbang ng lysis ay nagsasangkot ng pagkasira ng lamad ng plasma at ng lamad ng nukleyar upang ilabas ang DNA sa labas. Sa kabaligtaran, ang mga espesyal na hakbang ay mahalaga upang ma-lyse ang mga pader ng halaman at fungal cell.
Figure 01: Genomic DNA Isolation
Dahil dito, kapag nakumpleto na ang lysis step, sa kalaunan ay darating ang DNA sa supernatant. Kasabay nito, ang pagkasira ng protina ay nagaganap din sa solusyon dahil sa pagdaragdag ng proteinase K. Ang susunod na hakbang ay ang paghiwalayin ang genomic DNA at mga degraded na protina sa isa't isa. Samakatuwid, ang mga degraded na protina ay naghihiwalay sa pamamagitan ng pag-ulan na nagpapahintulot sa genomic DNA na manatili sa supernatant. Pagkatapos ng pag-ulan ng mga protina, ang genomic DNA ay maaaring ma-precipitate at muling masuspinde sa isang angkop na buffer hanggang sa kailanganin nito para sa eksperimento.
Genomic DNA, na linear DNA ay naglalaman ng lahat ng genetic na impormasyon ng isang organismo. Sa madaling salita, ang genome ay ang heredity material ng isang buhay na organismo na responsable para sa lahat ng istruktura at functional na aktibidad ng cell. Binubuo ito ng parehong coding at non-coding DNA sequence. Kapag nagbukod ng genomic DNA, kasama rito ang buong genome ng organismo.
Ano ang Plasmid DNA Isolation?
Ang Plasmid DNA isolation ay isang espesyal at mas kumplikadong proseso ng DNA isolation. Ang mga plasmid ay extrachromosomal DNA na nasa karamihan ng mga bacterial cell. Ang mga ito ay natutulog na pabilog na DNA na sumusuporta sa bakterya upang mabuhay sa malupit na mga kondisyon sa kapaligiran. Binubuo ang plasmid DNA ng mga espesyal na lumalaban na gene na nagbibigay ng karagdagang mga pakinabang sa bacteria tulad ng antibiotic resistance, virulence properties at toxic properties.
Figure 02: Plasmid DNA Isolation
Plasmid DNA isolation ay nagsasangkot din ng tatlong pangunahing proseso; cell lysis, proteinolysis at DNA precipitation. Kahit na ang biochemical na mekanismo ng paghihiwalay ay katulad ng sa genomic DNA paghihiwalay, ang proseso ay mas kumplikado kaysa dito. Ang proseso ng cell lysis ay ang pinakamahalagang proseso sa pamamaraang ito. Pinakamahalaga, ang genomic DNA at plasmid DNA ay hindi dapat ihalo sa isa't isa. Samakatuwid, ang isang mas banayad na proseso ng lysis ay isinasama sa pamamaraan ng paghihiwalay ng plasmid DNA. Samakatuwid, sa karamihan ng mga pamamaraan ng paghihiwalay ng plasmid DNA ay gumagamit ng detergent; sodium dodecyl sulfate para sa cell lysis.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa pagitan ng Genomic DNA at Plasmid DNA Isolation?
- Genomic DNA at Plasmid DNA isolation ay nakatuon sa pagkuha ng DNA ng isang organismo.
- Gayundin, parehong sumusunod sa parehong pangkalahatang proseso na kinabibilangan ng cell lysis, pagkasira ng protina at pag-ulan ng DNA.
- Higit pa rito, ang nagreresultang DNA ng parehong proseso ay mahalaga para sa mga downstream na proseso.
- Higit pa rito, ang parehong proseso ng paghihiwalay ay kinabibilangan ng mga hakbang upang linisin at iimbak ang DNA sa ilalim ng mga tinukoy na kondisyon ng imbakan.
- Bukod dito, ginagamit ang proteinase K sa parehong mga paraan upang pababain ang mga protina.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng Genomic DNA at Plasmid DNA Isolation?
Genomic DNA isolation ay nakatuon sa pag-extract ng buong genomic DNA ng target na organismo habang ang plasmid DNA isolation ay nakatuon lamang sa paghihiwalay ng plasmid DNA mula sa partikular na bacterial species. Samakatuwid, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng genomic DNA at paghihiwalay ng plasmid DNA. Bukod dito, ang isa pang pagkakaiba sa pagitan ng genomic DNA at paghihiwalay ng plasmid DNA ay nasa pamamaraan. Ang genomic DNA isolation ay isang hindi gaanong kumplikadong pamamaraan kumpara sa plasmid DNA isolation. Samakatuwid, kapag naghihiwalay ng plasmid DNA, kinakailangan na mag-ingat upang maiwasan ang paghahalo ng genomic at plasmid DNA sa isa't isa.
Ang infograohic sa ibaba ay nagbibigay ng karagdagang detalye sa pagkakaiba sa pagitan ng genomic DNA at plasmid DNA isolation.
Buod – Genomic DNA vs Plasmid DNA Isolation
Ang DNA isolation ay isang mahalagang proseso sa molecular biology techniques. Mayroong dalawang uri ng DNA na genomic DNA at plasmid DNA (extra-chromosomal DNA). Batay sa kinakailangan, ang ilang mga pamamaraan ay isinasagawa upang ihiwalay ang genomic DNA habang ang ilang mga pamamaraan ay nakatuon sa paghihiwalay lamang ng plasmid DNA mula sa bakterya. Samakatuwid, ang mga hakbang na kasangkot sa parehong mga proseso ay bahagyang naiiba sa bawat isa. Gayunpaman, ang pangkalahatang proseso ay pareho sa parehong mga paghihiwalay. Ang nakahiwalay na DNA ng parehong mga proseso ay may napakalawak na paggamit sa mga proseso sa ibaba ng agos tulad ng cloning, gel electrophoresis at polymerase chain reactions. Sa dulo ng genomic DNA isolation protocol, ang buong genomic DNA ng organismo ay maaaring ihiwalay bilang ang huling produkto habang sa dulo ng plasmid DNA isolation protocol, ang plasmid DNA ng kani-kanilang bacterium ay maaaring ihiwalay bilang ang huling produkto. Samakatuwid, ito ang pagkakaiba sa pagitan ng genomic DNA at plasmid DNA isolation.
