Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA ay ang BLAST ay isang basic alignment tool na available sa National Center for Biotechnology Information website habang ang FastA ay isang similarity searching tool na available sa European Bioinformatics Institute website.
Ang BLAST at FastA ay dalawang software na malawakang ginagamit upang paghambingin ang mga biological sequence ng DNA, amino acids, proteins, at nucleotides ng iba't ibang species at hanapin ang kanilang pagkakatulad. Ang mga algorithm na ito ay isinulat na isinasaisip ang bilis. Dahil, nang maihiwalay ng mga siyentipiko ang DNA sa laboratoryo noong kalagitnaan ng 1980s, pinalaki nito ang pangangailangang maghambing at maghanap ng magkaparehong mga gene para sa karagdagang pananaliksik sa napakabilis. Kaya naman, ang dalawang software na ito ay binuo sa paraang makakagawa ang user ng mabilis na paghahanap ng mga katulad na pagkakasunud-sunod kasama ng kanilang mga pagkakasunud-sunod ng query.
Ang BLAST ay isang acronym para sa Basic Local Alignment Search Tool at gumagamit ng localized na diskarte sa paghahambing ng dalawang sequence. Ang FastA ay isang software na tumutukoy sa Fast A kung saan ang A ay kumakatawan sa Lahat. Dito, gumagana ang software sa mga alpabeto tulad ng Fast A para sa DNA sequencing at Fast P para sa protina. Parehong napakabilis ng BLAST at FastA sa paghahambing ng anumang database ng genome at, samakatuwid, napakabisa sa pera pati na rin sa pagtitipid ng oras.
Ano ang BLAST?
Ang BLAST ay isa sa pinakamalawak na ginagamit na bioinformatics software na binuo noong 1990. Simula noon, available na ito sa lahat sa site ng NCBI. Higit pa rito, maaaring ma-access ng sinumang tao ang software na ito at gamitin ito. Bukod dito, ang BLAST ay isang software na nangangailangan ng data ng pag-input o mga pagkakasunud-sunod sa format na FastA. Ngunit, nagbibigay ito ng data ng output sa plain text, HTML, o XML na format. Gumagana ang BLAST sa isang prinsipyo ng paghahanap ng mga naisalokal na pagkakatulad sa pagitan ng dalawang pagkakasunud-sunod at maiikling ilista ang mga magkakatulad na pagkakasunud-sunod, at pagkatapos nito, hahanapin nito ang mga pagkakatulad ng kapitbahayan.
Figure 01: BLAST Results
Kaya, ang software na ito ay naghahanap ng mataas na bilang ng mga katulad na lokal na rehiyon at nagbibigay ng resulta sa pag-abot sa isang halaga ng threshold. Gayunpaman, iba ang prosesong ito sa naunang software, na unang naghahanap sa buong sequence at pagkatapos ay ginagawa ang paghahambing, at samakatuwid, tumagal ng maraming oras.
Bukod sa pagsusuri sa pagkakatulad sa itaas, ang BLAST ay may maraming iba pang gamit gaya ng pagma-map ng DNA, paghahambing ng dalawang magkaparehong gene sa magkaibang species, paglikha ng phylogenetic tree, atbp.
Ano ang FastA?
Ang FastA ay isang protein sequence alignment software. Inilarawan nina David J. Lipman at William R. Pearson ang software na ito noong 1985. Bagama't ang unang paggamit ng software na ito ay upang ihambing ang mga sequence ng protina lamang, ang binagong bersyon nito ay nakapagkumpara rin ng mga sequence ng DNA. Dito, ginagamit ng software na ito ang prinsipyo ng paghahanap ng pagkakapareho sa pagitan ng dalawang sequence ayon sa istatistika. Tinutugma nito ang isang sequence ng DNA o protina sa isa pang sequence sa pamamagitan ng local sequence alignment method.
Figure 02: FastA
Gayunpaman, naghahanap ito ng mga lokal na rehiyon para sa pagkakatulad, ngunit hindi ang pinakamahusay na tugma sa pagitan ng dalawang sequence. Dahil ang software na ito ay naghahambing ng mga lokal na pagkakatulad kung minsan, maaari rin itong magkaroon ng mga hindi pagkakatugma. Sa isang sequence, ang FastA ay tumatagal ng isang maliit na bahagi na kilala bilang k-tuples, kung saan ang mga tuple ay maaaring mula 1 hanggang 6 at tumutugma sa mga k-tuples ng iba pang sequence. Sa pagtatapos ng proseso ng pagtutugma, kapag umabot ito sa halaga ng threshold, lalabas ito ng resulta.
Ano ang Pagkakatulad sa pagitan ng BLAST at FastA?
- Ang BLAST at FastA ay mga bioinformatics na tool na ginagamit upang ihambing ang protina at DNA sequence para sa pagkakatulad.
- Gayundin, ang parehong programa ay gumagamit ng diskarte sa pagmamarka upang gumawa ng mga paghahambing sa pagitan ng mga pagkakasunud-sunod.
- Higit pa rito, ang parehong mga tool ay gumagawa ng lubos na tumpak na mga resulta.
Ano ang Pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA?
Ang BLAST ay isang tool upang suriin ang pagkakatulad sa pagitan ng mga biological sequence. Sa kabilang banda, ang FastA ay isa pang programa na nagpapadali sa pagsusuri ng pagkakapareho ng mga pagkakasunud-sunod ng protina at DNA. Gayunpaman, kung ihahambing sa FastA, ang BLAST software ay napakapopular dahil gumagawa ito ng mas tumpak at mabilis na mga resulta. Samakatuwid, ito ang pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA. Higit pa rito, hindi tulad ng FastA, ang BLAST program ay nababago ayon sa pangangailangan ng user. Samakatuwid, ito ay isa pang pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA.
Ang infographic sa ibaba sa pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA ay nagbibigay ng higit pang mga detalye.
Buod – BLAST vs FastA
Ang BLAST at FastA ay dalawang program na nagbibigay-daan sa user na ihambing ang kanyang pagkakasunud-sunod ng query sa mga sequence sa mga kasalukuyang database at suriin ang mga pagkakatulad. Ang unang layunin ng FastA ay upang ihambing lamang ang mga pagkakasunud-sunod ng protina. Ngunit, ang binagong bersyon ng software na ito ay nagpapadali sa parehong protina at DNA sequence na paghahambing. Kahit na ang FastA ay mahusay na software, karamihan sa mga tao ay gumagamit ng BLAST alignment tool dahil ito ay mas sikat at gumagawa ng mas tumpak at mabilis na mga resulta kaysa sa FastA. Gayundin, ang tool ng BLAST ay nababago ayon sa mga kinakailangan ng user. Sa madaling sabi, ibinubuod nito ang pagkakaiba sa pagitan ng BLAST at FastA.
