Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH ay ang FISH ay isang molecular technique na nakakakita ng partikular na DNA sequence sa isang chromosome gamit ang fluorescently labeled probes, habang ang CGH ay isa pang molecular cytogenetic technique na nakakakita ng mga pagbabago sa genomic DNA.
Cytogenetic analysis ay gumaganap ng mahalagang papel sa medisina kapag nakakakita ng mga chromosomal abnormality gaya ng aneuploidies, deletion, duplications, at rearrangements, atbp. Ang Chromosomal abnormalities ay humahantong sa mga genetic na sakit gaya ng cancer, infertility, Down syndrome, Klinefelter syndrome, Turner syndrome, leukemia, atbp. Mayroong iba't ibang mga molecular cytogenetic na pamamaraan upang makita ang mga nabanggit na depekto at sakit. Kabilang sa mga ito, ang FISH (fluorescent in situ hybridization) at CGH (comparative genomic hybridization) ay dalawang makapangyarihang diskarte sa hybridization. Gayunpaman, ang parehong mga pamamaraan ay may mga kalamangan at kahinaan.
Ano ang FISH?
Ang FISH ay isang nucleic acid hybridization technique na ginagawa sa isang bahagi o seksyon ng tissue, sa buong tissue o mga cell. Ito ay isang probe-based na pamamaraan. Ang pamamaraan ay nakasalalay sa teorya ng Watson Crick na komplementaryong pagpapares ng base, na nagreresulta sa alinman sa DNA - DNA hybrids o DNA - RNA hybrids, na sa gayon ay makakakita ng mga mutated na gene o maaaring makilala ang gene ng interes. Dagdag pa, ang diskarteng ito ay gumagamit ng single-stranded DNA sequence, double-stranded DNA sequence, single-stranded RNA sequence o synthetic oligonucleotide na inihanda gamit ang nick translation bilang probes na pantulong sa mga gene sequence ng interes. Bukod dito, ang pinakamahalagang katangian ng pamamaraang ito ay ang pag-label ng mga probes na may mga tina ng fluorescence. Kaya, ang mga probes ay nagbubuklod sa mga pantulong na bahagi ng chromosome at ginagawang madali para sa pagtuklas.
Bukod dito, ang FISH ay isang napakasensitibo at partikular na paraan. Samakatuwid, ito ay isang pangkaraniwang pamamaraan sa parehong pananaliksik at pagsusuri ng mga hematological malignancies at solidong mga bukol. Ngunit, ang FISH ay nagpapakita ng mababang resolution. Nangangailangan din ito ng paunang kaalaman sa target na abnormalidad upang magdisenyo ng mga pagkakasunud-sunod ng pagsisiyasat.
Figure 01: ISDA
Maraming aplikasyon ng FISH, pangunahin sa molecular diagnostics ng mga nakakahawang sakit upang matukoy ang pagkakaroon ng mga pathogen at upang kumpirmahin ang pathogen sa pamamagitan ng molecular diagnostics. Bukod dito, ang FISH ay isang karaniwang ginagamit na pamamaraan sa mga larangan ng developmental biology, karyotyping at phylogenetic analysis at pisikal na pagmamapa ng mga chromosome.
Ano ang CGH?
Ang Comparative genomic hybridization (CGH) ay isa pang DNA based molecular cytogenetic technique na maaaring makakita ng mga pagbabago ng genomic DNA sequence. Ang pamamaraan ay isang advanced na pamamaraan na maaaring magsuri ng chromosome at gene modification upang makita ang mga pagbabago o pagbabago sa genomic DNA sequence. Dagdag pa, ang CGH ay nangangailangan ng paghihiwalay at pagkapira-piraso ng DNA mula sa eksperimentong sample at reference na sample. Pagkatapos, dapat lagyan ng label ang mga sample gamit ang dalawang magkaibang fluorescent dyes (karaniwan ay pula at berde). Sa ibang pagkakataon, ang parehong mga sample ay pinaghalo at pinapayagan para sa mapagkumpitensyang hybridization. Ang huling hakbang ay ang pagsusuri ng mga sample para sa mga pagbabago sa DNA tulad ng pagdoble ng gene, pagkawala ng gene, atbp. Lalo na, sinusukat nito ang mga pagkakaiba ng numero ng kopya ng DNA sa pagitan ng test sample at ng control sample.
Figure 02: CGH
Ang isa pang bersyon ng CGH ay available na ngayon; ito ay isang mas advanced na paraan kaysa sa normal na CGH. Ito ay isang pamamaraan na tinatawag na array-based CGH o aCGH. Binibigyang-daan ng aCGH ang tumpak na pagkakakilanlan ng mga pagtanggal ng gene o pagkakasunud-sunod sa maraming libong sequence sa isang eksperimento.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng FISH at CGH?
- Ang FISH at CGH ay dalawang molecular technique.
- Parehong umaasa ang FISH at CGH sa nucleic acid hybridization.
- Gayundin, ang parehong mga diskarte ay nangangailangan ng mga nakadisenyong probe upang matukoy ang mga partikular na target ng DNA.
- Ginagamit namin ang mga ito para sa pre-natal at post-natal diagnosis ng genetic disease.
- Higit pa rito, parehong napakalakas na tool ang FISH at CGH para pag-aralan ang mga genomic na pagbabago.
- Gumagamit sila ng mga fluorescent dyes para lagyan ng label ang mga probe.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH?
Ang FISH ay isang in situ na pamamaraan ng hybridization na gumagamit ng fluorescent probe para makita ang mga partikular na sequence ng DNA, habang ang CGH ay isang molecular hybridization technique na nakakakita ng mga pagbabago ng genomic DNA sequence. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH.
Higit pa rito, ang FISH ay nangangailangan ng paunang kaalaman sa target na abnormalidad upang magdisenyo ng mga pagkakasunud-sunod ng pagsisiyasat, habang ang CGH ay hindi nangangailangan ng paunang kaalaman. Gayundin, ang karagdagang pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH ay ang FISH ay nagpapakita ng limitadong resolution habang ang aCGH ay nagpapakita ng mataas na resolution.
Ang infographic sa ibaba ay nagbubuod ng pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH.
Buod – FISH vs CGH
Ang FISH at CGH ay dalawang molecular cytogenetic technique na nagpapadali sa pagtuklas ng mga gene sequence ng interes. Pinapadali ng FISH ang pagtuklas ng partikular na pagkakasunud-sunod ng DNA sa isang chromosome gamit ang fluorescently labeled probes habang pinapadali ng CGH ang pagtuklas ng mga pagbabago sa genomic DNA. Kaya, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng FISH at CGH.
